历史之谜另又有人说，明英宗时发现了建文的行踪，这时他年纪已经很老了，英宗就把他接进宫中颐养天年，死后就以一般的仪式葬于西山。
关于建文帝下落的另一种说法是“闽宫自焚”说。这种说法见于很多的史料记载，正统的官修史书多采用此种说法。大概是说朱棣率兵打到宫门时，建文帝眼看大势已去，不得已下令焚宫，建文帝和他的皇后马氏携手跳入火中自焚，他的妃嫔侍从也大都投火而死。燕王朱棣入宫后，曾大肆搜查三日，寻找建文帝的下落。宫中未死的内侍都说建文帝已经自焚，并从火堆中找出了一具烧焦的尸体作为证据。燕王见到尸体，内心虽有怀疑，但也没有其他的办法。在他即位称帝后，只得以天子之礼安葬了这具尸体。
但是，这种说法在正史的记载中前后矛盾，语焉不详，不能不让后人产生怀疑。就连明朝后来的皇帝也不能完全相信这种说法。史书记载朱棣以帝王之礼安葬了那具尸体，可是到底葬在何处，却又没有记载。被烧焦的尸体分不清男女，所以又有人说那具尸体其实是马皇后的，建文帝则外逃了。烧死在宫中的，到底是皇帝呢，还是皇后呢？谁也说不清楚。
后世的史官在编写《明史》时几乎为此吵得打破了头，也还是没有定论。如果建文帝真的烧死了，那朱棣又为什么几次三番的派人到处去找建文帝呢？也有人指出，建文帝自焚身亡是史实，因为当时燕王军队兵临城下，把紫禁城团团围住，建文帝想逃也来不及了。更何况经过考察，南京城也并没有鬼门、御沟等逃路。
建文帝也深知他的四叔是个贪权尚武、残暴无情的武夫，落在他手里绝没有好下场，不如一死了之。朱棣也决不能让建文帝继续活下去，否则，他就不能登上帝位。但是为了不留下“杀侄夺位”的骂名，朱棣在发现那具烧焦的尸体时又假装痛哭流涕，声称自己出兵只是为了诛杀奸臣，辅佐建文帝。可是后来他又苦心寻找建文帝的下落，留下了一段历史疑案。
总而言之，朱棣在即位后，下令搜寻建文帝，这是历史事实，但他的真实用心和建文帝的真正下落，至今仍是一个未揭开的历史之谜。怪僧道衍怪僧道衍原本姓姚，因为随燕王起兵有功，燕王即位后赐他改名广孝。
待机而出道衍这个名字在历史上大大有名，他出生在长洲的一个医生家里，自幼就表现出了非凡的智慧。不过他的面貌长的却实在难看，史书上记载他长着一双三角眼，脸色蜡黄，形如病虎，看起来十分凶恶。那时有个很有名的相面术士，叫袁瑛，一次无意间见到了姚广孝，从他的相貌推断出他日后必有异遇，而且嗜杀如命。
在他大概十几岁的时候，有一天作了个奇怪的梦，醒来以后就坚持出家当和尚，取佛号为“道衍”。
后来他又跟着一个叫席应真的道士学会了阴阳之术，也精通兵书。
朱元璋当皇帝的时候，因为听说道衍博学多才，精通儒家经典，曾经召见过他，想封他官职。
也不知道为什么，道衍没有接受皇帝的封赐，径自离去了。不过从他所留下的诗词和他日后的行动来看，恐怕他不是因为淡泊名利而拒绝任官，而是另有目的，现在还没有到他出山的时候。
后来太祖的马皇后死了，为了使封在外地的王能够为母亲诵经祈福，朱元璋为每一位王子都选择了一位高僧，让他们陪伴王子回到封地，这时也许道衍觉得时机到了，终于参加了这次随侍高僧的选拔，也如愿地分给他未来的主子——封在北京的燕王朱棣。
