情势所逼不久之后，朱元璋再次派其他官员去重新审定这次考试的成绩。可是当他再次听取复审报告时，却发现真有几个不怕死的大臣。这些被派去复审的官员其实都很清楚皇帝的意思不过是为了给北方举子一个交代，好下这个台阶。但是这些正直的学究们却仍然坚持北方举子的考卷确实不如南方举子的。他们的最后结论竟然和原来的主考官刘三吾的结论一模一样。这下朱元璋勃然大怒。他指责官员们互相包庇，有意蒙蔽自己，一气之下把这些官员都革职下狱，严加拷问。结果这件事情越做越过火了。这些无辜的官员最后定罪时竟然被与十几年前发生的胡惟庸案联系在一起，全部被处以死刑。
后来，朱元璋亲自主持，重新举办了一次考试。这次的考试结果与前一次截然相反，入选的61名举子全部都是北方人，一个出身南方的都没有。看来朱元璋为了平息北方人的不平情绪，从一个极端走向了另一个极端。
从此以后，为了避免这样的事件再次发生，朱元璋立下规矩，此后的科举考试，南北分卷考试，最后按南方60％、北方40％的标准取士，以求通过这种方法来使南北方入仕的官员人数大致相同。
因此，此后的科举考试并不单以成绩取人了，而且加入了地区的因素，并且形成了一种约定俗成的制度。
其实朱元璋对待那些官员的手段虽然是过分了些，但是他这么做实在有不得已的苦衷。当时虽然明朝建国时间已经不短，但是因为朱元璋是从南方起兵成势的，北方的士子在很长时间里仍然不信任这个政权。而为了消除这种疑虑，选拔北方的人进入政府作官无疑是一种最好的办法。他虽然知道南方因为经济发达，文化教育的水平也确实比北方高，但是他却不能让每一次入选的人都是南方人。
这样一来岂不是朝中全是南方人在作官？这样对于国家的统一和安定极为不利。所以他只能采取这种分南北取士的方法，使南北两地的官员人数渐趋平衡，以保持国家的长治久安，也算是用心良苦了。在这次的事件中，不能说是朱元璋正确还是死难的大臣正确，因为他们遵循的是不同的原则。
那些宁死也不肯改变自己意见的大臣用生命坚持了科举考试的公正原则，他们的骨气是非常令人敬佩的。而朱元璋的选择则是从国家政治的角度出发的变通方法，也不能说他没有坚持公正就是错的，只能说这是情势所逼罢了。严办贪官污吏朱元璋查办贪官污吏的手段格外严厉，甚至不惜活剥人皮以示惩戒。
官怕民快朱元璋杀贪官也有一个标准，凡是贪污够60贯钱的，就可以定为杀头的死罪。60贯钱在当时并不是一个太大的数目，折合成银子也就是十几两。
历代的帝王很少为了这么一点钱而诛杀大臣。但是朱元璋一向主张严刑峻法，用非常残酷的手段去惩罚贪污的官员，以警戒其他的在职官员。
那时，衙门左侧都建一座小土地庙，地方上发现了贪官，就在土地庙前把犯罪官员处死，再把皮剥下来，然后用干草塞入皮中，制成人型，摆放在公堂的一侧，以警告下一任的官员。有的官员在公堂上办公，身后就有好几个前任官员的干尸。
这该是一种什么样的心情啊？所以当时一度没有人敢出来做官。不过朱元璋的态度也强硬的很，才不担心没有人做官，看谁顺眼了，让你做官你就得做，想不做都不行，如果躲起来，就追到你家去杀你，非逼出来做官不可。这种土地庙因为常剥人皮，老百姓都管它叫剥皮场。
不过，因为官员都害怕受到这种惩罚，不敢欺压盘剥百姓，所以虽然杀了很多人，老百姓反而拍手称快。
