在对阿谀奉承者欣赏和鼓励的同时，张居正还竭力压制言官，对言官采用利诱、威胁的两手，凡不听话的言官必定调出京师，至于公开唱反调的则必定罢官，乃至于流放。言路是明代政坛的晴雨表，言官是政坛上最活跃的分子，历任首辅不控制言路就无法长期执政，张居正为了推行改革而打击政敌是无可厚非的，但他缺乏大度容人的器量，在处置言官和其他持不同政见的官员时，往往掺杂着个人的恩怨，处置失当，打击面过宽，无形中将不少人推到了对立面，这显然是张居正处世为人方面不够明智之处。
另外，张居正与宦官冯保的关系，也使他陷入了一个两难的境地。自从明太祖朱元璋废除丞相之后，明朝内阁对皇权的依赖性大大强于前朝，而皇权的伴生物——宦官势力，也始终成为左右明朝政局的一股重要力量。内阁大学士倘若无法取得皇帝、宦官等宫廷方面的支持，就不可能长期执政，故而张居正不得不殚精竭虑地采取妥协的方式处理与宦官的关系，以求得宫、府一体，将决策、行政权合而为一。在当时，冯保是张居正与宫闱内的皇帝、太后交通信息的最佳人选。然而，冯保其人贪财好货，张居正不得不竭力满足他的奢欲。有一次，张居正送给冯保的礼品有金3万两，银10万两，夜明珠9颗，珍珠帘5副，还特地为之写了《司礼监太监冯公预作寿藏记》，字里行间充满了肉麻的吹捧。为了取得冯保的支持，张居正在万历元年（1573年）和万历六年（1578年），先后两次赞成冯保收进六千多名宦官，扩大了宦官的人数，从而造成了万历中后期宦官势力的恶性膨胀。他还曾主动要求封赏冯保的子侄，并压制攻击宦官的朝臣，尽量减少朝臣与宦官的摩擦，以此巩固他和冯保的联盟。这一方针虽然在稳定政局方面，有着策略上的益处，但却不能不引起朝野士大夫的非议。一些讲究气节的文人，认为张居正阿谀逢迎宦官，人品卑下，因此对他产生了反感。张居正以冯保这样一个腐败的人物做自己的政治后盾，使他陷于一种两难的境地：拒绝冯保的支持，他便根本没有机会实现自己的政治抱负；而与冯保结盟，则必然会被他拖入恶浊的深渊。
除了交结宦官之外，朝野上下对张居正人品议论最多的还有贪污受贿问题。贪污受贿原是明代官场上的通病，当时的官吏薪俸极其微薄，以权谋利蔚成风气。在明代的权臣中，张居正还算清廉持正。不过，他虽然自称自己当政以来，“私宅不见一客，非公事不通私书”，但在其私人信函中屡次提到他的亲信文官曾向他赠送贵重的“礼物”，包括现金和田地。譬如，万历七年（1579年），张居正曾说过，自执政以来，仅两广将帅所赠的财物就不下万金，但他都没有接受。尽管张居正本人不受贿，但他却未能制止亲属受贿。不少官员看准了这个门路，不向京师相府送礼而是直送到江陵张府。故而张居正死后，抄家时也还是抄出了黄金万余两，白银十余万两。
张居正执政之初，尚能约束子弟、家人，不许他们与权贵、督抚、边帅结交。然而，随着其权势的如日中天，张居正踌躇满志之余，便不再约束子弟家人，甚至为后者谋取进身阶梯。这些做法大大损害了他的政治形象，引起了正直的士大夫的不满。张居正当权时，其诸子皆登上第，一状元，一榜眼，一进士，悉由关节得之，其三场作文则请人代作。万历五年（1577年），张居正次子张嗣修参加会试，廷试拆卷后，嗣修排在二甲。出于李太后、冯保的授意，神宗将嗣修列为一甲第二名榜眼。事后，神宗对张居正说：“朕无以报先生功，当看（顾）先生子孙。”神宗带头作弊，张居正泰然处之，遂使科场风纪大为窳坏，权贵子弟纷纷夤缘际会猎取功名。张居正的家人甚至扬言说：“明年殿试，吾家小公子必中探花。”只是后来张居正去世，才没能兑现。对此，后来有诗云：相门子弟多才杰，甲第翩翩居上列。