燕王的得力助手朱棣第一次和这位高僧见面的时候，也被他那与众不同的相貌吓一跳。道衍却通过他自身特异的相人能力，觉得这位年轻英俊的王子身上有一股扑面而来的帝王之气，心里暗暗赞叹，知道自己找到了真正的主人。两人通过一番深谈，顿时觉得一见如故，道衍也知道燕王心怀异谋，毫不避讳直接表示，要送一顶白帽给王爷戴，言下之意自然是说要辅助燕王夺得帝位。燕王一听更是欣喜若狂，马上把道衍视为知己。
在此之后，道衍就随着燕王回到了北京的封地。朱元璋这时恐怕作梦也想不到，正是被自己派去燕王身边的“高僧”成了日后燕王起兵谋反的重要谋士。
洪武三十一年，朱元璋撒手西去，皇太孙朱允炆登基作了皇帝，他很怕这些被封在边疆、手握重兵的皇叔们。
即位伊始，就开始削减诸侯王的权势。一时间诸侯王人人自危。
这时候道衍就向燕王进言说：“现在正是起兵创建大业的时候了。”燕王心里有些犹豫，认为自己手里的兵力和武器不足，可是又不敢明目张胆的招兵买马。道衍就给他出了一个主意，让朱棣在自己的燕王府邸里偷偷地训练军队和制造武器。燕王住的本来是元时的宫殿，高墙深院。十分宽广，足以作训练士兵们的场所，外人也无从得见，高墙虽然能遮挡人们的视线却挡不住士兵训练时发的声音。道衍又想了个办法，让燕王在府第中养了许多鸡、鸭、鹅，这些家禽一天到晚不停地鸣叫，把军队训练的声音和制造兵器的响声都遮盖住了。
就这样，燕王在自己的府中暗暗训练出一支训练有素、武器精良的精锐部队，成了他日后起兵夺天下的主力军。当燕王觉得准备充分想起兵发难的时候，恰好遇到大雨，屋檐的瓦片都被打到地上，本来就做贼心虚的燕王心里不禁又有些迟疑。这时又是道衍出来劝解，认为无碍大局，反而是吉祥之兆，正说明大明王朝的“天”要变了，燕王这才安心地起兵反叛，以诛杀建文帝身边的大臣齐泰、黄子澄为名，发动了历史上有名的“靖难之役”。
以仁为本燕王出师的时候道衍留在北京辅佐世子。在燕王率军临行之前，道衍送到城外。离别前，他跪在燕王马前，说有密事相求。燕王问他到底是什么事要如此郑重。道衍回答说：“南朝有一个博士方孝孺，他的学问品德很好。您用武力攻破城池之日，他一定不肯投降。还请殿下千万不要杀他。杀了方孝孺，天下的读书的种子就绝了。”
燕王听了这话，当时就答应了下来，也暗暗记在心里，后来南京城攻破时，燕王抓来方孝孺，开始确实没有杀他的意思，还想让他为自己起草即位诏书。可是性情坚贞的方孝孺誓死不从，终于激怒了燕王，使燕王违背了他曾经对道衍许下和诺言，不但极其残忍的杀害了方孝孺，还株连十族，一口气杀了近千人。
这一下虽然不见得像道衍所说，断绝天下读书人的种子，却一下子打断了读书人始终坚挺不屈的脊梁，大大打击了读书人的英锐之气。
位极人臣燕王带兵打仗的三年多时间里，道衍虽然没有跟在他身边，但是军队的战争行止，燕王都要事先征询道衍的意见，所以他虽不在军中，但论起军功来，却排在第一位。而且他帮助世子固守北京，也免去了燕王不少后顾之忧，所以当燕王终于如愿地当上了皇帝之后，就给了道衍许多赏赐，封他为资善大夫，太子少师，还赐名“姚广孝”，让他还俗作官。道衍婉拒了皇帝给他的诸多封赏，仍旧以一身僧衣示人，还把皇帝赏的金银财宝都分给了族人。成祖后来经常出征塞北，每一次都留道衍在京城辅佐太子监国。等到成祖喜爱的皇长孙到读书的年龄，又受命教育未来的小皇帝，可见成祖对他的信任之深。
