四月，棣获悉齐、黄已黜，又闻官军扰燕粮道，乃上书，请罢盛庸诸将，作为休兵条件。惠帝则下诏，赦棣无罪，罢兵归藩，以为缓兵之计。棣不奉诏。六月，燕军袭沛县，尽烧官军粮船、粮食、军资器械。十月，燕军又败官军于峨眉山（在今河北易县南）。
燕军至此，作战已两年余，虽多获胜利，但所克城邑，多得而复失，能始终据守者，仅北平、保定、永平三府而已。棣深感官军兵势盛，攻不胜攻，而己部又甚疲劳，前途渺茫。时适有一被黜中官来投，言京中空虚可取。棣慨然曰：“频年用兵，何时已乎？要当临江一决，不复返顾矣。”于是决计直捣应天。
四年（公元1402年）正月，棣督师南下，经蠡县、衡永，破东阿、汶上、东平、单县、沛县，越徐州至蒙城。三月，败官军于肥河地区，并陷宿州（今安徽宿县）。四月，两军大战于齐眉山（在今灵壁县西南），燕军战败，诸将动摇，欲北渡休军。棣曰：“兵事有进无退。胜形成矣，而复北渡，士不解体乎？”诸将不敢复言。
时京中讹传燕军已北退，惠帝调魏国公徐辉祖回京，官军势孤，遂退守灵壁。燕军先截其粮道，大获胜利，并乘胜攻占灵壁。五月，燕军渡淮，大败官军，尽获其战舰，并迅速占领盱眙、扬州、仪真。随即集舟以备渡江。
仪真既破，燕军舟船往来江上，京师危惧。惠帝遣庆成郡主（棣从姊）至燕军，许割地，分南北以议和，棣不奉诏。
六月三日，燕军自瓜州（在今江苏镇江市对岸），誓师渡江。时微风轻扬，长江不波，舳舻相衔，旌旗蔽空，金藏兀震，官军惊恐，燕军迫岸，官军纷纷投降，镇江守将亦降。
十三日，燕军至应天金川门，谷王朱橞及李景隆开门迎降。惠帝不知所终。争夺皇位之斗争，遂告结束。
十七日，棣即皇帝位，改年号为永乐元年，复周王朱橚，齐王朱榑之爵位，杀惠帝之太子朱文奎。清宫三日，诸宦人、女官、内官多诛死。又以“奸臣”之名，捕杀齐泰、黄子澄、方孝孺等八十余人。或割鼻，或寸磔，或下油锅。甚者坐及宗族、亲友、门生。方孝孺株连十族，死者八百七十三人。大理丞邹瑾城陷自杀，但仍诛其家族四百四十八人。其他坐罪一族至三族者亦不少。此次清洗前后死者数万人。
即位之后，其主要措施：
一、加强中央集权
削藩。棣以反削藩为名起兵，但亦深知藩王兵权过重之害。因此，即位之初，徒拥兵众多之宁王朱权于南昌，又以代王朱桂、岷王朱楩有罪削其护卫。永乐四年（公元1406年），齐王朱榑亦以有罪被削护卫，废为庶人。其他如辽王朱植之护卫亦被削，晋王朱㭎被废为庶人。十八年（公元1420年），有告周王朱橚反者，橚惧，主动献出护卫。至此，诸王中威胁最大者之军权尽除。
命宦官出镇。“靖难”之时，宦官多支持燕军，棣以为忠于己，因之命其中有谋者出镇贵州、广西等地；设置东厂（特务组织），以宦官掌管，明代宦官千政自此始。
二、迁都北京
永乐元年（公元1403年）二月，改北平为北京。四年（公元1406年），下令营建北京宫殿。十八年（公元1420年），北京宫殿成，始以北京为京师，改应灭为南京。次年，迁都北京。
三、发展生产
移民垦荒。即位初，徒直隶（今河北省）、苏州等十郡，浙江等九省，以及山西富民以实北京。后又多次从南方移民北方。又铸造农器，给山东贫民。
兴修水利。明初，苏，松、嘉、湖诸郡频年水灾，有司屡治无效。永乐元年（公元1403年），棣发民夫十余万，浚吴淞江，历时年余。又疏通运河，使漕运直达通州。
四、遣使外域