兄为榜眼弟状元，一家盛事真奇绝。
丞相家儿贵莫伦，寒士原应步后尘。
彩笔未濡文已就，春闱欲入名先闻。
张家昆弟何竞爽，荣华海内真无两。
假使相公馆未捐，幼儿又复夸蝉联。
曳白那顾旁人羞，及时且为子孙谋。
岂料乃翁一朝陨，还复青衫到白头。
张居正凭借权势为子弟谋取进身阶梯，其政治声誉不能不受到严重损害。一般来说，明朝建国以来，科场作弊虽然屡有所闻，但基本上还是公道的，然而从张居正开始，“公道悉坏”。
在张居正当权期间，不仅子侄青云直上，其奴仆也是颐指气使，盛气凌人。张居正自己虽表示要严厉约束奴仆，但实际上其家奴经常打着他的旗号狐假虎威。例如，张居正的宠奴游守礼（游七）纳资取得幕职，与士大夫结纳交往，招权纳贿。不少朝臣勋贵不惜降低身份，争相结纳游守礼，与之称兄道弟。张居正江陵老家的奴仆更是肆无忌惮，鱼肉乡里。张居正虽然对家人奴仆的不法行为有所察觉，有时也能稍加裁抑，但始终没有采取过有力的措施，以致当时的一些奸猾之徒，假冒张居正家人、奴仆之名，四处招摇撞骗，骚扰官府，欺凌百姓。这些，无疑都大大损害了张居正的声誉。
另外，张居正个人生活上的奢侈无度，也留下了道德上的疵瑕，这自然不能不贻人以口实。早在隆庆二年（1568年），江陵的辽王宪炜被废，豪华的辽王府归了张家。隆庆六年（1572年），湖广官员建议为张居正立牌坊，遭到张居正拒绝。于是，他们将建坊之费折价送到张家，张居正表示愿将此费交纳官府，作为购买辽王府的价款。但在实际上，这笔钱却成了翻修辽王府的费用。由于翻修费用大大超支，张居正又计划用历年所得的赏赐、俸禄和田租等加以偿还，但超支的部分却由地方官垫补。接着，湖广的地方官又动用公款，先后建造了三座石坊以颂扬张居正的功业。又有一次，明神宗听说张居正要改建住宅，增修一座阁楼以便悬挂御笔，就下令内库拨发白银1000两予为资助。之所以这样做，一是为了表示尊宠，二是因为在他的心目中，“张先生”的官俸并不丰厚。但在张居正去世之后，神宗才听说北京张宅的增修费用竟为白银1万两。而且，就在北京张宅修造完毕之时，湖广的江陵立即出现了一座规模相同的张宅，建造的费用也来自官库。据说，张居正获悉此事之后，自称于心不安，但却并没有拒绝那些地方官的阿谀奉承。张居正整顿驿传，禁止官员及其家属的滥用，然而，张家的仆人甚至亲友的仆人却可以任意向地方官需索车马船只。张居正回籍葬父，排场浩大，气势也相当显赫。当时，他的坐轿要33个轿夫扛抬，内分卧室及客室，还有小僮两名在内焚香挥扇。行经各地，不仅地方官一律郊迎，就连当地的藩王也破例出府迎送，与之行宾主之礼。显然，张居正要求其他官员厉行节俭，他自己却不能以身作则。
除了张居正本身的缺点外，他的改革也有一些偏差。例如在清丈土地的过程中，虽然确实清查出了不少豪强富户隐匿、诡寄的漏税地亩，增加了明朝政府的赋税收入，但由于张居正清丈田亩是为了增加赋税，当时有的地方官吏为了迎合他的旨意，弄虚作假，以短缩弓步的手法多报田亩，用来报功请赏。