后来，道衍年纪大了，身染重病，不能再上朝进见皇帝，成祖便多次到他居住的庆孝寺中去看望他，每次都相谈甚欢。道衍死后成祖像死掉了亲人一样万分悲痛，辍朝两日，命令有关机构为道衍举办隆重的葬礼，还追封他为“推诚辅国协谋宣力文臣、荣禄大夫、上柱国、荣国公”等多种称号，谥为恭靖，并亲自书写碑文表彰他的功绩。等到成祖死后，继位的仁宗还把道衍的灵位配享成祖庙庭。作为一个方外之人，这种尊荣可算是到了极点。瓜蔓抄方孝孺与景清宁死也不归附朱棣，因此多人被株连，这种做法被称为“瓜蔓抄”。
残忍的手段建文帝的重臣齐泰、黄子澄是成祖号称“清君侧”发动反叛的借口，成祖的名单上第一个就是他们的名字。
南京城破之后，他们先后被抓，由成祖亲自审问，这两个人都抗辩不屈，被永乐皇帝下令同时磔毙。
还有兵部尚书铁铉，被抓到南京，觐见新皇帝时居然背对着皇帝，不肯行礼，也不肯说话。成祖命令两边的人抓住他，让他回身正对着自己，可是铁铉大力挣扎，说什么也不肯回过头来。成祖暴怒，命人将他的耳朵、鼻子割下来，上锅蒸熟了，硬是塞入铁铉的口中，还问他味道怎么样？这可真是亘古未有的残忍刑罚。铁铉却忍住剧痛，反而大声回答说：“这是真正的忠臣孝子的肉，味道怎么会不好呢？”
成祖更加生气了，喝令手下当场就把他凌迟处死。眼见着自己身上的肉被一片一片的剜下来，铁铉竟然到死还是骂不绝口。成祖这时好像被气的失去了人的理智，非要看到铁铉向自己屈服不可。铁铉这时已经死了，成祖还命人搬了一口大锅放在殿上，里面盛满了滚烫的热油，把铁铉的尸体扔了进去，就见尸体立刻就被炸成了焦团，这时成祖才命人将铁铉的焦尸朝向自己坐的龙椅摆放，可是不知是不是铁铉的灵魂未散，尸体始终反身向外，不肯正对着殿上。后来两边的人用铁棒夹住了残骸，举着他让他面向殿上，成祖这才笑道：“你现在终于肯来朝见我了吗？”话还没说完，就见锅中的热油飞溅而起，烫伤了那些用铁棒架住铁铉尸身的人的手足。那些人见了这种可怕的情景，都立刻扔下棒子退在一边不敢上前了，铁铉的尸身仍然反立如前。成祖这时也不禁为这种情况弄得大惊失色，实在没有别的办法，只好命人将尸身安葬了。
其他在名单中的官员还有户部侍郎卓敬，右副都御史练子宁，礼部尚书陈迪，刑部尚书暴昭、侯泰，大理寺少卿胡闰，苏州知府姚善，御史茅大芳等，都被陆续地抓来，面对新皇帝残酷的手段却没有一个人肯屈服，结果都备受荼毒，不是被打掉牙齿，就是被割了舌头，也有的被截断手足，都受尽酷刑而死。等杀了这些人以后，成祖还是不满意，又怕被他杀死的这些人的亲属要向他报复，所以决心要斩草除根，于是这些人的亲属也都相继被杀了。
这之中，死的最惨烈的要算是当时著名的文士方孝孺，他的倨傲态度彻底激怒了本就嗜杀的成祖，最后被灭十族。
其他不在名单之内的官员像修撰王艮、王叔英，都给事中龚泰，都指挥叶福，衡府纪善周是修，江西副使程本立，大理寺丞邹瑾，御史魏冕等人，在燕王攻城时，都守节自杀。在这些以身殉国的人中，最奇怪的是一个东湖樵夫，谁也不知道他的姓名，只见他每天都背着木柴到城里来卖，从来都是口不二价。这时听说了建文帝自焚而死的消息，竟然趴在地上大哭了起来，柴也不要了，直接投湖自尽。不得不让人感叹就是如此小民也深知忠义二字。