大开杀戒有个叫郭桓的人，是国家征收赋税的高级官员，他仗着权势，盗卖军粮，越干胆子越大，到最后竟然把国家军用粮仓中三年的积蓄盗卖一空。那时全国一共有13个省，其中12个都和他有勾结，几年之内贪污的粮食竟多达2400万担，相当于国家一年的财政收入。事情败露后，朱元璋非常生气，把郭桓处以重刑，但是这个案子越往下查，牵连的人就越多，连朱元璋自己都被吓了一跳。不过，他还是狠下心来，决意要把这些违法的官员都杀光，哪怕是天下就此反了，他也要一杀到底。结果这一刀下去，足足杀了几万人。
明初的时候，承袭了元朝的陋习，官场上贪污受贿成风，怎么惩罚也止不住。朱元璋是个意志非常坚定的人，他下定决心要做的事就一定要做，在执行自己的决定时，无论遇到什么情况，都心如铁石，决不动摇，在严惩贪官的这个问题上也是如此。他对犯罪的官员毫不留情，这样杀来杀去，一连杀了好几年，官场的风气开始好转起来。明朝能维持270年的统治，和朱元璋的严惩贪官是分不开的。为了监视臣民，他派了大批的亲信去民间访查，自己有时也出宫去微服私访，了解民情。为了防止官员私自涂改账册，他还命令把一至十的简写数字改成大写，这种方法一直沿用到今天。
空印案洪武十五年时，又发生了震惊全国的“空印案”，这就是朱元璋自己发现的一个官场舞弊案件。事情是这样的：朱元璋有一天下朝，觉得没什么事可做，就一个人到处逛，结果就信步走到了户部，想了解一下国家财政收支账目核算的情况。这时户部的官员和各省来的计吏都在低头核算账目，一个个眼睛紧盯着手中的算盘和账本，谁也没发现皇帝就站在身边。朱元璋站了一会儿，见大家都在认真算账，心里非常高兴，没说什么就走了。谁知刚走到门口，就听到有两个人争吵起来，仔细一听，原来是户部的一名官员和一个计吏在争吵，户部官员说那个计吏的账目不平，计吏很不服气，两人便因此争吵起来。最后，只听那个户部官员指着账目大声说：“不平就是不平，钱粮数字差一分都不行，你这个册子一定要重做！”朱元璋听到这里很高兴，心里暗暗称赞那个负责任的户部官员，想：“要是朝中的官员都能像这位官员一样认真为朝廷办事，那就好了。”
朱元璋觉得很有趣，下午趁空闲时间就又去了一趟，这一次可看出问题来了。他去的时候碰巧又碰上了上午发生争吵的那个计吏和户部官员在说话。只见那个计吏把一本新的账目递给那位官员，说：“册子重做好了，您再算算吧！”户部官员接过去翻了翻，用算盘算了算，就笑着说：“这回好了，平了。”朱元璋一直在一边听着，越听越觉得奇怪，越听越觉得不对，脸上的笑容消失了，眉头也拧了起来。他快步走过去，一把抓起那本账册翻了翻，然后转头问那个计吏：“你们那个省离京师有多少路程？”那计吏一看是皇上，马上跪倒回答说：“有三千多里。”“那你上午回去，怎么下午就回来了呢？你骑的是什么马，跑的这么快？”计吏一听这话，吓的“嘣嘣嘣”连磕了三个响头，不敢再隐瞒，连忙答到：“小人没回去。”“没回去？那这账目上的大印是哪来的？”朱元璋瞪大眼睛，厉声逼问着。这一逼问，却将那计吏吓得脸色刷白，说不出话来。
