元年（公元1644年）三月，李自成攻入北京，推翻明皇朝统治，思宗殉国。消息传至南京，陪都上下，人心惶惶。有凤阳总督马士英者以福王朱由崧（思宗从兄）昏庸，便于操纵，乃强立之，改年号为弘光。史称南明。福王既即帝位，士英等以有拥立之功，霸占朝廷，肆行无忌，无复国之志。
时明辽东总兵吴三桂据守山海关，自成作书招之。三桂初欲投向起义军，但当得知其家被抄，其妾陈圆圆（明史称陈沅）被自成所得时，大怒，急易丧服，称先帝（明思宗）恩德，举兵反自成。自成率众十万攻山海关，另遣一路出抚宁东北之长城，从关外击之。三桂大惧，乃乞师于清。
正欲进攻山海关之多尔衮，突接三桂求援书，即转攻自成。四月二十三日，清兵入关。旋以三桂为前锋，引兵西向。三十日，自成兵败，弃北京西走。五月二日，清兵占领北京。
多尔衮接受明降臣范文程、洪承畴之谋，一改以往抢夺之恶习，以收民心为第一事。首严军纪，谕曰：“勿杀无辜，勿掠财物，勿焚庐舍。”入城之后，为明帝发丧，保留明室诸王待遇；明官吏降者升级，殉难者，立庙祀之，录用有才德者；减免赋税，救济贫民；礼俗衣冠，暂从明制。剃发一事，因受到抵制，亦听其便。对南明政权则采取缓兵之计，以集中兵力追击自成。同时迎福临入关（十月至北京），宣布定都北京。
六月，多尔衮遣豪格往定山东、河南，遣都统叶臣等往定山西，于是山西，山东悉平。
十月，兵分两路追击自成。一路以英亲王阿济格（太祖第十二子）为靖远大将军，率吴三桂等，自大同入陕西。一路以多铎为定国大将军，率恭顺王孔有德等，由河南攻潼关。二年（公元1645年）正月，多铎败自成于潼关。时阿济格部逼西安之背，自成遂弃西安自蓝田出武关，入襄阳，至武昌，后牺牲于九宫山（在今湖北通山县）。
多铎占领西安后，奉命自陕而东，出虎牢关（在今河南荣阳县氾水镇），占领归德（今商丘县），所过三十县，皆望风迎降，河南悉平。旋挥军南下，四月十五日，抵达扬州城下。多铎五次致书劝降，明尚书史可法拒之。二十五日，城破，可法殉国。清军在城五日，为民袭杀者千人。多铎大怒，下令屠扬州城，死者七十二万人。
扬州既下，清军乘胜而南。五月八日夜，巧渡长江，占京口（今江苏镇江市）。南京大震，皇帝和宰相争相逃命，福王逃至芜湖；清军至，遂降。浙江各府亦大多相继降清。
六月，明鲁王朱以海称监国于绍兴，唐王朱聿键称帝于福州。两王互争“正统”，互不相容。
时多尔衮再次下剃发令，谓“遵依者为我国之民，迟疑者同逆命之寇”，“留头不留发，留发不留头”。并令剃发匠负担游行于市，强制剃发，稍一反抗，即杀头悬竿示众。民不堪其辱，群起反抗，或通表唐王，或受鲁王节制。江阴嘉定两地尤为激烈，但遭清军残酷镇压。清军攻陷江阴时，下令屠城，“满城杀尽，然后封刀”，死者十七万二千人，幸存者五十三人。
三年（公元1646年）六月，清军入绍兴，鲁王走入海。继克衢州（今浙江衢县），唐王逃奔汀州（今福建长汀县），被俘，不食而死。
十月，永明王朱由榔监国于肇庆（今广东高要县）；继而唐王弟朱聿鐭称帝广州，不久被俘，不食不饮，投缳而死。
十一月，靖远大将军豪格平四川，张献忠负伤被俘，死于凤凰山（在今四川西充县）。
朱聿键、朱聿鐭死后，明诸臣遂拥由榔为帝，是为永历帝，各地抗清势力，相继归顺。一时永历帝号令所及，达于云南，贵州、广东、广西、湖南、江西及四川七省，颇有中兴之势。但由于诸臣各树朋党，勾心斗角，在清军进攻下，屡屡失败。