上述的这些，均给反对改革者留下了口实。尽管张居正在世时人们害怕他的赫赫威势，不敢不恭维他，但在这种恭维的后面，却积蓄着怨恨和蔑视。这种怨恨和蔑视，一旦时机成熟随时都可能爆发。万历十年（1582年），张居正赍志以没。他刚死，新政即告废除。张居正被削除了官荫、赠谥，在江陵的老家也被查抄。长子张敬修自杀，次子张嗣修和其他几个孙子被发配到边远地区充军，全家被迫害致死者有十余人。张居正执政10年所进行的一些改革以失败告终。
张居正改革终以人亡政息而落幕，它给后人留下的启示是深刻的。纵观张居正改革，他不计私怨，改革吏治，整顿学校。尤其是大力选拔人才，实行检查公文落实情况的考成法，大大提高了国家权力机构的办事效率，使之成为能够有效推行改革的工具。实行清丈土地，推广一条鞭法等措施，缓和了财政危机，促进了社会经济的发展。此外，他支持对蒙古首领俺答的议和，加强对青藏地区的关系，扩大互市规模，整顿军备，取得了边境的安宁，促进了和蒙、藏等民族的经济交流。这些改革客观上收到了积极的成果，有利于社会生产的发展和人民生活的改善，促进了资本主义萌芽的发展，因而对历史的发展做出了有益的贡献。但是，张居正改革发生在明代后期，从整个明王朝来说，已处于由盛转衰的历史时期，帝国斜阳最后的一抹余晖虽然耀眼，但却已近暮色。这种总体趋势是任何人都无法改变的，腐朽的封建生产关系。决定了张居正改革不可能取得进一步的成效。
张居正的遭际，被当时人视作擅操威柄，权高震主，以至于祸发身后。此次改革的最终失败，对于晚明政坛产生了深远的影响。在张居正执政期间，大明帝国的财政收支状况良好。张居正去世之后，开支急剧增加，国家财政重新出现了入不敷出、储备减少乃至匮乏的局面。摆脱了张居正约束之后的明神宗，从此失去了首辅的有效制约，遂得肆意妄为。他整日耽于逸乐——“因曲蘖而欢饮长夜，娱窈窕而晏眠终日”，躲在深宫里朝歌夜舞，没日没夜地与宦官、宫女们厮混。甚至连庙祀亦不亲祭，而改遣大臣代祭。对于治国，明神宗愈来愈失去了兴趣。他先是纵容言官弹劾大臣，却拒不接受朝臣的忠言直谏；继而又以冷漠的态度，视言官的进谏为沽名钓誉。凡是进谏奏章，一概不理不睬，置若罔闻。由于长期拒不批答章奏，拒绝接见朝臣，使得万历中、后期的君臣隔阂日益加深。明神宗的怠于政务，再加上张居正推行的考成法之废止，使整个国家机构陷入了瘫痪的境地。考成法既废，政归内阁与政归六部之争愈演愈烈。此后，大明帝国的世风日趋颓唐，举朝上下失去了起码的政治是非标准。继任的阁辅权臣为了明哲保身，往往尸位素餐，故作平庸，惟皇帝的马首是瞻。而大小官员亦不以国事为重，遇事相互推诿，除了升官晋职之外均无所用心。特别是先前受张居正信任的官吏，如戚继光、张学颜、潘季驯、梁梦龙、徐学谟、曾省吾、李成梁诸人，均因张居正的缘故而遭斥革；而此前遭受冷落或罢黜的官僚，则因迎合神宗旨意，罗织各种罪名对张居正横加攻击而得以升迁，这就使得嘉靖以来逐渐形成的朋党风气更趋膨胀。此后，朝廷官员结党营私，相互攻讦愈演愈烈，王朝衰颓之势日益加深。明王朝从此日薄西山，一蹶不振。