其时，神宗早已倦于朝政，不见群臣达25年之久。为了结此事，破例亲自出马。神宗驾幸慈宁宫，召见首辅方从哲、阁臣吴道南以及文武诸臣人内相见。神宗先责诸臣离间其父子，又令只把张差、庞保、刘成三人处死，余皆不论。又执太子手示群臣曰：“此儿极孝，我极爱惜。”又曰：“彼从婴儿至今已成人矣。朕如别有他意，何不早就更换，且三皇子福王已出居其封地（河南），离此千里之遥，非朕宣召，彼能飞至乎？”皇太子曰：“似此疯癫之人，决了也罢，不必株连。”又曰：“我父子何等亲爱……”神宗连声问群臣：“尔等听（到）皇太子语否？”既然神宗、皇太子均不愿追究此事，群臣唯有听命照办之一途。出慈宁宫后，立即传谕法司，磔张差于市，庞保、刘成暗中处决于内庭。梃击一案草草了结。三案之二——红丸案万历四十八年（1620）七月，神宗朱翊钧病死。八月初一日光宗即位。即位时已有病。数日后内医太监崔文异进泻药。光宗服后，病情加重，腹泻不止，一日三四十次，不能临朝。首辅方从哲等赴宫门问安。光宗竟“数夜不得睡，日食粥不满盂，头目眩晕，身体罢软，不能动履”⑧。二十九日，光宗召阁臣方从哲、刘一燥、韩旷等至乾清宫，光宗复问：“有鸿胪寺丞进药者安在？”方从哲奏：“鸿胪寺丞李可灼，自云仙丹，臣等未敢轻信。”光宗命宣李可灼至，李可灼诊病后进一丸，药色红，即所谓红丸者。光宗用药后稍有好转，称其为忠臣。诸臣出宫门外等候。下午，李可灼出，言复进一丸。方从哲等问病状，李可灼以如前对。九月初一日，在位方一月的光宗即驾崩。光宗为明朝在位时间最短的皇帝。
光宗之死，内外臣僚皆归咎于李可灼。惟首辅方从哲以光宗遗诏，拟赏李可灼银50两，群情大哗。纷纷上言，弹劾李可灼及方从哲。方从哲始改赏银50两为罚俸一年。而事尤未息，群臣继续弹劾崔文舁、李可灼及方从哲三人。崔文舁原为郑贵妃亲信，擅用泻药，使光宗元气不能恢复，有弑君之罪；李可灼连进二丸，致光宗于死地，未能寿终，弑君之罪不容恕；方从哲“不伸讨贼之义，反行赏奸之典”，其“十大罪、三可杀”，罪责难逃……先后上疏弹劾者主事王之案、刘宗周等四十余人。红丸一案最后以李可灼充军、崔文舁贬放南京、方从哲仍无事而告终。
三案之三——移宫案移宫案为三案最后一案。移宫所指宫殿为干清官。干清官地位之重要，左光斗曾有评说：“内廷之有干清官，犹外庭之有皇极殿。惟天子御天居之，惟皇后配天得共居之。其他妃嫔虽以次进御，不得恒居。非但避嫌，亦以别尊卑也。”⑨干清官实乃帝权之象征，为妃嫔所向往者。
当光宗即位后，原一再阻挠的郑贵妃惧帝忌恨，一改往日常态，极力讨好光宗，以珠玉及美女四人进献，选侍李氏最得帝宠。郑贵妃又献媚于李选侍，两人互相勾连，郑贵妃为其争封皇后，请其随光宗皇帝迁至乾清宫（按：当时新天子尚无皇后，即位前之太子妃郭氏已去世）；李选侍亦请晋封郑贵妃为皇太后。于是光宗命首辅方从哲封贵妃为皇太后，方从哲命礼部照办，经侍郎孙如游力争，事乃止。后又召方从哲、刘一燥、韩旷等至干清官，光宗至东暖阁，仍谕册封李选侍为皇贵妃⑩。此后不久，光宗病死。光宗死后，按例李选侍当迁出干清官，由继承帝位之新天子入内居住。然李选侍坚持不迁。为此李选侍及兵科给事中杨涟等争斗不邑，由此生发很多变故，史称“移宫案。”