七年（公元1650年）十二月，多尔衮死。次年正月，福临亲政，时年十三。
一、正多尔衮之罪。多尔衮辅政期间，率军入关，镇压反清势力，功业昭著。但恃功专权，政令一人出，生杀任情，朝廷上下，唯知有摄政王（公元1644年加封），不知有皇帝。
福临亲政后，近侍苏克萨哈等告：多尔衮“逆谋”，“妄称太宗夺位”，“索取有夫之妇”。遂撤其庙享，夺其母妻封典，籍没其家产。其党亦多以罪伏法，凡请为之昭雪者，无不受贬。
二、加强中央集权。直接掌管正黄、镶黄、正白三旗，限制八旗贵族势力，颁行《大清律》，对官吏之骄横贪贿者，无不从严处理。
吏部尚书谭泰，性横暴，贪赃枉法。多尔衮辅政时，御史张煊劾奏其罪，泰于殿廷挥臂咆哮，致煊被诛。及福临亲政，遂以其骄纵杀之，且籍其家。
十一年（公元1654年）三月，大学士陈名夏结党怀奸，被绞死。
十三年（公元1656年）三月，大学士陈之遴，因贿结内监吴良辅，贬往盛京（今辽宁沈阳市）。
三、继续镇压反清势力
福临亲政之时，闽浙已平，岭海之间，唯朱由榔、郑成功尚在抗清。
七年（公元1650年）终，清军克广州、桂林。由榔逃至南宁。至九年（公元1652年）十月，广西、湘南、川南、川东、川西复为南明所有。但秦王孙可望（原为张献忠部将，后归顾南明）骄横跋扈，杀明宗室大臣，被由榔派兵击败。十四年（公元1657年）十一月，可望至长沙，降于清。由是清督师洪承畴尽知南明朝内虚实，遂与吴三桂奏请伐之，福临许之。
十五年（公元1658年）正月，清军分三路向贵州进发。四月，承畴部占领贵阳。七月，命信郡王多尼为安远大将军，总统三路，出征云南。次年正月初一，攻入昆明，由榔逃往缅甸。至此，云南、贵州、广西、四川、湖南五省皆为清所有。
是年五月，南明延平王郑成功率师北伐，自崇明溯江西上，据有四府、三州、二十四县。七月二日，进围南京，清廷震恐，福临亦拟退回关外，其母孝庄太后责之，乃止。时坚守南京之清两江总督郎廷佐致书成功，曰：“我朝有例，守城过三十日者，罪不及妻孥，今各官眷口悉在北京，乞宽三十日之限，及期当率众出降。”此乃缓兵之计。成功不听下属之言，许之。
二十一日夜，清崇明总兵梁化凤率五百骑偷袭郑营。郑仓皇应战，清军得胜回城，士气复振。二十二日拂晓，梁化凤趁郑军移动营垒之时，大举攻击郑军，郑军大败，退还厦门。
十八年（公元1661年）正月八日，福临死于养心殿。在位十九年，亲政十年，死时二十四岁。谥曰体天隆运定统建极英睿钦文显武大德弘功至仁纯孝章皇帝，庙号世祖。葬孝陵（在今河北遵化县马兰峪，即清东陵）。
福临亲政期间，袭多尔衮以汉制汉和刚柔并济之策略，改济灾民，减免田赋，为明思宗立碑，赐明殉难大臣十六人谥，并给祭田。常求直言，遗诏还以十四罪自责，尤为可贵。
十一年（公元1654年），受内监吴良辅之扇惑，设十三衙门，以宦官为主管。于是吴良辅等，妄作威福。死前有觉悟，为遗诏十四罪自责之一，曰：“祖宗创业，未尝任用中官，且明朝亡国，亦因委用宦寺。朕明知其弊，不以为戒，设立内十三衙门，委用任使，与明无异，以致营私作弊，更逾往时；是朕之罪一也。”
圣祖（康熙帝）爱新觉罗玄烨
顺治十一年（公元1654年）三月十八日，生于北京景仁宫。世祖第三子，母佟佳氏。