从这一意义上来看，张居正改革的废止不仅仅是他个人事业的失败，同时也加速了明王朝政治的腐败。对此，著名的明清史专家孟森曾说：“故居正没而（明朝）遂人醉梦期间矣”，“明亡之征兆，至万历而定”。黄仁宇在《万历十五年》一书中也指出：“张居正的不在人间，使我们这个庞大的帝国失去重心、步伐不稳，最终失足而坠入深渊。”东林党争明代的“党争”与现代政党竞争显然不可同日而语。以国事天下事为重的士人联合起来，以权势私欲为念的官僚也组织起来，因此，这种“党争”没有给王朝带来清明政治、振衰起弊的希望，却将明朝政坛拖入乌烟瘴气的泥淖。
万历二十二年（1594年），吏部文选司郎中顾宪成被削官回籍。在故乡，他与弟弟顾允成倡议修复了无锡城东的东林书院。此后，他与一些罢官废吏及在职官员，如高攀龙、钱一本、孙丕扬、邹元标和赵南星等人，经常讲学其间。迄今，在东林书院的旧址，还留有一副对联——
风声、雨声、读书声，声声入耳。
家事、国事、天下事，事事关心。
在东林书院，顾宪成等人借讲学为名，时常讽议朝政，臧否人物。而朝中一批忧国忧民的士大夫，则与他们遥相呼应，互通声气，从而形成了一股不容忽视的政治势力，反对派遂将他们称作“东林党”。东林党人号称“清流”，控制了天下的舆论，而与之对立的“浙党”，则被朝野上下的不少人视作“邪党”。
当时，明神宗倦于临朝，整个国家缺乏一个强有力的权力中心，这一形势使得朝野上下的派别纷争愈演愈烈。所谓浙党，是指当朝的王锡爵、沈一贯和方从哲等人。他们先后执掌内阁，党同伐异，排斥政敌。于是，一些与“浙党”不和的士大夫逐渐聚集在顾宪成的周围，与当政的浙党相抗争。发展到后来，朝中的其他官僚也纷纷卷入门户党争的漩涡之中。他们或投靠浙党，或依附于东林党。譬如，当时的“秦党”（主要是些陕西籍的官僚），就与东林党人的政见颇相吻合；而籍隶山东、湖广和皖南宣城、徽州一带的不少官僚，则大多依附于浙党，史称“齐党”、“楚党”和“宣党”。其中，宣党首领汤宾尹是宣城人，昆党首领顾天峻是昆山人，其他各党皆各以乡里命名。东林党人与浙、齐、楚、宣诸党势不两立，相互倾轧，互不妥协，从而形成了万历中后期激烈的党争。及至天启年间，面对宦官魏忠贤专权局势的日趋形成，东林党人奋起弹劾，不仅激化了阉党与东林党人的矛盾，而且还使得万历以来的党争形势更趋复杂、混乱。魏忠贤纠集先前反对东林党人的势力，屡兴大狱，不遗余力地打击东林党人。著名的东林党人杨涟、左光斗等，皆因弹劾魏忠贤而被逮捕，并与黄尊素、周顺昌等人一起被残酷杀害。魏忠贤还嗾使党羽编写《三朝要典》及《东林点将录》等文件，力图将东林党人一网打尽。天启七年（1627年），思宗（崇祯皇帝）即位之初，就逮治魏忠贤，将大批阉党定为逆案而分别治罪，并重新召用了一些有声望的东林党人。然而，崇祯二年（1629年）以后，魏忠贤余党温体仁的入阁，使得阉党势力死灰复燃，他们与东林党之间的门户之争再度激化，对立的双方交章弹劾，政争不已，此种局面一直持续到了明朝灭亡。
