南宋初年的“建炎五车队”,则是为了实战而排练的，与“元丰飞虎立成阵图”模仿“八阵法”不同，这一阵法是按照五方操练的。建炎元年(1127年),南宋枢密院颁发了这一阵法。具体的阵法是以50人为1队，并将所有士兵分属5军，假设军中有5000人，那就分为100队，5军，每军20队。这五队根据方位，分为前后左右中5军，前军用红旗，以飞鸟(朱雀)为号；后军用黑旗，以龟(玄武)为号；左军用青旗，以蛟龙(青龙)为号：右军用白旗，以虎(白虎)为号；中军树立黄旗，以神人为号。中军旗帜，应该就是与“带甲神旗”类似的帅旗。此外，还要制作招旗和分旗。训练时，举招旗，5军都要以旗相应，合成一阵；举分旗，5军同样以旗相应，分而成队，左右前后之军，有的变为伏兵，有的化为奇兵。各队都要举旗为号，为了应对因地形、天气等因素造成无法看见旗号的情况，除了旗帜外，各队还要携带“小金”和“应鼓”作为信号。例如到了埋伏之处，慢打小金，各队就会停止行军，进行掩藏；急打小金，伏兵立刻出击；急打应鼓，奇兵立刻出阵，前去战斗。
到了明代，关于旗鼓的信息就更为丰富了。首先来看看戚继光所著《纪效新书》中的旗帜。《纪效新书》是戚继光在东南沿海平倭期间治军经验的总结，众所周知，戚继光因不满东南卫所士兵的素质，而在义乌招募了3千矿工，从头训练，也就是戚家军。不同于诸葛亮、李靖的兵法多有遗失，戚继光操练阵形的方法，被完整地保留在《纪效新书》中，而且《纪效新书》行文非常朴实，如果说白居易的诗歌是“老妪能解”,那戚继光的兵书则是没文化的大头兵也能理解。
卷二《紧要操敌号令简明条款》是训练语录，几乎全为白话，戚继光在新兵学会束伍法之后，就要将这些内容单独成卷，发给士兵诵读，士兵只有熟知这些号令才能进行下一步的操练，先来看看戚继光是如何强调旗鼓的重要性的：
你们的耳，只听金鼓；眼，只看旗帜，夜看高招双灯。如某色旗竖起、点动，便是某营兵收拾，听候号头，行营出战。不许听人口说的言语，擅起擅动，若旗帜、金鼓不动，就是主将口说要如何，也不许依从；就是天神来口说要如何，也不许依从，只是一味看旗鼓号令。兵看各营把总的，把总看中军的，如擂鼓该进，就是前面有水、有火，若擂鼓不住，便往水里火里也要前去。如鸣金，该退，就是前面有金山、银山，若金鸣不止，也要依令退回。肯是这等，大家共作一个眼，共作一个耳，共作一个心，有何贼不可杀？何功不可立？
戚继光用大白话而不是文绉绉地告诉士兵，一定要听旗鼓号令，这比一些佶屈聋牙、故弄玄虚的兵书不知道要高到哪里去了。《纪效新书》中旗帜的内容，率先介绍了旗帜的作用：
凡旗帜，各兵认定各总哨颜色，但本总旗立起，即便收拾听令。若旗左点，则即左行；右点，即右行；前点，即前行；后点，即后行。随旗所指而往，本总旗收卷在地，即各听令立定，如旗不起，脚下即是信地。虽天神来叫移动，也不许依从擅动。夜看高招火鼓，与昼一般。
……
凡旗帜制八方，则色杂而众目难辨；如以东南西北为名，则愚民一时迷失方向，即难认，惟左右前后属人之一身。但一人皆有左右前后，庶为易晓？而在读书有位者，自知即五方五行之制也，然不可以之责行伍之人。凡面所向谓之前，则用红旗，即方为南，行为火，火之色属红，神为朱雀，卦为离。凡面所背谓之后，则用黑旗，即方为北，行为水，水之色属黑，神为玄武，卦为坎。凡左手