永乐三年（公元1405年），令中官郑和出使西洋诸国，寻觅惠帝下落，通好四邻。六月，和率将士二万七千八百余人，乘大船六十二艘，从苏州启航，先至占城（故地在今越南中南部），后至今印度尼西亚、斯里兰卡、印度等地。五年（公元1407年）秋，返回。之后，棣又五次遣和出使西洋，先后到达三十余国。至此，中国威名远播，入贡者不绝。
五、平安南（今越南）
惠帝时，安南相黎季犛杀其国王陈日焜和国王弟、子。国王孙陈天平来朝哭诉。棣遣使责之，时新立为王之季犛（自称太上皇）子胡苍遣使谢罪，并伪称欢迎太平归国。永乐四年（公元1406年），棣以兵五千护送太平；但至安南境，终为伏军所杀。七月，棣派军讨之。次年，大破安南军，擒黎氏父子送京；设十七府、五州十三卫三司治之。
六、亲征漠北
元朝灭亡后，其残余逃亡漠北。后因内部纷争，分裂为鞑靼、瓦剌、兀良哈三部，不时侵扰明边境。“靖难之役”，棣曾借助兀良哈部之骑兵。事成之后，棣以大宁卫（治所在今内蒙古宁城县西）作为酬谢，对其他二部亦采取修好政策。
永乐七年（公元1409年）六月，鞑靼可汗本雅失里杀明使郭骥。七月，橡命淇国公邱福率隋骑十万讨之，且戒之“毋失机，毋轻犯，毋为所绐。”但福孤军轻进，致全军覆没于胪朐河（今蒙古人民共和国克鲁伦河）中游地区。
次年二月，棣率师亲征。本雅失里惧而西奔，其相阿鲁台东奔。五月，大败本雅失里于斡难河（今之鄂嫩河）。六月，转兵东向，大败阿鲁台于今之哈拉哈河。
鞑靼部由此势衰，瓦剌部势力转强。十一年（公元1413年）七月，瓦剌部攻杀本雅失里，阿鲁台势穷内附。瓦剌部遂绝朝贡，留使不遣，并企图南犯。棣决定北征瓦剌。
十二年（公元1414年）四月，棣督师北进。六月，先败瓦剌部于三峡口（在今内蒙古多伦县西北），继之又败其于忽兰忽失温（在三峡口西），并乘胜追击，重创瓦剌部。瓦剌势衰，遣使谢罪。
之后，明朝处境困难。倭寇（日本）屡扰掠沿海，北起今之辽东半岛，南至浙江、福建、广东。十八年（公元1420年），唐赛儿（女）在山东益都率众起义。连年战争，及营建北京、修河之巨额支出，加之灾荒，国库空虚。而鞑靼经多年休养生息，势力转强。常扰边境。棣遣使责之，阿鲁台不改。十九年（公元1421年）十月，大举围兴和（今河北张北县）。棣决定再度北征。
二十年（公元1422年）三月，明军至鸡鸣在山（即古之涿鹿山，在今河北涿鹿县东南），阿鲁台闻棣亲征，乘夜北逃。明军经赤城、开平（治所在今内蒙古多伦县北）、应昌（在今内蒙古克什克腾旗西达来诺尔附近），七月，至今之克鲁伦河。阿鲁台尽弃辎重，携其家属逃去。橡发兵收其所弃牛羊驼马，焚其辎重，然后班师。在回师途中，又击败兀良哈（阿台之羽翼）。
次年七月，阿鲁台部南犯。八月，棣率师至西阳河（在今河北怀安县东洋河上游），闻阿鲁台为瓦剌所败，部众溃散，遂班师回京。
二十二年（公元1424年）正月，阿鲁台犯大同、开平，诸将请战。四月，兵发北京。军至答兰纳木儿河（似在呼伦池及贝尔湖一带），未见敌踪，乃引军还。
七月十六日，棣至苍崖戍（在今内蒙古多伦县西北），有疾。十七日，至榆木川（在今多伦县西北），病危。十八日，死。在位二十三年，死时六十五岁。秘不发丧，溶锡为内棺，裁以龙车，朝夕上膳如常。八月，至京。九月，谥曰体天弘道高明广运圣武神功纯仁至孝文皇帝，庙号太宗，葬长陵（在今北京市昌平县天寿山下，即十三陵）。嘉靖十七年（公元1538年）九月，改谥曰启天弘道高明肇运圣武神功纯仁至孝文皇帝，庙号成祖。因年号永乐，又称永乐皇帝。