从总体上看，东林党人坚持正统的儒家伦理思想，主张严格遵守真正的道德规范。特别是在早期，他们往往以标榜个人品质的正直廉洁而闻名天下。东林党的代表人物顾宪成就曾主张，作为一个正人君子，在朝为官必须一心一意为君父着想；在地方做官，就必须关心百姓的日用民生；而闲居水边林下，则应当志在世道。这些话成为当时的“士林标准”，为许多人所躬行实践。于是，东林党人往往不畏强权，为民请命，大胆弹劾朝中权贵，抨击肆虐无忌的宦官，甚至冒犯天颜，公然对皇帝的权威提出挑战。特别是在野的士大夫，常常通过“清议”的方式，直言不讳地批评朝政弊端。明神宗朱翊钧虽然倦于临朝，但却极为贪婪。从万历二十四年（1596年）起，他先后向全国派出了大批宦官充当矿监税使，对各地商民肆意搜刮。这些大大小小的宦官，或专管税务；或监督开矿；或强征店税，或兼采珍宝。他们召募当地的流氓无赖充当打手，打着朝廷的幌子，狐假虎威，嚣张跋扈，极大地加重了民间的苦难。对此，东林党人仗义执言，挺身而出加以抗争。例如，凤阳巡抚李三才，就曾上疏指责矿监税使的四出聚敛，甚至直言不讳地指斥明神宗：陛下宝爱珠玉，百姓也想温饱；陛下爱护子孙，百姓亦爱恋妻儿。何以陛下要拼命地聚敛财宝，却不让百姓满足升斗之需呢？为什么陛下要延福万年，却不让百姓享受朝夕之欢呢？
他坚决要求神宗罢除天下的矿税。东林党人还经常提倡体恤商贾铺行，反对官府的横征强买。在反对矿监税使的活动中，尽管有不少东林党人因此被削职罢官，逮捕问罪，甚至被迫自杀，但他们仍然是前赴后继，在所不辞。
除了反对加派矿税和对工商业的摧残之外，东林党人还致力于反对后妃干政和宦官专权。万历末年及泰昌、天启初年，接连发生了“梃击”、“红丸”和“移宫”三案。“梃击案”发生于万历四十三年（1615年）五月初四日酉刻——一名叫张差的男子手执枣木梃闯入皇太子居住的慈庆宫门，击伤守门内侍李鉴，一直打到前殿檐下，才被内侍韩本用等人擒获。据查，该男子与郑贵妃宫中太监有所牵连，故而一般认为那是企图谋害当时还是皇太子的朱常洛。万历四十八年（1620年），明神宗去世，皇太子朱常洛即位，是为“光宗”，改元“泰昌”。光宗沉湎于女色，不到一个月就一病不起。由于郑贵妃曾向光宗进献美女，并据说指使了中官崔文升进食泄药，故而被认为有谋害光宗的嫌疑。光宗病危后，鸿胪寺丞李可灼又进红色药丸二粒，光宗吃了之后，第二天便一命呜呼，当时称为“红丸案”。光宗死后，为了反对先朝妃嫔挟持幼帝，杨涟、左光斗等人迫使先前与光宗同居乾清宫的李选侍移居哕鸾宫，史称“移宫案”。东林党人以维护皇权的面目出现，坚决反对郑贵妃、李选侍干政，公开抨击危害皇太子、皇帝的行为，主张严厉追查三案的当事人及其幕后操纵者。天启以后，魏忠贤阉党专政，杨涟、左光斗等人上疏弹劾魏忠贤，表现出不畏强暴、刚直不阿的英雄气概，遭到魏忠贤的陷害和镇压。随着阉党势力的恶性膨胀，东林党人遭受到了自万历中叶以来最为沉重的打击，他们或被酷杀；或不得不自杀；或惨遭禁锢；或放逐罢免。
鉴于晚明时期吏治的严重腐败，东林党人还在京察、大计中力图澄清吏治。不过，由于党争利益的需要，东林党人的政治主张往往与他们攻击异己的动机纠缠在一起。