十八年（公元1661年）正月，世祖死，遗命玄烨即皇帝位，并令大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳖拜辅政。玄烨时年八岁，改年号为康熙。
即位之后，继续镇压反清势力。
云南平定之后，平西王吴三桂上书清廷，请出兵缅甸，讨伐明永历帝。九月，清兵出边。十二月，缅人惧于灭亡，执永历帝献于大军前，三桂杀之。南明立国抗清凡十八年，遂亡。
时反清势力尚有郑成功。成功于玄烨即位之年，率军收复台湾，结束荷兰为期三十八年之统治。郑氏以此为基地，继续抗清斗争。康熙元年（公元1662年）五月，成功病故，其子郑经继其事业。对此，清廷先徙沿海三十里内之居民于内地，禁渔舟商船出海，以坚壁清野之法困之。二年（公元1663年）十月，清、荷联军攻郑经军，经军失金门、厦门各岛，退还台湾。
清廷由于鳌拜专权，朝风腐败，无所建树。
鳌拜曾转战南北，屡立战功。为辅政大臣后，引用同党，六部尚书，几为党羽。四大臣中，索尼年老，少预朝政；遏必隆畏凶，随声附和；独苏克萨哈常与之争，拜恨之。
拜排斥异己，盛气凌人，人皆畏之。又欺玄烨年幼，常在其前忿争，或呵叱部臣，张威欺众，人臣稍有异议，即遭诛杀。
六年（公元1667年）七月，玄烨亲政。亲政次日，苏克萨哈奏请：“守先皇帝陵寝，如线余息，得以生全。”玄烨览后曰：“苏克萨哈奏请守陵，如线余息，得以生全；不识有何逼迫之处。在此何以不得生？守陵何以得生？朕所不解。……。”拜既与苏克萨哈成仇恨，遂与同党列其二十四大罪状，奏请并其子、孙、侄及同族十一人处死。玄烨不允所请，鳌拜攘臂上前，强奏累日，玄烨不能制，苏克萨哈竟被处绞。继而复结党专权，又常托病不朝，要玄烨幸其第，入其寝，问其疾。玄烨深恶之，遂暗下立除鳌拜之志，深结大臣索额图（索尼第二子），又以游嬉为名，选少年至宫中陪练扑击之戏，密作准备。
八年（公元1669年）五月三日，鳖拜至宫中摔角场入见。玄烨一声令下，练扑击诸少年，蜂涌而上，擒鳖拜。下诏，列其罪状。本该斩首，但玄烨念其效力年久，乃免死禁锢终身；其死党一律斩首，从此权归玄烨，时年十六岁。
在位期间，主要从事巩固国家统一之斗争。
一、平定“三藩之乱”
吴三桂、尚可喜、耿继茂原为明将。清初因功分封三桂为平西王，守云南；可喜为平南王，守广东；继茂为靖南王，守福建，称为“三藩”。“三藩”各拥重兵，割据一方，严重威胁清皇朝，为玄烨心腹之患。
尚可喜之子尚之信，性残暴，喜杀人，所为多不道。可喜惧之，十二年（公元1673年）三月，上书请告老还辽东。玄烨顺水推舟，准其父子俱还故里，是谓撤藩之命。三桂闻之，颇为震惊，乃约耿精忠（继茂之子；继茂死，嗣王）同时上书，请求撤藩，以窥朝廷之意。
时朝廷有主撤藩者，有主慰留者。玄烨曰：“撤亦反，不撤亦反，不若先发制之。”遂下撤藩之诏。
三桂自负功高，以朝廷必优诏慰留。及撤藩令至，全藩震动，遂决定反叛。
十一月二十一日发兵，谓奉思宗三太子伐清为明复仇。次年正月初一，诸将各易汉服，集于永历帝陵下。三桂再拜恸哭，伏地不起；三军皆哭，声震如雷。
京师得知，举朝震恐，莫知所措。有主诛建议削藩者，以谢三桂。玄烨不许，决定停撤耿、尚两藩之令，并进讨三桂。
三桂兵出湖南，相继占领常德、长沙、岳州、衡州等地。广西、四川及湖北襄阳皆叛清响应，于是云、贵、川、湘及广西五省俱为三桂所有。三月，耿精忠据福建亦起兵响应。四月，内蒙古察哈尔部亦举兵反清。十二月，三桂养子陕甘右镇总兵王辅臣杀清将莫洛以变。后尚之信亦叛。