原来，每年全国各省都要把地方的财政收支报到中央的户部，而地方的账目都是由县到州到省再到中央，这样一级一级地呈报上来，到了中央由户部一项一项核算清楚，完全相符了，才算了结。
这样层层上报难免会出错误，不相符的便要重新造册，还要再盖上原衙门的大印才算通过。但是各省离京城远的有六七千里，近的也有几百里，如果要重新造册，必须回到原省，这样一来一回，远的要一、两个月，近的也得好几天，怎么可能迅速地来回一趟呢？所以为了节省在路上来回的时间，各省的计吏来京城之前都准备好盖了大印的空白文册，遇到账册数目不符时，就在预先准备好的空白文册上修改重填。朱元璋了解到这一弄虚作假的情况后，大开杀戒，上上下下不知杀了多少人。历史上把这一事件称为“空印案”。
好心办坏事根据史料的记载，明政府副部以下，河南直隶一省的大小官员，因为贪污罪名死于监狱或被判决做苦工的，每年都有几万人。
严惩贪污本来是一件好事，但是问题在于没有严格的法律依据，被指控犯了贪污罪的官员是不是真的贪污并无法断定，许多人都是在严刑峻法之下被屈打成招的。
不过，比死刑更为严重的是追赃。贪污的人处死了，他贪污的赃款也必须要追回来，于是这个人的家就要被抄，如果这家的财产不足以补上贪污款项，就用严刑逼供，很多人一受刑，为了少受皮肉之苦，就胡乱说寄放在谁家了，于是这一家也会被无辜牵连。如果仍然不够足额，那一家在拷打之下也只好再供出另一家。这样辗转牵引，即使是千里之外素不相识的人，都会成为窝主，家破人亡。这恐怕又是一心想惩贪官、保百姓的朱元璋未能料到的了。传位太孙明太祖不管怎么样都算得上一代明君，不过，立孙子为太孙只能说是无奈之举。
太子归西朱元璋当了皇帝后，马上做了一件正确的事和一件错误的事，正确的一件是马上立了长子朱标为太子，这样就可以在一定程度上避免他的儿子们因为争夺皇位而明争暗斗。他办的错事就是大杀功臣之后，把他的儿子们全封为王，让他们手握重兵，镇守边地。朱元璋的本意是效仿汉高祖刘邦众封王以屏卫汉室的做法，让他的其他儿子代替天子去抵抗北边如狼似虎的蒙古人的侵扰。但是他却忘了，刘邦封王的后果是发生七王之乱，差一点就动摇了汉朝的四百年基业。他以为立了太子，又封了王，朱氏天下从此就可以万世一统了。
朱元璋对太子寄予了很大的希望，从小就对他进行特殊教育，给他请了全国最好的老师，负责教授他的学业和武艺，朱元璋自己也常常耳提面命，教导太子为君之道。太子未满二十岁时，朱元璋就已经让他试着处理政事作为训练。
通过这种种培训，太子不负众人的厚望，无论为人还是处事都很符合一个帝王的标准，可以预见将来会成为一代明君。可是老天偏不如人所愿，洪武二十四年时，朱元璋派太子巡视关中地区。这一来一去就是三个多月，政务繁多，旅途劳累，加上太子的身体本来就不太好，结果朱标一回到京城就病倒了，在床上躺了几个月后居然就此一命归西了。
计立太孙这对朱元璋来说可是一个致命的打击，本来还神采奕奕、丝毫不见老态的皇帝一下子就衰老了许多。一想到自己已经65岁了，眼见寿不长远，太子却在这时命丧黄泉，不由得老泪纵横，痛苦失声。