棣是明代有作为之皇帝。即位后，躬行节俭，知人善任，亲征漠北。在今之黑龙江、乌苏里江、松花江流域和库页岛（今苏联萨哈林岛），设奴儿干都指挥司，实行管理。加强对西藏管理。西藏在元代叫乌斯藏，实行政教合一制度。明承元制，朱棣制定西藏僧官制度，授予各级僧官不同品级和职位。永乐五年（公元1407年）至十二年（公元l414年），修通从雅州（今四川雅安县）至西藏（元时称乌斯藏）之驿道。在位期间，还命翰林学士解缙主编《永乐大典》，凡二二九三七卷，一一〇九五册，三七〇〇〇多万字。但棣在“靖难之役”，手段残酷，杀人太多；即位后，重用宦官，贻害不浅。
仁宗朱高炽
洪武十一年（公元1378年）七月二十三日生。成祖长子，母徐氏。幼端重沉静，言行有礼；好学问，从儒臣讲论不止，稍长习射，发无不中。
二十八年（公元1395年），立为世子。一日，太祖令其与秦、晋、周三世子分阅卫士，高炽独后还。太祖问之，对曰：“寒甚，士方食。”太祖喜。奉命阅奏章，独取言军民利病者上之。太祖益喜之，曰：“孙有君人之识矣。”
成祖举兵，高炽留守北平，善抚士卒。建文元年（公元1399年）十月，以万人抠官军五十万，北平城赖以全。
成祖即位，议建储君，武臣多请立朱高煦。高煦，成祖第二子，高炽同母弟，屡立战功，多次救成祖于危难之中，又性机智，为成祖所宠爱。但大臣解缙等人力主立长。成祖遂于永乐二年（公元1404年）四月，立高炽为皇太子。
成祖北征，高炽代理朝政，以吏部尚书蹇义、兵部尚书金忠、翰林侍读黄淮、翰林侍讲杨士奇辅之。时四方水旱，灾荒严重，每遣使赈恤，因而名声大著。而高煦、高燧（高炽同母弟）与其党却时时乘机谗之。有问高炽：“亦知有谗人乎？”曰：“不知也，吾知尽子职而已。”
十二年（公元1414年）六月，成祖北征还。高炽遣使往迎，晚期，且书奏失辞。高煦又乘机谗之，成祖怒。杨士奇至，叩头称高炽孝敬诚至，并承担书奏失辞和误期之责。成祖意稍解。
十三年（公元1415年），高煦封青州（治所在今山东益都县），私养兵三千，无恶不作。十四年（公元1416年），成祖尽知其不法事，将其废为庶人。高炽涕泣力救，成祖遂削其二护卫，徒于乐安州（故地在今惠民县）。
十六年（公元1418年）五月，有陈千户者，擅取民财。高炽念其军功，未予处置，而阴附于高煦者谮之。成祖不满，遂杀陈千户，并以不谏之罪，杀赞善梁潜、司谏周冕。
六月，成祖遣礼部左侍郎胡濙巡江、浙，并谕之曰：“人言东宫多失德，汝至京师，可多留数日，试观何如，密奏来。”濙至京师，凡见东宫所行之善，即记之。濙离京后，密奏高炽诚敬孝谨七事，成祖大悦，自是不复疑高炽。
十八年（公元1420年）九月，北京宫殿将成。高炽应成祖之命赴北京，途经各地，访军民之疾苦，问政事之得失。过邹县，见男女采草实以充饥，衣百结之衣，乃召乡老问其疾苦，责山东布政石执中，令其避发官粟赈之。
高炽至北京，成祖多病不视朝，中外事悉由其处置。高炽往往压制宦官，宦官黄俨、江保尤见疏远。俨等不满，日谗于上，播谣言于外。由是常山中护卫指挥孟贤等图谋先毒死成祖，然后举兵，拥高燧为帝。事泄，成祖震怒，顾高燧曰：“尔为之耶？”高燧恐惧战栗不能言。高炽为之解释，曰：“高燧必不与谋，此下人为之耳。”高燧遂得免，高炽自此始安。
二十二年（公元1424年）七月，成祖病逝。八月，高炽即皇帝位。
即位后，出户部尚书夏原吉、刑部尚书吴中、侍郎杨勉、大学士黄淮、洗马杨溥、正字金问于狱，复其官。以大学士杨荣为太常寺卿，杨士奇为礼部左侍郎，大学士金幼孜为户部侍郎，黄淮兼通政使，蹇义仍为吏部尚书。以上诸人均为当时贤能之士。
