与朱元璋本人立言与行动自相矛盾一样，有明一代所制订的法律体系也形成自相矛盾的双轨制，一是所谓《大明律》系统，一是所谓《大诰》系统。朱元璋在建国之初，就召集重臣依据唐朝律令制订王朝的新法律，经过反复修订，直到洪武三十年（1397年）才最后正式颁布。《大明律》系统基本反映了朱元璋一贯倡导的“法贵简当、使民寡过”的立法思想。而在《大明律》制订的同时，朱元璋本人亲自审决了大批的案件，包括明初四大案，《大诰》就汇集了朱元璋对这些案件处置过程的详细记录。“颁之臣民，永以为训”，即作为日后官吏量刑定罪的范例，《大诰》于洪武十八年（1385年）颁行，次年又颁布了《大诰续编》、《三编》。朱元璋处置的案件大多涉及贪渎，正如同对待“空印案”与郭桓贪污案一样，朱元璋一概从严惩处。据不完全统计，以凌迟、枭首、族诛等处置的就有几千个案件，弃市以下判决的更多达一万多起。
另外，朱元璋在审理过程中所使用的酷刑更是名目繁多，令人心惊胆战。不寒而栗。如断手、剁指、挑筋、刖足、黥面、枷死、剥皮实草等等，不一而足。除了在文章开始引用的赵翼《廿二史札记》所记载的情形外，明人李默在所著《孤树裒谈》中对朱元璋发明的多种酷刑作了相当细致的描述：国朝初年喜用重刑，凌迟处死之外，有“洗刷”，即将裸体置于铁床之上，浇以沸水；有“铁帚”，以铁制扫帚扫去皮肉；有“枭令”，以铁钩钩住犯人后嵴悬吊；有“称竿”，即把犯人缚在竿杪之上，似半悬而称之；有“抽肠”，也是把人挂在架上，以钩钩入谷道而出；有“剥皮”，剥赃官贪吏之皮，置公座之侧，令代者见而知儆惩之意。
种种刑罚无奇不有，惨无人道，令人发指。《大明律》明确废除了历代相承的黥、刺、劓、阉等酷刑，而朱元璋发明使用的酷刑要比这些刑罚残虐百倍。大讲“礼法为国之纲纪”的朱元璋，自己的所作所为却率先破坏了国家的法律。以“空印案”与郭桓案为例，朱元璋名义上以惩治贪污为理由，却以证据严重不足的罪责擅兴大狱。拷讯成招，广事株连，不问真伪，充斥着蛮横与强暴，没有丝毫的公正平允可言。
在这样滥施淫威的君主统治下，各级官吏无不战战兢兢。如履薄冰般地度日如年。这种滥施刑罚的恐怖主义的统治方式使绝大多数官员噤若寒蝉，惟恐招来杀身之祸。根据明人笔记的说法，朝堂之上，朱元璋是否下决心大批杀人。是很容易看得出来的。要是这天他揿玉带在肚皮底下，便是大风暴的信号，准有大批官员被杀，满朝官员吓得面无人色，个个发抖；要是这一天，他的玉带高高地贴在胸前，大概杀人就不会多。朱元璋真可谓将中国历史上专制帝王的淫威表现得淋漓尽致，他似乎已不像一位统治天下的君王，倒像一位十足的丧失人性的屠夫，而那些大臣都成为可以任意屠戮的羔羊。偌大的殿堂也就顺理成章地成了血流满地的屠宰场。
当时有人为朱元璋这种滥施酷刑的做法辩护，说宋元中叶统治者专事姑息，赏罚无章，导致了国家最后败亡，因此朱元璋为痛惩其弊，才制定严刑峻法。官任平遥训导的叶伯巨指出：“开基之主垂范百世，一举一动都要使子孙有规可守，况且刑者为民之司命，不可不慎。”而正是在朱元璋这种“刑罚己出”的错误导向下，明初案件审理出现特别反常的现象：“用刑之际，多裁自圣衷，遂使治狱之吏务趋求意旨，深刻者多功，平反者得罪，欲求狱之平，岂易得哉？”也就是说，正是由于朱元璋不顾具体犯罪事实，对司法审判过多干预，独断专行，致使各级官僚在断案之时一意揣度朱元璋的意旨，务求严苛，以求得朱元璋的欢心而根本不顾是非曲直。如有官吏根据事实平反冤狱，却往往科以“结党营私”的罪名，这怎能保证司法的公正呢？