光宗皇帝死于即位第30天凌晨。由于死得突然，当时并无大臣守卫在侧。李选侍与心腹太监李进忠（即魏忠贤）密谋，企图挟持即将登位的皇长子、年方十六岁的朱由校据干清官，以操纵朝政。移时，阁臣方从哲、刘一燥、韩火广，尚书周嘉谟以及张向达、杨涟、左光斗等前往哭临（即向遗体告别）。至干清官内，遭侍卫内监持梃拦阻。经杨涟怒喝，始入。哭临毕，请见皇长子。皇长子被李选侍藏于暖阁不得出。廷臣问“皇储安在？”众内监不答。惟王安近前悄声告以实情，并拉皇长子出。廷臣一见皇长子，立即高呼“万岁”。左右挟住，出宫门登上御辇。此时官内仍不断传出“哥儿回来”之声。李进忠等内侍几次追赶出来，企图夺下皇长子。刘一爆靠紧御辇疾行，护送皇储到文华殿。在此等候的群臣拜呼“万岁”，当即把皇储先行立为东宫，暂住慈庆事内。至此群臣一方与李选侍一方的斗争已先胜一局。
群臣议定于初六日拥戴朱由校登极，登极则必先腾出干清官，于是诸臣纷纷上疏要李选侍从速离宫。其中，御史左光斗之疏曰：“选侍既非嫡母，又非生母，俨然尊居正宫，而殿下乃退居慈庆，不得守几筵，行大礼，名分谓何？选侍……其人，岂可以托圣躬者……”
李选侍其时正与李进忠谋划对策。直拖至九月初五日即新天子登基前一天，群臣愤怒已极，纷纷至干清官门外，高声呼喊，要李选侍迁出，声彻大内。李选侍慑于群情汹汹，不敢再拖，匆匆忙忙，于当日离开干清官，迁往仁寿殿暂住。次日，皇长子朱由校得以如期即位，且住进乾清宫。移宫一事，奎此似可了结，然由于搬迁时间太紧，竟又生出种种枝节，遂使移宫一事终又成为移宫一案。
由于搬迁时间过于紧迫，迁出时甚为混乱。当李选侍移宫之际，太监王安等从中恐吓。李选侍惶恐，未能等及侍从相助，手抱八公主，徒步以行。凡簪珥衾绸之物，俱为群阉掠夺。“内阉李进忠、刘朝、田诏等乘机窃盗内帑，据为已有。有人因怀藏金宝沉重，跌倒于乾清宫外，金宝撒满地上，暴露出偷盗之行为。当时被捉获者有内侍刘逊、刘朝、田诏等人，后陆续捉到者有王永福、姚进忠、姜升等多人，皆李选侍的近侍。
对乘乱盗取内府秘藏一事，新天子熹宗朱由校愤怒之极。传谕交刑部严办。被捕诸内侍到刑部，上下打点，非但无罪，而且散布流言，进行反击，曰：新皇帝待先朝妃嫔太薄。李选侍的侍人、内监，一旦失势，亦甚不满，对此着意渲染，沸沸扬扬，甚而传出李选侍投环自缢、皇八妹投井自杀的传闻。于是御史贾继春上书内阁，责备阁臣于新帝即位伊始，即导之以违忤先皇，逼逐庶母，结尾又曰：“玉体未寒，爱妾奠保，忝为臣子，夫独何心！”给事中周朝瑞等迎头痛击痛骂贾继春为奸党。贾继春又上疏反击，疏中有“伶仃之皇八妹，入井谁怜！孀寡之未亡人，雉经莫诉”等句，把外间传闻以骈句加以宣扬，传诵一时，成为各句。最后，才即位的熹宗不得已亲自出面，降敕谕说明移宫原委。杨涟亦有《敬述移宫始末疏》一文。事实真相方得以大白。杨涟暂且回籍以避风；贾继春上疏认罪曰：“凡疏上所言皆道听途说，实该万死。”最后仍不能免，被“除名永锢”。