成祖之世，战争不断，工役频举，百姓负担繁重。高炽即位，即予民以休养生息，停止为宫中采办宝石、金珠、马匹，减赋救灾。
又以“国家恤民，必自去赃吏始。”遣使分巡天下，考察官吏；凡贪污者，严惩，又录其姓名藏于官府。
高炽虽能纳谏，但真正逆耳之言亦难以接受。翰林侍读李时勉，言事过激，高炽怒，命武士杖之，断肋未死，又入狱。
洪熙元年（公元1425年）五月十二日，死于北京钦安殿。死时四十八岁，在位十个月。七月，尊谥曰敬天体道纯诚至德弘文钦武章圣达孝昭皇帝，庙号仁宗。葬于献陵（在今北京昌平县天寿山下，即十三陵）。
宣宗朱瞻基
洪武三十一年（公元1398年）二月九日生。仁宗长子，母张氏。稍长，喜读书，智识杰出。永乐九年（公元1411年）十一月，立为皇太孙。自是，巡幸征讨皆相从。成祖于军中，命学士胡广等为其讲论经史。
二十二年（公元1424年）七月，成祖病逝榆木川（在今内蒙古多伦县西北），瞻基迎丧开平。八月，仁宗即位。十月，立为皇太子。次年五月，仁宗死，瞻基自南京奔丧，高煦（仁宗同母弟）谋伏兵于路，但因事出仓卒，未能得逞。六月，瞻基即皇帝位。
即位后，赏赐高煦特厚。凡高煦所请，均曲从其意。宣德元年（公元1426年）正月，高煦遣人以献元宵灯为名，探听朝廷动静。有人言及此事，瞻基曰：“吾唯推至诚以待之耳。”并复书报谢。
但高煦以瞻基年少新立可欺，日益放肆，图谋夺权。先是遣人秘密至京，约英国公张辅为内应（辅执来人闻于朝），又约山东指挥靳荣等反于济南。瞻基遣使至乐安（故地在今山东惠民县），质疑，并提出警告。高煦陈兵相见，指责朝廷罪过。继而上书污蔑瞻基，斥大臣夏原吉等为奸臣，索诛之。
瞻基知高煦之叛已无法挽回，乃决意亲征。于是一面部署淮安防务，防其南窜；加强京师守备，以防不测。一面于八月十日，誓师北京，率军南下。高煦闻之，始感恐惧。
瞻基先施以分化瓦解之策略，凡反正来归者，厚赏之，令还谕其众；复与高煦书，晓以利害，劝其降服。二十日，官军至乐安，炮击其城，其声如雷。城中多欲执高煦以降，高煦惧，密遣人出城约降，瞻基许之。次日，高煦将出，其觉王斌等固止之，煦乃潜从小道出降。
瞻基执高煦回京师。抵京后，废高煦为庶人，禁锢于西安门内；预谋者被诛六百四十余人，戍边一千五百余人。
在位期间，承仁宗之遗风，政绩斐然，史称“仁宣之治”。
一、亲贤臣，远小人。仍重用仁宗时之大臣蹇义、夏原吉、杨士奇、杨荣、杨溥等人。三年（公元1428年）：罢贪宫刘观（右都御史），以清廉刚正之通改史顾佐代之。佐整顿朝纲，朝纲肃然。奸吏恨之，诬告佐受贿。瞻基明察是非，磔诬告者于市。同年，工部尚书吴中，以官木砖瓦为太监建私第，甚为宏壮。瞻基见之，得知系中所为，遂捕中下狱。又大学士张瑛、陈山，本为瞻基为太子时之东宫旧臣，二人寡学多欲，为官不廉，四年（公元1429年），瞻基罢二人官，朝士称之。因之，朝风大改，清官屡出，苏州知府况钟即为其一。
二、倡节俭之风。即位之初，吴中以宫中御用器物不足，请买于民间，瞻基止之，曰：“汉文帝服御帷帐无文绣，史称其节儉爱民。朕方以俭约率下。”三年（公元1428年），锦衣指挥钟法保请采珠东莞（属今广东省），瞻基以扰民之罪，将其下狱。九年（公元1434年），有僧自陈为瞻基修寺祝寿，而受到斥责，曰：“秦皇、汉武求神仙，梁武帝、宋徽宗崇僧道，效验可见。世人不悟，可叹也！”