明代对官吏的考核制度有“京察”和“外察”两种。“京察”考察京官，6年一次，以地支逢巳、亥的年份举行；“外察”考核地方官吏，3年一次，每逢辰、戌、丑、未之年，趁外官赴京师朝觐之机加以考察。在京察中，根据官员的政绩、品行，分别给予升任或罢官降调等奖惩。凡是在京察中被罢官的，终身不复起用。由于考核的结果决定官员的升迁，故而深受朝野上下的瞩目。万历二十一年（1593年），顾宪成不满于浙党阁臣的倒行逆施，借京察的机会，操纵吏部罢黜与阁臣过从甚密的一些官僚，引起了王锡爵等人的强烈不满。平心而论，此次京察的主持者——吏部尚书孙铣、考功郎中赵南星和左都御史李世达等人，都是比较正直的官吏。在这次京察中，他们基本上还是做到了秉公澄汰、无所徇私。例如，文选员外郎吕胤昌是孙铣的外甥，都给事中王三余是赵南星的亲戚，两人均因考评不佳被斥黜。由于主持京察者得罪了内阁权臣和被黜官吏的亲朋师友，万历二十一年的京察，也就成了门户党争的重要一幕。特别是在此后门户党争日趋激烈的情况下，在京察中提拔贤能、降邪黜恶的可能性越来越小，而结党营私、打击异己、扶植同党的色彩却日趋加重。万历后期，东林党与浙党双方的争斗愈演愈烈，口头论争已不能发泄怨恨，故而双方均殚精竭虑地排斥异己。不遗余力地借京察逐罢对方在朝的官员，也就成了党争的重要内容。万历三十三年（1605年），东林党人都御史温纯和吏部侍郎杨时乔主持京察，浙党官员钱梦皋、钟兆斗等人均受贬谪。万历三十九年（1611年），东林党人再次借考察京官之机，联合吏部尚书孙丕扬逐斥浙党诸人。与此同时，南京的京察却为齐、楚、浙党主持，因此，在那里的东林党人便大受斥逐。不久，浙党方从哲入阁成为辅臣，浙党乘机反扑，将号称“清流”的东林党人驱逐殆尽。到万历四十五年（1617年）丁巳京察时，方从哲又当上了首辅，浙党势力愈益膨胀，对东林党人更是极尽打击迫害之能事。光宗去世后，杨涟、左光斗与刘一燝和周嘉谟等人拥立光宗的长子朱由校即位，此即“熹宗”，翌年（1621年）改元“天启”。当时，浙党首领方从哲因“红丸”诸案被迫辞归，东林党人暂居上风。天启初年，东林党人叶向高复出，担任首辅，邹元标、赵南星和高攀龙等人也纷纷跻身于大僚之列，左光斗、魏大中、黄尊素等人又控制了言路。于是，内阁、都察院、吏部、礼部等要职均为东林党人所把持。一时间，东林党人的势力空前发展。这时的东林党人，早已为朋党门户的倾轧冲昏了头脑，他们一旦大权在握，政治上并没有多少建树，却不遗余力地对政敌加以排斥和大肆报复，甚至凡是与东林党人意见相左的，均被他们视作“邪党”而遭逐斥。天启三年（1623年），东林党人赵南星出掌吏部，更是培植私人，大事报复，任意黜免与他们政见不合的朝官，这就使得非东林党官僚不得不另找靠山，纠集力量重新与东林党人较量。当时，权阉魏忠贤为司礼监秉笔太监，并提督东厂，麾下爪牙有“五彪”、“十狗”、“十孩儿”和“四十孙”等。自内阁、六部、四方总督、巡抚，到处都有他的死党。特别是浙、齐、楚、宣、昆党中的一部分人与之结成联盟，更壮大了他的力量，从而形成了与东林党人相抗衡的阉党。譬如，《东林点将录》的作者王绍徽本是齐党的首领，《三朝要典》的总裁系昆党的骨干顾秉谦，而阉党的内阁首辅冯铨与东林党有世仇，“五彪”之崔呈秀、魏广微等人，亦均为遭东林党排斥和结怨的仇人。魏忠贤有了这批人做心腹和智囊，如虎添翼。可以说，天启年间魏忠贤为首的阉党势力之膨胀，固然有着多方面的原因，但东林党人在政治上的失策，无疑也难辞其咎。