“三案”均属宫廷案件。三案本末，已经有始有终，三案结局，元凶已获，罪人伏法，原可算已经了结。然明代末期，门户更多，党争更烈。及阉党魏忠贤当道，修《三朝要典》，三案全部翻倒：梃击案则祸首为王之窠，以“捏造案情，用以敲诈”之罪名受到围攻，先给以“除名”处分，然后将其抓入狱中，令其退赔。“赃银”八千两。退赔不出便按期追比（按期用刑逼索），逼死狱中。红丸案则祸首孙慎行，先是受“削夺”处分（即削去其官籍，夺去其所有官阶、封号），继又被遣戍宁夏（尚未成行，崇祯继位，乃得赦免）。至于东林党人如邹元标、高攀龙、李三才等，均受追论。邹与李已死，仍遭削夺，高攀龙曾要严治崔呈秀之贪污罪，而今崔呈秀派出缇骑，将其抓进京去论罪。高攀龙于缇骑将到之时自沉于池而死。移宫案则罪魁并指为杨涟及左光斗，均以“党同伐异，招权纳贿”被定罪追赃。追不出赃乃五日一追比，用刑拷打，至体无完肤，惨死狱中。及崇祯嗣位，三案又翻了回去。崇祯先惩办罪大恶极的魏忠贤。魏忠贤得知要逮回京师自杀于行抵阜城途中。粉碎魏党后，乃为三案被冤诸人进行平反，冤死诸人均一一给以赠官赐恤；被遣戍者，召回复官任用。崇祯帝迅速而有效地扑灭魏党，消灭魏阉气焰，平反“三案”。
注释①皇次子生一岁而夭亡。
②《明史纪事本末》卷六七《争国本》。
③《明史》卷二一八《申时行传》。
④明廷封常洵为福王，常浩为瑞王，常润为惠王，常瀛为桂王。封王后，福王长期逗留京师，廷臣不断请其就国，直至万历四十二年，福王就国后，群情始安。
⑤《明史》卷二四四《王之窠传》。
⑥⑦温功义《三案始末》。
⑧⑨《明史纪事本末》卷六八《三案》。
⑩光宗谕册封李选侍为皇贵妃，而李选侍欲争封皇后。当时光宗语未毕，李选侍披帏立，呼长子朱由校入，与之语，又复出，皇长子对皇帝曰：“要封皇后，不要封皇贵妃。”
文秉《先拨志始》卷上。萨尔浒之战在现今辽宁省抚顺市东大伙房水库附近，有一座形势险要的山，名叫萨尔浒山，历史上著名的萨尔浒之战就发生在这里。这次战争以明军惨败、后金（即后来的清王朝）军大胜而告终。从此以后，明朝在对后金的战争中，一直处于防御地位。
明朝末年，朝政腐败，辽东守将李成梁贪污跋扈，国家的军费大部被他吞没，使辽东武备日益废弛。这时居住在今吉林东北部牡丹江、绥芬河地区的建州女真，一天天壮大。公元1563年，在其杰出领袖努尔哈赤（1559-1626）的领导下，基本上完成了女真族内部的统一，于1616年在赫图阿拉（今辽宁新宾附近）创建了大金汗国，史称后金。为了向内地掠夺口扩张势力，努尔哈赤将进攻矛头指向明中央政权。
明万历四十六年（1618）四月，努尔哈赤宣称与明廷有“七大恨”，以此为口实，告天誓师，对明朝发动进攻。
“七大恨”的第一条，是说明朝杀害了他的祖父和父亲。原来明神万历二年（1574），建州右卫首领王杲（ɡǎo。稿）带兵进攻辽东，被明辽东总兵李成梁打败，王杲投奔海西女真（居住在今松花江流域）哈达部王台，王台把他缚送到李成梁那里，被李成梁磔死。1583年，王杲的儿子阿台为父报仇，占据古勒山寨（在今辽宁新宾附近），反对明朝。李成梁利用明朝扶植的苏克素浒河部的图伦城主尼堪外兰，引明军攻打阿台，阿台困于古勒寨内，被部下杀死。明军攻入寨内，对战败者全部屠杀，连前来劝说阿台降明的努尔哈赤的祖父叫场和父亲塔失（都是王杲的部将），也被杀死。因此，这就成为努尔哈赤进攻明朝的一个主要借口。