有一天，他又想起太子，悲痛难忍，就在群臣面前大哭了起来。大臣们不住劝慰。翰林学士刘三吾劝道：“皇上不要过于悲伤了，太子虽然不幸去世了，但是您的皇孙不是已经长大了吗？他可以即位，天下不会因为没有太子就大乱的。”朱元璋一听确实如此，他也感到老是这么伤心下去也不是办法。他渐渐老了，说不定哪天就会突然死去，当务之急就是再确定一个皇位的继承人，以避免因为太子去世而引起国家的动荡不安。
关于这个问题，其实他也考虑了很久。他总觉得太孙朱允炆的个性懦弱，遇事优柔寡断，一直担心他不能承担起治理国家的重任。他的几个年纪较长的儿子其实都很有才能，在边地镇守边疆都立下了很大的功劳，随便哪一个其实都是可以被立为继承人的，但是朱元璋还是对他们感到不太满意。为了镇守边疆，当初对他这些皇子们的教育是比较偏重于武力和军事的，文化素养的教育就相对的不太受到重视，而要成为一个帝王，光会打仗是远远不够的。而且这几个儿子同样镇守边关，功劳都很大，要立哪一个呢？无论立了哪一个，朱元璋都怕会引起其他人的不满与反对。他虽然比较喜欢第四个儿子燕王朱棣，但是如果立了燕王，又如何向二子、三子交代呢？最后，出于对太子朱标的感情，也由于朱元璋一向信守儒家的伦理道德传统，坚持立嫡立长的原则，他还是决定立朱标的儿子朱允炆为皇太孙，成为自己的接班人。他认为这个决定既符合传统的习惯，又可以抚慰他的丧子之痛。由于皇太孙的年纪还小，还可以在进行教育和训练，这位垂垂老矣的皇帝重新又振作起精神，开始对他的新继承人进行培养。
一直觊觎皇位的燕王知道了父亲的这个决定，大失所望，也从此埋下了日后谋反的祸根。这一年，被立为皇太孙的朱允炆刚刚年满10岁。
太平天子的梦想朱允炆一生下来就有一些身体上的缺陷，外貌不太好看，头盖骨又偏又歪。朱元璋一开始是不怎么喜欢这个孙子的，常常摸着他的脑袋叹，说：“怎么长得像半边月亮呢？”但是后来为了训练孙子，朱元璋总是把朱允炆带在身边。时间长了，他发现这个孩子非常聪明，又很喜欢学习，看过的书几乎能过目不忘，而且心地宽厚，虽然年纪还小，但是隐隐间似乎已经透出一股帝王的气概。所以朱元璋也慢慢地开始喜欢上这个孙子了，尽心尽力地想为这个孩子安排好将来的一切。
他知道宋濂的弟子方孝孺学问很好，但是为人有些骄傲，就把他派到太子的府里去当教习，还很高兴的对孙子说：“我有一个很好的人才送给你用。这个人才学很好，就是有点傲气，我先压他几年，等你当了皇帝就正好可以用了。”
又有一天，朱元璋和朱允炆在一起聊天，朱元璋对孙子说：“现在边关上有你的叔叔们镇守，不怕有什么事情，边关有事，也由他们去应付，将来你只要在朝中作一个太平天子就行了。”朱元璋本来的意思是说他已经为孙子将来登基当皇帝打点好了一切，因此感到很得意。不料朱允炆低着头沉默了一会儿，没有说话，然后抬起头来问道：“如果叔叔们对我有异心，又有谁来对付呢？”这一问，出乎朱元璋的意料之外。他听了也不由得一呆，想说话却又没开口，竟也沉默了好大一会儿，才问道：“那你说如果发生了这种事要怎么办呢？”朱允炆回答说：“先用仁德去收服约束他们；如果不起作用，就要削夺他们的封地和军队；如果还不行，就要征伐他们。”
朱元璋听了只是默默点了点头，什么话也没说。不知这位纵横驰骋了一世的皇帝此时心中是什么想法，是否已经预见到在他百年之后，他的子孙之间必将有一场血腥的厮杀呢？”
撒手而去
第十二章