壬午殉难建文帝这些忠诚的大臣中还有一个像战国时的义士荆轲一般的英雄人物，就是左佥都御史景清。这个人平时倜傥洒脱，但最注重名节，燕王攻破南京即位以后，听说了他的名声很火，就让他官复原职。
使大家都意料不到的是，他居然毫不推辞的就接受了新的任命。那些以前就认识他的人都大惑不解，也有人在一边偷偷的嘲笑，说他言行不一，贪生怕死，他也毫不为意。后来，宫中的钦天监夜观星象，发现天象有了异变，这在古代可是一件大事。负责的官员马上向皇帝报告了这个情况，说是有一颗星星发生异常现象，发出耀眼的红色光芒，而且直朝帝星而来。
成祖听了这话心里也很害怕，所以对身边的人都很留意。这一天，他上朝的时候，远远的就看见景清穿着一身大红色的衣服迎面走来，心中马上就起了疑心。果然在殿上朝见时，景清忽然一跃上前，冲向坐在龙椅上的皇帝，成祖心中早有准备，马上起身闪开，命令身边的护卫将他拿下，一搜身，果真藏着一把利刃。成祖震怒地质问他想干什么，景清慨然答道：“我本来想为先帝报仇，可惜没有成功。”成祖大怒，命人把他的皮剥下来，悬挂在长安门上示众。
有一天成祖出巡，正巧路过了长安门下，本来吊在城门上的皮，竟然自断绳索，扑向成祖。成祖很是诧异，命人一把火把皮烧了。可是这天夜里，成祖刚刚睡着，就梦见景清手中提着一把长剑向他走来，他马上惊醒，心中惊恐不已，第二天一上朝，就命人把景清夷灭九族。以上这些死难的建文帝的遗臣都是忠臣义士。因为这一年是建文四年，岁在壬午，所以就叫做壬午殉难。
成祖对这些不肯向他屈服的人既恨又惧，所以加重对他们的刑罚，不但官员本人惨死在各种酷刑之下，而且辗转牵连，凡是和这些人有一点关系的人就统统被杀。成祖的这种做法被称为“瓜蔓抄”，被无辜株连的人非常多，不但是亲戚朋友子弟同学被杀，就连犯人的左邻右舍也逃不了死罪，甚至有时整个村子的人都被杀光了。
从此以后，建文帝的旧臣，除了归附新皇帝的以外，其他不愿归降的人都死的死，逃的逃，大多难逃杀身灭门之祸。牵衣索夫朱棣用非常阴险狠毒的方式谋害了自己的妹妹宁国公主的丈夫梅殷。
乘龙快婿燕王朱棣篡位当了皇帝以后，对建文帝的旧臣进行大肆的屠杀。这场屠杀为时甚久，牵连的人也很多，朱棣知道反对他的人很多，因此丝毫没有手下留情，一心想把不服从自己的人都杀光，哪怕是自己的至亲也不例外。
宁国公主是朱元璋的马皇后所生，是朱棣的亲妹妹，一向最得父母的宠爱。朱元璋费尽心力给她挑选了一个如意郎君，就是梅殷。因为爱屋及乌的缘故，朱元璋很喜欢这个女婿，而且梅殷本人也知书达理，精明强干，武艺也十分高强，是一个文武双全的难得人才。
所以，尽管朱元璋晚年生性多疑，梅殷仍是得到了岳父难得的喜爱和信任。逢年过节，公主夫妻总是一起进宫去，一家其乐融融，相处得非常和睦融洽。平时有空时，朱元璋也常和悔殷谈论兵法，论古说今。
朱元璋的年纪逐渐大了，身体也大不如从前，尤其是太子朱标突然得病去世，更是给了朱元璋一个重重的打击。后来，他又立朱标的儿子朱允炆为皇太孙，作自己百年以后的接班人。但是他又担心皇帝年幼，诸侯王手握重兵，会不听调遣。所以他时常嘱咐梅殷以后一定要尽心辅佐皇太孙。梅殷也把皇帝的嘱托牢记在心中。