“七大恨”的第二、四、六、七条，是诉说明朝偏袒他的对手女真族的哈达、叶赫部（均为海西女真部落）。第三、五条，是说明朝窃逾疆场，肆其攘夺；拘捕后金使臣，挟杀金人；遣兵驱逐柴河、三岔、抚安三路耕民，不容刈获。
努尔哈赤在发布誓师词后，亲自率领大军二万人，分两路进攻抚顺。在进军前，他向全军申明军纪：“阵中所得之人，勿剥其衣，勿淫其妇，勿离其夫妻；拒敌者杀之，不拒敌者勿妄杀”①。同时颁布《兵法之书》，规定了用兵作战的原则：“用兵则以不劳己、不顿兵、智巧谋略为贵焉。若我众敌寡，我兵潜伏幽邃之地，毋令敌见，少遣兵诱之。诱之而来，是中吾计也，诱而不来，即详察其城堡远近。远则尽力追击，近则直薄其城，使壅集于门而掩击之。倘敌众我寡，勿遽近前，宜预退以待大军，俟大军既集，然后求敌所在，审机宜，决进退，此遇敌野战之法也。至于城郭，当视其地之可拔，则进攻之；否则勿攻。……盖制敌行师之道，自居不可胜，以待敌之可胜，斯善之善者也。”②在夺取抚顺的战役中，努尔哈赤正是运用上述的用兵之道因而取胜的。
抚顺城濒临浑河，是建州女真同明朝互市的重要场所，努尔哈赤青年时，常来这里贸易，因此这里的山川地理形势，他了如指掌。当时明朝驻守这里的是游击李永芳，以前努尔哈赤也曾同他打过交道。努尔哈赤派出先遣部队假冒商人来抚顺扣市，将抚顺商人和军民诱出城外贸易。然后后金主力乘机突入城内，捉住守将李永芳，抚顺遂不战而下。同日，后金军左四旗兵又攻占东州（今沈阳东南）、马根单（在赫图阿拉西南）两座城池。当后金军撤走时，明广宁（今辽宁北镇）总兵张承胤领兵万余人仓促来追。努尔哈赤派军环攻，利用风沙大作的有利天时，全歼明军，俘战马九千匹，甲七千副，兵仗器械不可胜计。努尔哈赤在初战大胜后，又于同年七月，亲统八旗军，进鸦鹘（hú胡）关，围清河城（今辽宁本溪东北），明朝守将闭门固守，城上施放火器，八旗兵死伤千余人。努尔哈赤命军士头顶木板，从城下挖墙而入，城陷，守将及兵民万人皆战死。
抚顺败报传至京师，明廷举朝震惊。明神宗慌忙召集九卿科道会议，商讨“大举征剿”赫图阿拉的决策。万历四十七年（1619）二月，后金军转攻叶赫部，叶赫部向明告急。明神宗感到边事十分危急，立即从全国各地调集军丁十万人③齐集沈阳，派兵部尚书杨镐（hào号）为辽东经略，向后金发动总攻击。杨镐的作战方针是：以赫图阿拉为目标，分进合击，四路会攻，企图一举围歼后金军，其部署如下：西路：即抚顺路，以山海关总兵官杜松为主将，率领三万人担任主攻，由沈阳出抚顺关，沿浑河右岸（北岸），入苏子河谷，从西面进攻赫图阿拉。
南路：即清河路，以辽东总兵官李如柏为主将，率军二万余人，从清河出鸦鹘关，从南面进攻赫图阿拉。
北路：即开原路，以原任总兵官马林为主将，率领所部及叶赫兵共二万余人，由靖安堡出，经开原、铁岭，入浑河上游地区，从北面进攻赫图阿拉。
东路：即宽甸路，以总兵官刘铤为主将，率官兵一万余人，会合朝鲜军队共约二万余人，经宽甸沿董家江（今吉林浑江）北上，由南面进攻赫图阿拉。