洪武三十年五月，朱元璋和大臣们在朝上议事后，回到后宫，觉得有些疲倦，就躺在床上想稍微休息一会儿。可谁知这一睡就再也没有醒过来，这位劳累过度的开国皇帝就这样在睡梦中走完了他不平凡的一生。按照他的遗诏所写，由皇太孙朱允炆继承皇位。他似乎在死前已经感觉到他的子孙们将有一场争斗，因此在遗诏中特意规定各诸侯王都不准擅离封地回京城吊唁。但是这一规定并没有能够阻止他死后不久爆发的燕王谋反的战争。靖难之役公元1399年，建文帝推行“削藩”政策，燕王朱棣公开反叛，上演了一场皇位争夺战。
燕王其人朱棣，是朱元璋的四儿子，被封为燕王，封地北平。燕地与蒙古接壤，朱棣经常奉命出塞巡边，筑城屯田，多有建树。后来，又屡率众将出征，威名大振。
洪武末，皇太子死，立朱允炆为皇太孙，朱棣心中不满。有一次，朱元璋令朱允炆赋诗，诗的最后两句是“虽然隐落江湖里，也有清光照九州。”朱元璋看了认为诗意衰飒，很不高兴。又令他答对，朱元璋出语“风吹马尾千条线”，朱允炆以“雨打羊毛一片毡”对，朱元璋听了这个调子低沉，毫无抱负、气度的答对，脸色顿变。这时，恰好朱棣在旁，见此情状，上前奏对说：“日照龙鳞万点金”。朱元璋一反怒容，不禁连声叫好：“好对语！好对语！”于是，对朱棣大加宠爱，有更换皇储之念，后为大臣所阻止。这也滋长了朱棣接替皇位的欲念和野心。
公元1398年，朱元璋去世，朱允炆即皇位。朱棣本想去南京奔丧，因有“诸王临国中，毋至京师”的遗诏被阻，心中怏怏不快。他认为这是朱允炆的宠臣齐泰、黄子澄两人矫诏制造的一个阴谋。
与此同时，朱允炆为了解除诸王“尾大不掉”所带来的危害，废了几个内地王为庶人，又下令诸王不得节制文武官吏，进一步限制诸王的权力。
第二天，朱允炆改元建文，朱棣面对诸弟被废，自己权力被削的危机，便借朝贺改元之机，带领世子朱高炽等人，亲往南京，密察虚实，以谋对策。朱棣回北平时，为使朱允炆放心，把世子朱高炽等人留在京师，作为人质。
叔叔杀侄朱棣回北平后，暗中加紧练兵，作篡夺皇位的准备，表面上则伪装重病在身，卧床不起。他上书乞求朝廷让朱高炽等归省，朱允炆佯装不知内情，遣还朱高炽等，使朱棣不对他怀疑。双方都在设计，互相欺骗，勾心斗角。正当朱棣训练士兵、即将起兵的时候，朱允炆也在调兵遣将，加紧了对朱棣的防备活动。
公元1399年6月，燕王府护卫百户倪谅到南京告发燕王谋反。朱允炆即下诏书严斥燕王的罪过，逮捕燕府官属，并密令北平驻军围困燕王府。事泄，朱棣乘机起兵。这次内战，前后持续了四年。朱棣久居北平，苦心经营，藩国附近的卫所，先后受其管辖节制，所以“靖难”起兵，一呼百应，士气十分饱满。
在战争过程中，朱棣又得到鞑靼军的帮助。在南京方面，不少的太监因朱允炆对太监进行惩肃，纷纷投靠朱棣。朱棣也竭力拉拢收买，因而获得了大量有关防务虚实的密报。而朱允炆虽然处于正统的有利地位，但处处表现出迂阔懦弱，完全不是朱棣的对手。在军事指挥、用人方面，朱允炆也是优柔寡断，听信谗言。
公元1402年4月，燕王攻打灵壁，遇南军将帅徐辉祖，燕军畏惧，踌躇不前。恰好在这时候，朱允炆偏信谗言，临阵易将，把徐辉祖调回，结果南军士气随之瓦解，降者数万人，燕军大胜。燕军从此南下，势如破竹，6月攻入南京。朱允炆在宫中自焚而死，封建统治阶级内部这场皇位争夺战，至此结束。