二旌旗锣鼓任君驱驰所指谓之左，则用青旗，即方为东，行为木，木之色属青，神为青龙，卦为震。凡右手所指谓之右，则用白旗，即方为西，行为金，金之色属白，神为白虎，卦为兑。凡脚下所立谓之中央，则用黄旗，即行为土，土之色属黄，方为中，神为勾陈，卦为太极。凡人一身，皆有左手、右手、前面、背后、中央，此人人可晓。若举点黄旗，则是中军欲变动，听号令施行；若举红旗，则是前营兵欲变动，听号令施行；若举白旗，则是右营兵欲变动，听号令施行：若举青旗，则是左营兵欲变动，听号令施行；若举黑旗，则是后营兵欲变动，听号令施行。仍不必拘五营之次，但见举黑旗，俱要往后看；但见举红旗，俱要往前看；但见举青旗，俱要向左看：但见举白旗，俱要向右看；但见举黄旗，四面俱要向中看；若见五方五旗俱举点，各营四方各照本方向外执立，听号令施行。凡旗点向何方，随其所点向往，旗不定不止，旗不伏不坐。善哉！孙武子教宫嫔曰：汝知而左右手心背乎？呜呼！此教战之指南，此千载不传之秘文，此余独悟之妙也！
戚继光将五方五行简化为前后左右中，让士兵更容易理解，而且还吐露心声“此千载不传之秘文，此余独悟之妙也”,可以说是颇为得意了。再来看看《纪效新书》以及《武备志》中的各类旗帜。
首先是清道旗。清道旗，顾名思义，就是用来清道开路的。军士持清道旗走在队伍的最前面，让无关人等退避，操演时则承担引领、送还官哨队的任务。如图表现的那样，清道旗上有“清道”2字，旗杆长8尺，上有木葫芦。木葫芦上也可以加装枪头，旗面可用4尺方的蓝布制成，边则用红色。除了清道旗，还有专门的金鼓旗，用来指引金鼓队。在辕门之外，则是两面飞虎旗。飞虎旗高1丈3尺，旗边为黄色，7尺见方。
象征大将的则是坐纛、三军司命旗与豹尾旗。坐藤上绘有八卦，不可用于行阵。三军司命旗，为主将号旗，当有5面，颜色不预设，防止信息泄露。豹尾旗所立之处，没有主将号令，是不能进入的，否则“不问官员大小人等，军法阻拿”,豹尾旗用坚木作为旗杆，长达9尺，旗头用利刃，旗面用绢制成，做成豹尾的形状，阔幅双折，长7尺。
五方旗，可谓是军旗界的明星了，而《纪效新书》和《武备志》则保留了明代五方旗的图案，如图所示。中央黄旗用的并不是神人，而是螣蛇。螣蛇,是古代传说中会飞的蛇,在《荀子•劝学篇》有“螣蛇无足而飞”之语。除了神话传说,螣蛇亦是星象之一,有星22。在用于占卜的六王术中,螣蛇是12天将之一。除丁螣蛇,象征东、西、南北的青龙、白虎、朱雀、玄武则是古老的四象。中国古代四象有两种含义,一个是《周易•系辞上》中的：“《易》有太极,是生两仪。两仪生四象，四象生八卦。”这里的四象指的是春夏秋冬4个季节。另一个则是天文中的四象，早在春秋时代，人们就将天空中的星辰根据东南西北分成了4个区域，每个区域都设想为一种神兽，其中东方为青龙，西方为白虎，南方为朱雀，北方为玄武，《礼记》中记载：“前朱雀而后玄武，左青龙而右白虎。”这4种神兽也是四方的代表，塍蛇加上四象，对应的是五行五方。在5面旗帜上，还有不少干支、五行信息。根据《武备志》的记载“大将之行，先以五色旗导引之”,而青旗象征甲乙日，红旗象征丙丁日，黄旗象征戊己日，白旗象征庚辛日，黑旗象征壬癸日。
五面旗帜的象征意义也比前代要丰富：青旗，代表前方“林薮险隘，下斧镢，斫伐开道”；红旗，代表“前有山峡、高峰、深谷，无避贼寇处，复风大相逼，即抽兵众，逐风烧草以避贼”；白旗，代表“前遇敌列阵，即排列辎重，引兵列阵，择高胜地守隘”；黑旗，代表“前值山川，地濡卑湿，溪涧不平”；黄旗，代表“前平原大泽，无他患害”。
除了五方旗外，还有功用相同的五方神旗。分别是中央王灵官、东方温元帅、南方关元帅、西方马元帅、北方赵元帅。那么,明代的五方神旗上为什么要绘上这五位神灵呢？首先来看位于中央的王灵官。