辽阳和广宁为明朝辽东根本重地，派总兵官秉忠率兵一部驻守辽阳，为机动部队；总兵官李光荣率军一部戍守广宁，保障后方交通。并以管屯都司王绍勋总管督运各路粮草。
杨镐坐镇沈阳，指挥全局。此人既庸懦昏聩，又骄躁寡谋。原定二十一日出师，十六日天降大雪，跋涉不前，复改于二十五日进攻。杜松因大雪迷路，请缓师期。刘铤也以未谙地形，再请缓师。杨镐勃然大怒道：“国家养士，正为今日，若复临机推阻，有军法从事耳！”④杨镐只图侥幸取胜，置天时、地利、人心、敌情于不顾，限令明军四路兵马于三月初二会攻赫图阿拉。但是，四路明军出动之前，“师期已泄”⑤，作战企图已为后金细作侦知，因而努尔哈赤得以从容作出对策。
努尔哈赤探知明军四路进击的军事部署后，认为明军“南北二路皆山险，且远敌不能即至，宜先败其中路之兵”⑥，并决定采取“凭尔几路来，我只一路去”⑦的集中兵力、逐路击破的作战方针。努尔哈赤率八旗精兵六万人，再加上其它兵力共约十万人，集结于赫图阿拉附近，准备迎击来势汹汹的明军。二月二十九日，后金军发现刘铤军先头部队从宽甸北上，后又侦知杜松军出抚顺关东进。努尔哈赤判断：“明使我先见南路有兵者，诱我兵而南也；其由抚顺所西来者，必大兵也，急宜拒战。破此，则他路兵不足患矣。”⑧因此，只派五百人防守自宽甸来攻的刘綎先头部队，集中主力迎战杜松军。杜松是一个刚愎自用、有勇无谋的将官，他悬军深入，轻敌冒进。为了抢头功，他命令军卒不待舟筏，策马渡河，浑河流急，明军淹死的不计其数。三月初一，他驰至萨尔浒。其时，北路马林军始由开原出铁岭，叶赫军尚未行动，后金军砍树塞道阻滞，尚在途中；南路李如柏军，虽由清河堡出发，但行动迟缓，二月二十九日则刚出鸦鹘关；东路刘铤军虽于二月二十五日出宽甸，但因在凉马佃会朝鲜军，尚在马家口一带行进中。只有杜松所部“违期先时出一口”⑨，已进至萨尔浒。杜松分兵为二，以主力驻萨尔浒山下；自率万人进抵吉林崖（在萨尔浒东北），攻打界凡（在赫图阿拉西北铁背山上）城。
努尔哈赤命代善、皇太极率少数兵力援界凡，亲统八旗铁军冲向萨尔浒。明军用战车列阵，放火铳，发巨炮，炸弹爆发，血肉横飞。后金铁甲骑兵奋力冲击，在呐喊声中，狂扑明军萨尔浒大营。铁骑集中一点，攻陷方阵，突破战线，纵横驰突，一鼓作气，攻下了萨尔浒明军大营。紧接着，后金军又驰赴界凡。当时进攻界凡的杜松军，听到萨尔浒大营失陷的败报，军心已动摇，又遇到从吉林崖山下压过来的后金军，士气更加低落。杜松率官兵奋战数十余阵，企图占据山头，忽然大风扬尘，对面不见人，明军打起火把，从明击暗，铳炮打人丛林，对后金军杀伤甚微；后金军从暗击明，发无不中。后金军以数倍于杜松军的兵力四面围攻，杜松左右冲杀，矢尽力竭，落马而死，他率领的军队全军覆没。《清太祖高皇帝实录》记说：“明总兵杜松、王宣、赵梦麟等皆没于阵，横血流成渠，其旗帜、器械及士卒死者，蔽浑河而下，如流澌焉。”杜松贪功冒进，轻骑深入，不谙地形，舍长取短，终于遭致惨败，是必然的。