明初，对朱元璋的酷刑政治最具代表性的评价要算解缙的上疏了。在这篇长达数千言的上疏中，解缙慷慨陈词道：窃臣曾听到过“令数改则民疑，刑太繁则民玩”的古训。我朝开国至今，将近二十载，没有几时不变之法，也没有一日无过之人。
接着，解缙还深入剖析了朱元璋专求苛厉的态度对明朝官吏作风的影响：近年以来，朝廷纲纪不肃，专以审断囚犯多寡为勋劳，根本无助于培养清廉公正的风气。御史纠弹，都是遵承皇帝的密旨，每当听说皇上要有赦宥之令，则必故意争执。以为如此，就更能体现皇恩厚重，这都是小人趋媚效劳之细术。“陛下何不肝胆而镜照之哉？”为了迎合朱元璋严刑厉法的意志，明朝众官都以多拘囚犯作为自己政绩的表现。御史弹劾朝官，都是密承朱元璋的私意。甚至在朱元璋有心宽宥天下罪犯之时，这些官吏百般阻挠，试图以此显出朱元璋的恩德，博取朱元璋的欢心。长此以往，必然导致“天下官员毫无贤愚之分，只须多拘囚犯即可：犯人进入刑部就无枉直之判，必得从严惩处”的结局，朱元璋的意旨就是国家大法，任喜怒为生杀，官吏专以苛迫为己任，毫无忠奸之辨。
洪武以后，许多后世的士大夫似乎对朱元璋严刑厉法颇多赞许之词，如方孝孺曾描述当时情形云：“郡县之官虽然远在穷山绝塞之地，距离京师万余里外，都悚心震胆，犹如皇帝之神明亲临其庭，不敢稍加放肆。如犯有毫发出乎法度、悖于礼义之事，朝廷定会朝夕之间予以惩办，注重名实辩否，真是前古所未有也。”就连被誉为清官的海瑞也对朱元璋的政绩推崇备至，他曾说：“我太祖高皇帝爱民如子，秉承《周礼》护保黎民如赤子之意旨，对于毫发侵渔百姓者立加惨刑，数十年天下民得安生乐业，可谓千载一时之盛也。”《明史》撰写者们也对当时吏治颇有称道之语：“一时间，天下守令畏惧触犯科条，洁己爱民，吏治焕然大变也！”
从保护天下平民百姓的权益出发，明初严惩贪官污吏种种举措，无可非议，因为它是以维护黎民百姓的利益为出发点的。朱元璋出身贫苦，曾深刻体验到官吏贪暴对百姓的生计与王朝政治的危害，元末农民战争的亲身经历更使他不能坐视官吏的营私舞弊。他万分担心大明王朝的命运，千方百计避免重蹈历史的覆辙，因此他毫不犹豫地打击欺上瞒下的行为，同时为了杀一儆百，不惜施用重刑酷法。总的来说，朱元璋惩治贪官污吏，属于官僚统治阶级集团内部的调整与斗争，对于普通百姓的损害并不十分明显，甚至应该说，具有相当大的积极意义。贪官污吏的收敛无疑是百姓的福音，对贪官污吏财产的剥夺，在一定程度上可以缓解国家财政收支的困窘，减少了对无辜百姓的摊派。