召回驸马朱元璋死了不久，燕王朱棣果然起兵谋反。他派了一个使臣去说服梅殷归降自己。这时正在镇守准安的梅殷正在精心准备战斗，见到朱棣派来使臣，就命人割去了使臣的鼻子，然后把他放了回去。朱棣一见少了鼻子的使臣，立刻就明白了梅殷的羞辱之意，顿时恨得咬牙切齿。后来，朱棣一路南下攻陷了南京，建文帝不知所踪，梅殷仍在淮安坚守，始终不肯投降朱棣。朱棣因此暗暗发誓，一定要找机会杀了梅殷才能解恨。后来朱棣终于如愿以偿地当上了皇帝，但是梅殷还是孤守在驻地不肯投降。朱棣就命令妹妹宁国公主写一封信给梅殷让他回来。怕梅殷不从，他还强迫妹妹用鲜血写成血书，用以威胁梅殷。梅殷在军中接到妻子的血书，顿时慌了手脚，不知该如何是好。不由得捧着血书痛哭失声。无奈之下，他只好按照朱棣的命令带着血书回到南京城。
到了皇宫之中，虽然景物依旧，但是却已物是人非，心中更是无限悲痛，自觉辜负了朱元璋对他的嘱托和信任。见了新皇帝的面，尽管朱棣其实一心想杀了梅殷，但是碍于妹妹的苦苦哀求，他已经答应宁国公主只要驸马回朝，就不杀他。所以这时不得不假装出笑脸，向驸马道：“驸马辛苦了。”可谁知梅殷明知自己的处境很危险，仍是不愿服从这个以武力夺得皇位的人，他话中有话的答道：“不敢当，劳而无功而已。”话中之意自然是说没能阻止朱棣的谋反行为。朱棣一听，顿时火冒三丈，真想立时就杀了梅殷，但是他又不想当众食言，尽管心中很不是滋味，他仍是命令驸马回府好好休息。
第二年，他找了个蹩脚的借口，撤消了驸马的护卫队，还把驸马的家人都发配到辽东去服苦役，就此把梅殷孤立了起来。公主暗中觉得情形越来越不好，好像有什么灾难即将来临似的。但是她总想着自己的亲哥哥答应了会饶过驸马的一条命。所以尽管心中起疑，她仍是按捺住心中的不安，总是劝说丈夫凡事不要强出头，尽量的顺着新皇帝的意思去做。她却不知道，朱棣这时早已定下了杀害梅殷的毒计，而且已经一步步的在进行着了。
驸马被害永乐三年的一天早晨，梅殷像往常一样准时上朝。他也觉得大势已经不可挽回，就听从了妻子的劝告，不再故意忤逆新皇帝，每日只是上朝做个样子，什么事也不用做，回到家中整日喝闷酒，消磨时间，却不知新皇帝的眼中早已容不下他这个人了。
这一天，当他正走在一座桥上的时候，就觉得身边挤上一群人来，这些身穿着锦衣卫的服装的人，故意把他挤下了桥栏，然后还靠在桥边哈哈大笑。梅殷不会游泳，在水中挣扎了很久都没有人敢下水去救，终于因为无人抢救溺水而死。这时候，在桥上把他挤下水的人见他在水中不再动了，才假装很着急的样子跳下水去把他捞了上来，可这时梅殷早已经气绝身亡了。之后，那些明目张胆杀人的人就以驸马自杀跳水而死的结果上报给皇帝。不料却被当时恰巧路过的官员揭发了事情的真相，认为他们是故意杀害了驸马。
朱棣迫不得已，只好命令把杀人凶手处死。审问的时候，凶手很不服气，大声说：“杀死驸马是皇上的命令，为什么要杀死我们？”审问的官员一听。知道这里另有内情，都不敢再审，匆匆命人打落了凶手的牙齿，让他们说不出话来，然后把他们斩首示众，并把这个结果上报给皇帝。朱棣还假装成刚刚知道的样子，显得十分悲痛，还赐给梅殷谥号“荣定”。