明军主力杜松部被歼灭后，努尔哈赤又乘胜挥戈北上，急攻驻守在尚间崖（在萨尔浒东北三十余里）的马林军。马林见杜松兵败，所部军哗，急忙转攻为守，形成“牛头阵”：马林亲自率军驻尚间崖，依山结成方阵，环营挖三层壕堑，壕外排列骑兵，骑兵外布枪炮、火器、壕内布列精兵。参将龚念遂在斡珲鄂漠结营。潘宗颜在飞芬山扎营，两营相距数里，成犄角形。马林自以为“牛头阵”既能互相救援，又能以战车和壕堑阻遏后金骑兵的突袭。但他消极防御，兵力分散，恰好给努尔哈赤提供可乘之机。三月初三，努尔哈赤集中兵力进攻龚念遂营。后金骑兵猛冲龚营一隅，突破缺口后，接着以步兵正面冲击，攻破明军车阵，龚念遂营破战死。
努尔哈赤在攻破龚念遂后，又率主力进攻尚间崖，马林率军迎战。两军短兵相接，骑兵横驰，正在酣战之际，主将马林怯战，策马先奔，副将麻岩战死，余众大溃，后金军夺占尚间崖。接着率兵击破潘宗颜部，潘宗颜营溃战死。叶赫军至开原中固城，闻马林兵败，大惊而遁。北路明军。除主将马林率数骑逃回开原外，全军皆没。
努尔哈赤击败马林军后，立即移兵南下，进攻宽甸路的刘铤军。刘铤治军向称严整，行则成阵，止则成营。炮车火器齐备，装备精良。努尔哈赤为全歼刘铤军，乃采取诱其速进，设伏聚歼的战术，事先设伏于距赫图阿拉东南约五十里的阿布达里冈，以五百名精骑诈充明杜松军赚诱刘铤速进。阿布达里冈一带，重峦叠嶂，山路险隘，刘铤督令兵马单列行进。后金军弥山盈谷，伏兵四起，首尾齐击，四围厮杀。刘铤力战，中流矢而死。朝鲜援兵被迫投降。
杨镐在沈阳，听到明军三路败报，急令清河路李如柏回军。李如柏怯懦蠢弱，出师晚，行动缓，仅进至虎拦冈（在清河堡东），还没有同后金军交锋，即接到回师命令。后金哨探二十人在巡逻中，发现李如柏退兵，发出冲击信号，明军以为后金主力发起进攻，惊恐溃逃，后金军乘势斩杀四十人，获马五十，明军自相践踏，死伤千余人。
萨尔浒之战，是明与后金争夺辽东的关键性一战。这次战斗前后不过五天，以明军溃败和后金军大获全胜而告结束。明军由于政治腐败，军事废弛、将帅不和、指挥失算而遭到惨败。后金汗努尔哈赤则正好利用明军上述弱点，再加上充分发挥自己的军事指挥才干，终于取得辉煌战果。后金军此战的胜利，不但使其政权更趋稳固，而且从此夺取了辽东战场的主动权。而明军自遭此次惨败，完全陷入被动，辽东局势顿形危急。乾隆皇帝曾称颂这次战役说，清朝的“基业实肇乎此。”可见此役对后金的深远意义。
注释①《满洲实录》卷四。
②《清太祖高皇帝实录》卷五。
③明军数字，各书记载不一。《三朝辽事实录》作八万八千五百五十人，《辽广实录》作九万人，《明史纪事本末补遗》作十万人，《光海君日记》作十四万人，《满文老档》和《清史稿》作二十万人，《清鉴辑览）作二十四万人。《清实录》作二十万人、号四十七万等。
④《明史纪事本末》卷四。
⑤《明神宗实录》卷五八○。
⑥《清鉴易知录》前编二，天命四年三月。
⑦夏允彝：《幸存录·东彝大略》，《明季稗史初编》卷一五。
⑧《清太祖高皇帝实录》卷六。
⑨《明神宗实录》卷五八○。
袁督师蒙冤袁崇焕，字符素，广东东莞人，为人慷慨有胆略。喜欢兵法，每遇老将退休士兵还乡，总要跟他们谈论边塞之事，通晓边塞守备形势，常以边塞将才自许。