朱棣进入南京后，大肆杀戮，进行报复。齐泰、黄子澄、方孝孺等都被杀害，灭族、株连数万人，称之为“瓜蔓抄”，镇压极为残酷。
在血腥的屠杀中，朱棣登上了皇帝宝座。第二年（公元1403年）改元永乐，并改北平为北京。建文帝哪儿去了明成祖依靠武力夺得了权力，可他却没有找到侄子朱允炆的尸首。
神奇传说建文帝，名叫朱允炆，是明朝的第二个皇帝。但他实在没有当皇帝的命，不过短短四年，他就被自己的叔叔燕王朱棣篡夺了皇位，这就是历史上很有名的“靖难之役”。这个短命皇帝一直过着提心吊胆的日子，直到他不再是皇帝。但是，在大明王朝的广袤土地上，竟然始终找不到建文帝的影子，建文帝就这么消失在战火纷飞的南京城中。
他究竟是生是死？生，又在何方？死，又在何处？这可让他夺了皇位的叔叔一直放心不下，这皇位做得一辈子也不安稳。对于建文帝的下落有两个说法流传的最为广泛，最著名的一个是“出亡为僧，流落西南”说，也以这个说法最具传奇色彩，最为人所津津乐道。这种说法认为，燕王陈兵南京城外，建文帝想求和，但是燕王不答应，建文帝被逼得走投无路，就想自杀，但却被身边的人拦了下来。
有一个老太监王钺告诉他说：“你祖父临死时，给你留下了一个铁箱子，让我在你大难临头时交给你。我一直把它秘密收藏在奉先殿内。”群臣一听，急忙把箱子抬出来，打开一看，原来里面放了三张度牒，上面写好了三个名字。还放着三件僧衣，一把剃刀，白金十锭，遗书一封，书中写明：“建文帝从鬼门出，其他人从水关御沟走，傍晚在神乐观西房会集。”按照这封信的吩咐，建文帝和两个下人剃了头，换上了僧衣，只带了九个人来到鬼门。鬼门在太平门内，是内城的一扇小矮门，仅容一人出入，外通水道。建文帝弯着身子出了鬼门，其他八人也随着出了鬼门，就见水道上停放着一只小船，船上站着一位白眉白须的老僧。
老僧招呼他们上船，并向建文帝叩首称万岁，建文帝问他为何到此等候，僧人回答：“我叫王升，是神乐观的主持，昨天夜里梦见先帝，他本也是我佛门中人，叫我特别在此等候，接你入观为僧。”至此，建文帝似乎是削发为僧，继承了朱元璋的祖业，也当了和尚，云游四方去了。
急坏了朱棣建文帝失踪，可急坏了刚当上皇帝的朱棣。他在有生之年不断派郑和下西洋，据说就是为了寻找流亡海外的建文帝。他还派胡濙在穷山僻壤、市井城镇之间搜寻了十多年，目的也是“隐查建文安在”。只要一日找不到建文帝，他就一日不能心安。偏偏由于建文帝行踪不明，加上当时的许多人对燕王夺位很不满，于是民间不断有假冒者出现，更让朱棣心神不宁。
比如在正统五年，广西思恩州的知府岑英出巡，半路上忽然有一个老僧拦住道路，毫不回避，一问之下，老僧回答说：“吾建文也。”岑英不辨真假，只好把他带往京城，上奏给朝廷。经过仔细的查证，这个人的真名叫杨行祥，后来被判有罪，处死了。朱棣派胡濙秘访民间16年，一直都没有消息，直到他死的前一年，有一天晚上，他已睡下了，但忽听有人报胡濙回来了，便急忙穿上衣服，在卧室中单独召见胡濙。胡濙访得建文帝离开紫禁城后，确实是削发为僧了，但并没有去神乐观，也没有去云游四方，而是躲在江苏吴县的普洛寺内，此后一心为僧，毫无复国的意愿了。