王灵官是何许人也？王灵官就是姓王的灵官，又叫灵官王元帅。在《西游记》中，齐天大圣孙悟空从八卦炉中脱出后，手执金箍棒，就向凌霄宝殿打去，在灵霄殿外遇上了执勤的王灵官，两人厮打在一起。可见，王灵官在明代已经非常普及了。那么王灵官到底是何方神圣呢？王灵官，是明代进入国家正祀系统的神灵。王灵官相传是宋徽宗时人，姓王名善，是蜀地道士萨守坚的徒弟。到了明代，王灵官成为道教的护法神，道观中将其神像塑在山门内，用以镇守宫观。当然了，王灵官如果只有一个镇守山门的“职务”,是难以位列中央黄旗的，王灵官在明代的道教体系中，被列为天庭26将之首，为玉枢火神。永乐年间，明成祖受道士影响，在紫禁城西就建造天将庙，其中就祭祀着王灵官，其地位之尊崇可见一斑。
除了王灵官外，东方温元帅、南方关元帅、西方马元帅和北方赵元帅，并称为道教“护法四元”。
东方温元帅，姓温名琼，温州人，传说中，是一位“投笔从戎”的神将。据说温琼的父亲温望是唐代人，曾经科举及第，只可惜年老无嗣，上天念其心诚，便让“天火之精”下凡投胎，成为其子温琼。温琼生性聪颖，经史子集、天文地理无所不通，但是屡试不中，在26岁那年愤而成神，成为东岳泰山神麾下的神兵元帅。《三教源流搜神大全》记载温琼被玉帝敕封为亢金大神、翼灵照武将军兵马都部署，是东岳泰山神麾下众神之宗、岳班之首，能够上达天庭、巡察五岳。宋代被封为“翊灵昭武将军正佑侯”“正福显应威烈忠靖王”。不知是不是因为其是温州人，又姓温，民间就把他作为“驱瘟大神”,除了作为东岳的“佑岳大神”,也司职驱除瘟疫。旧时温州习俗，如果发生瘟疫，要抬着温元帅的神像上街出巡，最后把神像放在纸船上，至江中焚烧，以此寓意瘟神疫鬼全被赶走。据说温琼化神以后，变得青面獠牙，或许其青面的特征，又或是无论其出身地温州还是工作地泰山都位于东方，明人将其绘在了东方青旗上。
温琼面青，主东方，那么南方自然是要让红脸的神将来负责了，而论起中国历史上谁是最有名的红脸，那必定是关羽了，不错，南方关元帅正是关羽，关云长。关羽的事迹无需多言，但是关羽在宋代之前只是一名猛将而已，到了宋代，才在宗教人士的运作下获得神号，先是在宋代被封为“显烈王”“义勇武安王”,又在元代被加封为“显灵义勇武安英济王”,到了明代，或许是因为《三国演义》的广泛影响，加上其忠勇的特征符合明代朝廷的价值观，关羽继续被官方加封，明神宗曾经封关羽为“协天护国忠义帝”“三界伏魔大帝”“神威远镇天尊关圣帝君”,清代则继续加封其为“忠义神武关圣大帝”,这也是为什么关羽又被称为关圣、关帝的原因。关羽成神以后，佛道两家都将其纳入自己的神仙体系，在佛教中，关羽是护教伽蓝神，即使在今天，一些佛寺之中也供奉着关羽的神像。在道教中，关羽的地位更加尊崇，是“荡魔真君”“伏魔大帝”。关羽的神职广泛，其除了降妖伏魔外，还负责治病除灾、驱邪避恶、乃至招财进宝，也因为这个原因，关羽的信徒极多，关帝庙在中国的数量可谓首屈一指。