年方二十之玄烨，在四方反叛之时，临危不惧，指挥若定，重点打击吴军，对其他则施以分化瓦解之策略。加之“三藩”多行不道，不得人心：又三桂为保全其质子，欲划长江请和，坐失良机，致被各个击破。
十七年（公元1678年）三月，三桂在屡败于清军之后，遂在衡州即位，国号曰周，取消复明口号，由是益失人心。八月，三桂暴死，其孙吴世璠即位，退守贵阳，继而败退昆明。二十年（公元1681年）十月，昆明陷落，世璠服毒死；至此，历时八年之“三藩之乱”遂平。
二、统一台湾
二十二年（公元1683年）六月，玄烨趁郑氏政权内乱之际，出兵台湾。八月十八日，郑氏降。由是置台湾府，下设县，另置澎湖厅。
三、击败沙俄入侵
顺治七年（公元1650年），沙俄侵占雅克萨（在今黑龙江呼玛县西北、漠河东、黑龙江北岸）。之后，两国时战时谈。康熙二十四年（公元1685年）正月，清军击败沙俄军，毁雅克萨城而还。未几，沙俄复派兵侵占。次年七月，清兵又围之，久攻不下。二十七年（公元1688年）八月，清军始撒其围。次年九月七日，两国于尼布楚签订《尼布楚条约》：1.确定两国东段边界，以额尔古纳河、格尔必齐河沿外兴安岭至海为界，河、岭以南之地属中国；河、岭以北之地属俄围。2.拆毁雅克萨城，撤走沙俄军；3.商定两国边境贸易。
四、平定准噶尔叛乱
蒙古分四部：漠南内蒙古，漠北外蒙古，漠西厄鲁特（阿尔泰山）蒙古，青海蒙古。准噶尔为厄鲁特蒙古之一部，地处伊犁，与俄接壤。
康熙十二年（公元互673年），噶尔丹自西藏归，自立为准噶尔汗，继而统一厄鲁特四部。十七年（公元1678年），统一天山南北，兼有青海之地。又欲东并喀尔喀（今蒙古人民共和国），进入中原。
二十六年（公元1687年），噶尔丹大举进攻喀尔喀，喀尔喀求救于清。玄烨大为震怒，遣使至噶尔丹营责之，并为之调停，又收容安置喀尔喀难民。噶尔丹对清使不以礼待，无理要求送还已收容者，又欲勾引俄军（未成），大举南侵。
二十九年（公元1687年）六月，噶尔丹自引兵二万余，以追捕喀尔喀为名，越呼伦池而南，过贝尔湖，深入乌珠穆沁（在今内蒙古东北）境。七月，玄烨命出兵进击，并亲至承德指挥。两军战于乌兰布通（在今内蒙古赤峰县西北）。噶尔丹败奔大兴安岭，渡大漠西去，至科布多（在今蒙古人民共和国西端）。
噶尔丹在科布多休养生息，以图再出。三十四年（公元1695年）九月，噶尔丹率骑三万，沿克鲁伦河侵至巴彦乌兰（在今蒙古人民共和国境）。次年三月，玄烨率师亲征，每驻营，亲抚士卒，相水草。军至克鲁伦河，噶尔丹移军西去。五月十三日，噶尔丹与清西路军战于昭莫多（在今乌兰巴托东南图拉河上游南岸。明成祖曾破阿鲁台于此）。清军以逸待劳，大败噶尔丹。噶尔丹带数十骑逃至塔米尔河（在今乌兰巴托西鄂尔浑河上游之西源河），饥不得食，部属瓦解。玄烨闻而怜之，乃使人招之，许其入朝。然噶尔丹终不至。十二月，玄烨还京。
三十六年（公元1697年）二月，玄烨以噶尔丹绝无伏罪之意，乃再度亲征，西渡黄河至宁夏。噶尔丹恐惧万分，一餐数惊，欲西归，恐为其侄策妄阿拉布坦（其兄为噶尔丹所杀）所擒；欲入藏，清军阻其路；欲北投俄罗斯，恐为其所卖：投降于清，又不心甘。自知山穷水尽，乃于闰三月十三日服毒自杀。其族人以其骸骨、子女求献，途中为策妄阿拉布坦劫夺，献于清，所部尽降。于是阿尔泰山以东，尽入清之版图。