但是，在朱元璋惩治贪污的行动中，矫枉过正的消极影响也是非常严重的。不能否认，朱元璋严刑厉法，大开杀戒，无论对贪官还是清官，震慑力是可想而知的。功高望重的公侯尚且避之犹恐不及，一般官吏更是整日惶恐不安，不知何时大祸临头。表面上看起来，各级官吏都努力廉洁自守，但这种局面是极不正常的，各位官吏每日只担心自己的身家性命，哪还有心思顾及其他？而且动辄得咎，并无申辩的权利，每日生活于恐怖之中，只想到苟延残喘，哪还有心思忠君爱民追求政绩呢？因此，后世士大夫在脱离当时具体环境之后，出于对贪官污吏的痛恨，对朱元璋大加褒美，不免带有强烈的理想色彩。一国之君应倡导各级官吏遵守国家法令，违法者必究，而不能让所有官吏无端受戮，生活于恐怖之中。即使这种恐怖统治可以在一段时间内使国内政治清明平静，但这种清明平静是虚假而可悲的，也是无法长期维持的。
更有甚者，朱元璋在惩治贪污的过程中，往往是亲自审理，对于犯罪事实的判别并不是依据法律条文及事实真相，往往臆度专断，同时随意施以惨刑，其结果屈打成招，广事株连，“锻炼”成狱。这种真伪不分、忠奸不辨的惩办只能使天下百姓对当朝政权感到失望，“法度严而民玩”，“法网密而民不从”，正是说明了这种情况。这又给了那些阿谀奉迎的官吏以随意诬陷、挟仇报复的可乘之机。
由于广事株连，官员动辄得咎，到朱元璋统治后期出现了“才能之士，数年来幸存者百无一二”的局面，也就是说，大批官员被戮，直接影响到国家机器的正常运转。对此，相传刘基等人也婉言上谏“严冬过后，必有阳春”，“诛戮太甚，恐伤和气”，朱元璋本人也明确意识到了这一点，故而在洪武二十八年（1395年）下令道：朕自起兵至今四十余年，亲理天下庶务，人情善恶真伪，无不涉历。对于奸顽刁诈之徒、情犯深重灼然无疑者，特令法外加刑，意在使人知所警惧，不敢轻易犯法。不过此为力挫奸顽的权宜之计，并非守成之君所用长法。以后嗣君统理天下，谨守《大明律》与《大诰》，不许使用黥、剌、刖、劓、阉割之刑。
“始作俑者，其无后乎？”朱元璋虽然一再告诫后世子孙不得再用惨刑，然而后世君王似乎在他的行为中悟到了更多的东西，这也就是法律条文不过是一种可以任意摆弄的玩偶，惨刑是一种加强淫威的有力手段。可以说，朱元璋的示范作用确实拉开了明朝法制史上滥施惨刑的序幕。如“剥皮实草”的惩治方式就在明朝历史上屡见不鲜，这不能不说是朱元璋首开恶例。明成祖朱棣便是在朱元璋诸子中最能得其父衣钵的一位，他发动“靖难之役”，夺取了其侄建文帝的皇位，弄得建文帝下落不明，一批誓死忠于建文帝的大臣不免成为朱棣屠戮的对象。如景清被捕后，傲然挺立，破口大骂朱棣，朱棣命卫士拔其齿，景清且拔且骂，含血直喷到朱棣的衣袍之上。朱棣大怒，命“剥其皮，以草填充，悬挂于长安门之上，碎割其骨肉”。另外一名大臣胡闰也因大骂朱棣，朱棣命手下将他勒死，以灰蠡水浸脱其皮，剥下后，以草填充，悬挂于武功坊。明末魏忠贤专政之时，是宦官擅权，特务政治最为黑暗的时期，魏忠贤为压制天下的不满，同样滥施惨刑。“民间偶语，或触忠贤，辄被擒戮，甚至剥皮断舌，所杀不可胜数”。看来，朱元璋不仅没有成功地解决官吏贪污问题，却为后代树立了滥施惨刑的榜样，更为那些图谋帝王之位的奸恶之徒提供了“宝贵”的经验。罢废丞相与内阁制度之确立在封建社会，君权至高无上，神圣不可侵犯。其实也不尽然，中国历史上君权与相权之争曾长期是庙堂争斗的焦点。权力欲极强的朱元璋断然采取措施，废除了丞相制度，却由此也打开了明朝政治腐败之门。