关羽有招财进宝的职能，民间也有将关羽奉为财神的，但是论起财神，最出名的恐怕还是赵公明，而赵公明，正是负责北方的黑旗神将。不过赵公明可不是一开始就是财神的化身。早在东晋干宝《搜神记》中，就有赵公明的记载，不过彼时他只是一个督鬼的将军，在唐代，赵公明的形象不是财神而是瘟神，是当时的五瘟神之一。不过，在《三教源流搜神大全》中，赵公明已经被封为“正一玄坛元帅”了，在书中，赵元帅名朗，字公明，是秦代人，在终南山得道。龙虎山正一道祖师张道陵张天师修炼丹药时，玉帝派赵公明看护，因此得封“正一玄坛元帅”。这时的赵公明已经不仅能驱除瘟疫，还能够保佑从商者，使之得利，已经具备财神的特征了。在《封神演义》中，赵公明则是截教中的一员大将，凭借法术高强，不仅将姜子牙打落马下，更是让一众前来相助的阐教神仙束手无策，最后只能以诅咒的方式让其毙命。封神之日，受封为“金龙如意正一龙虎玄坛真君”,麾下有4位正神，分别是：招宝天尊萧升、纳珍天尊曹宝、招财使者陈九公、利市仙官姚少司，从招宝、纳珍、招财、利市的官职来看，赵公明已经是当之无愧的财神。受小说的影响，赵公明财神的形象深入人心，成为最具代表性的财神。而赵公明的形象，是黑面浓须、头戴铁冠、手执金鞭、身跨黑虎，故亦称黑虎玄坛，这恐怕也是将赵公明放置在北方黑旗上的原因。
面青的温琼上青旗，面红的关羽上红旗，面黑的赵公明上黑旗，那么护法四元帅中最后的马元帅，只能去西方白旗了。马元帅，这个名字或许大家比较生疏，但是他的另一个名字却称得上是家喻户晓，那就是俗语“不知道马王爷有三只眼”的三只眼马王爷。马元帅的原型颇为复杂，其是融合了佛教华光佛、民间信仰五显神等多种特性于一身的神灵。在明代，书商余象斗为了“促销”,一人创作了“四游记”中的《北游记》和《南游记》,与《西游记》《东游记》一样，都是神话小说，其中《北游记》的主人公是真武大帝，而《南游记》的主人公，就是华光大帝马元帅了。根据《三教源流搜神大全》,马元帅名叫马灵耀，曾经降服五百火鸦，斩杀东海龙王，为救母亲大闹地狱，最后被玉帝封为护法。
五方旗外还有五方转光旗，共5面，随主将行动，五方转光旗用于与五方旗相应。出征之时，五方转光旗也可用五行旗替代。同时，还有五方高照旗共10面，或交给奇兵，或在夜晚挂上灯笼，作为信号。八卦旗8面，上画卦象图案，以明方向。
除了五方五行和八卦，还有二十八星宿与六丁六甲。二十八星宿旗，上面绘有二十八星宿，共28面，军队按8门8方的方向出行时，以二十八星宿旗领军。二十八星宿，与前文提及的四象关系密切。古人在将天象分为四方的同时，也将除日、月、金木水火土五星之外所经的星辰分为二十八宿，四象也被称为四宫，每1宫统领7个星宿。到了明代，不光是四象为神兽，二十八星宿都有了对应的动物，例如东方青龙七宿，分别是：角、亢、氐、房、心、尾、箕，分别有对应的动物角木蛟、亢金龙、氏土貉、房日兔、心月狐、尾火虎、箕水豹，七宿又各自与金、木、水、火、土、日、月这“七曜”搭配。在《纪效新书》和《武备志》中，二十八星宿旗还配上了对应的武将。这些拟人化的星宿也是明清小说中的常客。在《西游记》中，大名鼎鼎的黄袍怪就是西方七宿中的奎木狼下凡；在小雷音寺，孙悟空被困在黄眉童子的金饶中时，正是二十八星宿前来相救，亢金龙用角钻进金铙，孙悟空附在龙角之上才得以逃脱；在金平府对战3只犀牛精时，天庭也派二十八星宿中的四木星君：角木蛟、井木犴、奎木狼、斗木 下凡帮助孙悟空，二十八星宿可谓是天庭的救火队了。在《水浒传》中，辽军兀颜光麾下有二十八星宿将军，在《封神演义》中，二十八星宿则是由阵亡的将领受封。除了二十八面星宿旗外，还有二十八宿号带旗4面，每一旗上有一方七宿，青旗为“角亢氏房心尾箕”这东方七宿，红旗为“井鬼柳星张翼轸”这南方七宿，白旗为“奎娄胃昴毕赀参”这西方七宿，黑旗为“斗牛女虚危室毕”这北方七宿，这4面号旗与坐纛相配，象征四方，但是因为过于笨重，临阵不可以用。