公主的愤慨再说公主每日都在家中为驸马的安危担惊受怕。一天始终没见到驸马回府，就知道担心的事终于发生了。下午接到报告说驸马淹死了，凶手也已经被处死。她心里明白一定是朱棣命人杀死驸马的，就急忙赶到宫中。朱棣远远见到公主来了，就转身想走，却被公主拽住了衣襟。公主怒气冲冲的问他：“我的驸马呢？他到哪儿去了？”朱棣很不自在地回答：“驸马被人害死了，我已经命人杀了凶手，为他报了仇了，你不要再自寻烦恼。”说完转身就走了，留下公主一个人呆呆地站在原地。事情过后，朱棣把公主和公主的儿子都加升了爵位，想通过这些化解公主对他的仇恨，但是这又有什么用处呢？二次削藩朱棣接过朱允炆未能完成的削藩之业，这也是历史赋予他的任务。
明成祖的考虑朱棣没有立即去着手削藩，作为以反抗削藩为名义起兵夺位的一个藩王，立即削藩实际等于自我否定。朱棣暂时采取优礼诸藩的作法，以换取他们的承认和支持，这样一来，便给藩王们带来了一段短暂而微妙的盛世。
但是永乐中的藩王已经无法同洪武中相比，因为朱棣不同于朱元璋的最根本之处是他不再用藩王代替功臣守边。这不能不归功于建文帝削藩，而凭借武力夺得皇位的朱棣，也有足够的力量和资格去左右那些藩王和武臣们了。
有人解释说朱元璋封藩守边是出于无奈，“又况和林以外，金陵遥制特难，于是分树九王，自燕以往，延错万里，优以声灵，顾盼特重，是诚有不得不然者。”其实根本原因是朱元璋对功臣多疑。朱棣接受教训，不再依靠藩王，仍用功臣，不过他派遣了亲信宦官分镇监军，加强了对武臣们的控制。当时驻守北边的总兵官是洪武旧臣何福。他在建文中曾与朱棣交战，因此对受命镇边重责心存疑虑。永乐六年（公元1408年）他上书给朱棣，说自己“总番汉兵久，虑势重致谗”，请求选调鞑官（蒙古族军官）赴边领军。朱棣没有同意。利用武臣守边的方针，这时早已确定下来。
逐一铲除永乐初年的藩王们对朱棣的优礼得出丁一个完全错误的结论，他们把“靖难”的胜利看成是他们自己的胜利。这种错误认识使他们更加恣纵不法。明初藩王居藩不法是司空见惯之事。如若按照他们的行为而论的话，恐怕很少有能够逃脱罪责的。但是朱棣所注意的并不是他们是否劣迹昭著，而在于他们是否构成了对皇权的威胁。几乎是在优礼藩王的同时，朱棣已经开始对他们进行严格的限制。他继续建文帝的削藩也就同时开始了。
齐王朱榑是个凶暴尚武的藩王。自从复爵归藩后，他的行为更加骄纵。事情传到朱棣耳中，朱棣将他召到京师，当面教训了一番，让他不要忘记建文中被削夺之苦。谁知朱榑怙恶不悛，回去后变本加厉地扩大势力。他阴蓄刺客，广招异人术士，而且命王府护卫据守青州城，不准守吏登城夜巡。这种将藩国独立于朝廷管辖之外的作法是朱棣不能允许的。守吏李拱、曾名深等人上书朱棣，朱榑得知后将他们拘匿起来以灭口。永乐三年（公元1405年）朱棣下诏索要李拱等人，并责谕朱榑改过。当时也有人告发周王朱有不轨之举，朱为此上书谢罪，态度颇为诚恳。朱棣封其书示朱榑，以为劝警。第二年五月朱榑再次入朝，廷臣们当面弹劾他，朱榑大怒，厉声说道：“奸臣喋喋，又欲效建文时耶？会尽斩此辈！”朱榑是个不识时务的藩王，他已经完全忘记了被削夺时的困境。而他这种种言语行为的根源正是他错误地将“靖难”的胜利误认为是藩王的胜利。朱榑未能再返藩国。他被拘留京师，削夺官属护卫，齐府护卫指挥柴直等人被捕杀，同年八月，他被废为庶人。这是朱棣削废的第一个藩王。