洪武十三年（1380年），明太祖朱元璋以“擅权枉法”的罪名，诛杀了丞相胡惟庸。随后，他又取消中书省，废除了丞相一职。并且在《祖训》中规定：自古三公论道，六卿分职，并不曾设立丞相。秦朝设置丞相，不旋踵而亡。隋、唐、宋各朝因袭此制，其间虽然不乏贤相，但也多有专权乱政的小人。现在我朝罢除丞相，设立五府六部，彼此相互制约和抗衡，而诸事皆由朝廷总揽。后代子孙做皇帝，都不许再行设立丞相。臣下胆敢奏请设立的，群臣实时劾奏，将犯人凌迟，全家处死。
废除丞相，不仅是有明一代的大事，也是中国政治制度史上一个划时代的重大事件。它表明——中围封建社会中君权与相权之间长期的矛盾斗争，至此告一个段落；秦汉以来的宰相制度从此废止，皇帝的权力更大了，君主专制的中央集权制度。从此发展到了一个崭新的阶段。此后，明代以内阁制度取代历朝的丞相制度，事实上反映了我国封建社会后期皇权的高度强化。
从历史上看，自秦始皇统一中国、创建君主专制中央集权的政治制度以后，地方集权于中央，中央集权于皇帝。身居“一人之下，万人之上”的丞相（宰相），历来是辅弼皇帝处理全国政务的最高行政长官。然而，在漫长的历史时期，由于权力分配上的不均。皇权与相权之间始终互为消长，不断发生冲突。这种矛盾、斗争的结果，一方面表现为宰相的“专权”甚至于“篡位改朝”。譬如，霍光、曹操、司马氏父子和桓温等人，就是以相权压倒帝权的典型人物。另一方面，历代有所作为的君主，无不采取措施限制相权的膨胀。伊尹放太甲，成王疑周公，便是极早的例证。自此以后，君、相之间的斗争就始终没有停止过。到明代，作为一代雄猜之主的朱元璋，深感丞相的权力对他的帝业终究是个威胁，于是干脆废除了丞相一职，实际上是以皇帝兼行宰相的职权，成为中国历史上权力最大的君主之一。
在丞相制度废除之前，六部从属于中书省，此后则直接听命于皇帝，并向皇帝负责。明太祖将此前丞相的职权作了重新的划分、定制、决策诸大权，收归他本人亲自掌管；实际政务则通过提高六部尚书的职权，交由六部分担。明太祖将中枢机构概括为：“六卿分职，朝廷（皇帝）总揽。”然而，这种划分也随即产生了一个新的矛盾——废除丞相虽然使得朱元璋一人大权独揽，满足了他个人强烈的权力欲，但此后六部处理的政务，事无巨细，最后全都汇总到他的手里。有人做过一个统计，废相之后，以洪武十七年（1384年）九月十四日到二十一日为例，8日之间，内外诸司奏札共1660份，合计3291桩事。换言之，朱元璋每天平均要看200个报告，处理400多件事情。如此繁多的政务，使得朱元璋即便是精力过人，事必躬亲，也仍然会因应接不暇而心力交瘁。尤其是定制、拟旨、批示等都要笔之于书，写成文件，此类的文书工作，更非一人所能操持应付。故而朱元璋也不得不承认：“朕尝思之，人主以一身缔御天下不可无辅臣。”
为了解决这一新的难题，洪武十三年（1380年）九月和十五年（1382年）十一月，独裁勤政的朱元璋先后设置了“四辅官”和“殿阁大学士”，让他们襄助侍从，以备顾问，并协助自己批阅奏章，处理政务。一般认为，殿阁大学士的设立，标志着明代内阁制度的萌发。内阁制度的萌发绝不是偶然的，它是朱元璋大权独揽而又无法不任用辅臣的结果。
明成祖朱棣即位后，为了进一步强化君主专制统治的职能，又挑选了一批翰林入值文渊阁参掌机务。因文渊阁在午门之内的内廷，遂有“内阁”之称。当时，朱棣也是自操威权，而让儒臣侍奉左右出谋划策，以备顾问。
然而，朱棣虽然信用阁臣，但因后者的品秩不高，故而在处理朝政时仍然多有掣肘。有鉴于此，随后的仁、宣时期，就不断提升阁臣的官阶，从而使得内阁权限发展到了一个新的阶段。原先只有五品衔的内阁学士，此时却跻身于公侯尚书之列，内阁势力也因此超过了六部的权力。对此，《明史·七卿年表序》说：明太祖十三年罢丞相，政归六部，（六）部权重也。洪、宣以后，阁体既尊，而权亦渐重，于是（内）阁、（六）部相持。
于是，内阁便从最初的文学侍从机构，逐渐演化成凌驾于府部院寺之上的中枢机关。特别是宣德年间，内阁开始“票拟”。所谓票拟，是指阁臣将处理政事的初步意见拟具成文、奏呈皇帝的工作，这实际上就是掌握了代替皇帝起草批文意见的职权，等于直接参与了国家政事的处理。于是，内阁的权位得以迅速地提高。后人将明代内阁之职比做古之丞相，主要原因就是阁臣主持票拟的缘故。在宣宗朝，由于皇帝的信任，阁臣“三杨”（杨士奇、杨荣、杨溥）所草拟的意见，绝大多数都能很快变成在全国必须遵照的谕旨，当时内阁的票拟制度，有效地加强了中央集权，提高了明王朝国家机器的效能。
随着内阁权势的提高和阁臣品位的尊崇，阁体内部也发生了变化。内阁大学士多时达六七人，最少也有二三人。仁、宣年间，内阁权力集中在“三杨”手中，其他阁臣的权力不能与之相提并论，明中叶后形成的“首辅”制度。实际上在此时已初见端倪。后来，在主持票拟及处理其他政务时，往往根据阁臣入阁的先后、资历的深浅以及皇帝的旨意等，在阁臣中挑选一人担任内阁首领——首辅，首辅之下为“次辅”或“次揆”，其余的大学士作为他的助手，号称“群辅”，权力远较首辅要小得多。
此时的首辅品位尊崇，与皇帝是近水楼台，权大势重，恍若汉唐时代的宰辅，所以内阁首辅号称“无宰相之名，有宰相之实”。不过，虽然后来在入值阁臣中也曾出现过权力很大、与历代丞相颇为相似的内阁首辅，但明代的内阁制度与先前的丞相制度，毕竟仍有着本质的区别：首先，丞相具有裁决机宜的执行权，遇事可以上奏执行，甚至可以先斩后奏；而内阁辅臣却没有汉唐宰相的实权，事无巨细都要禀承皇帝的旨意，请旨定夺，一切都断自宸衷，遵照他的意见拟具出办法，等被批准之后，才能据以拟旨颁行。换言之，内阁对于朝政国事，并无独立裁决的法权，而是奉诏办事，其职掌实际上并没有超出翰林的职责以外，也从未改变其“侍从左右，以备顾问”的身份。从本质上看，明代的阁臣，事实上还是文学侍从之臣，做着翰林分内应做的事情。丞相拥有法定的权力，而阁臣包括首辅在内，只备皇帝“顾问”，其权力的大小，完全取决于皇帝对他们眷顾的程度。故而明代阁权之轻重大小一直处于飘忽不定之中。其次，在历代中央集权制度下，“统理政务，统率百僚”的丞相是法定的最高行政长官，有自己的相府以及诸多僚属。在明初，丞相府称为中书省，省中有左丞、右丞和参知政事等属官，六部为其直接的下属机构。而内阁则不同，它不是法定的最高行政机构。首辅亦非法定的最高行政长官，六部更不是它法定的直接下属，阁臣的品秩有的甚至比各部尚书还要低。再次，先前的宰相身处一人之下、万人之上，总得位极人臣者方能跻身相位；但阁臣却不一定，起初各类学士的品秩才区区五品，甚至更低。嗣后阁臣体制虽然渐趋尊崇，入阁者往往先是任命为礼部侍郎或尚书，再以兼任××大学士而入预机务，但入阁者品秩不拘这一特点却与明代相始终。此外，丞相历来有着定员定制，而阁臣则无定数。丞相通常是左相、右相各一人，最多时也不过再加上一两个；而阁臣则不然，在明代中后期，其人数少则四五个，多时七八人，最多时竟达十数名。内阁始终不是中央一级正式的行政机构，与六部并没有任何的隶属关系，内阁大学士兼尚书只是虚衔，不许实际掌管六部的事务，内阁并无对部臣发号施令之权，更无直接任免官吏的权限。
从上述丞相制度与内阁制度的比较上来看，内阁显然只是皇帝加强专制独裁的工具，它是明朝统治者惟恐皇权旁落并试图解决皇权与相权矛盾的有力措施。明代以内阁制度取代先前的丞相制度，反映了中国封建社会晚期皇权的高度强化。说穿了，明太祖废除丞相制，是想彻底剪除相权的威胁，挑选一些既能办事、又少实权的“宫奴”，辅佐他统治整个大明帝国。这种内阁制度，为其后代子孙谨遵勿替，对于有明一代的政治制度产生了深刻的影响。
废除了丞相制。君权与相权之间的矛盾得以基本解决。君权空前膨胀，这对于大明朱氏江山的稳固。自然是极为有利的。揆诸史实，有明一代将近300年的历史中，前后在位的皇帝多达十数名，其中，有好几位是在童年时代便成为九五至尊的，有好几位则多年避居深宫，倦于理事。但尽管如此，君权还是极为牢固，并不曾出现过权倾一朝、觊觎皇位的人物。个中的主要原因，自然与丞相制的废除有着莫大的关系。与君权的空前膨胀相比，阁臣的作为则相形见绌。明代的阁臣绝大多数是由进士而翰林，然后再拜命入阁。这些人的人生道路往往是靠书本铺砌的，一生久在翰苑，舞文弄墨。从总体上看，缺少长袖善舞的政治实践经验。像仁、宣年间的“三杨”和万历朝张居正那样的权臣，毕竟是凤毛麟角。在张居正当朝的时期，内阁权威曾发展到了顶峰，但这个“震主”的权臣却最终祸发身后，惨遭抄家之祸。其他的内阁辅臣大多庸庸碌碌，只知恪守皇明旧章，而极少勇于任事、敢言直谏者。于是，有明一代关于阁辅，出现了许许多多的绰号，如“纸煳三阁老”、“万岁阁老”、“刘棉花”、“伴食中书”、“青词阁老”、“土木偶”、“魏家阁老”、“门生宰相”和“清客宰相”等等。譬如，“纸煳三阁老”之谣，是指成化中后期同值内阁的万安、刘吉和刘翊3人。万安是当时的首辅，他是靠巴结宦官养子得以举荐入内阁的。入阁之后，不学无术，日事请托，整日忙于交结诸阉作为内援。成化七年（1471年），出现彗星，群臣多言此乃君臣之情不通所致，强烈要求宪宗及时召见大臣议政。宪宗畏天命，无奈之余只得面见大学士彭时、商辂和万安诸人。刚刚没说几句话，万安就顿首呼“万岁”欲退出。彭时、商辂不得已，也只好叩头而退。对此，中官戏朝臣日：“你们这些人一直说皇上不召见，等到见面了，却只知高呼万岁罢了。”后人有《万岁阁老》诗曰：紫微垣旁彗星见，群臣请对文华殿。