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这一时期最有影响的是王嘉胤义军，他们曾经一度占领府谷，称王设官。但是从整体上来说，农民军都是各自为战，没有统一指挥，而且成份相当复杂。农民军在这样恶劣的情况之所以能生存下来，最主要的原因是崇祯忙于应付来自满清的强大威胁。外番一直是明朝最大的威胁，从朱元璋开始，终明一朝也未能彻底解决。
就在崇祯皇帝疲于应付东北满清的时候，陕西的流民四起。明朝政府口中的所谓流寇，是没有一定的根据地，流窜到那里，就裹胁到那里。中国因为疆域广大，天灾人祸很难影响到全国，局部的动乱也很难牵动全国。只有当社会极度不安、内外交困时，才会酿成如火燎原之势。崇祯皇帝不幸正当其时。
李自成等流民起于陕西，很快流入山西，接着又流入河北，蔓延在四川、湖广之境，大有“星星之火，可以燎原”之势。崇祯皇帝这才着了慌。他早知道陕西大旱，甚至发生了易子而食的惨剧，但他总以为这些流民闹不起大事来，顶多也就是抢抢粮食罢了。孟德斯鸠名著《论法的精神》中说：“当一个政府不能很好解决民众的基本生活问题时，是不禁止民众小的违法行为的。”孟德斯鸠的这句话给崇祯皇帝开始并不重视农民军的力量以及后来普遍采用招安政策提供了很好的注解。
流民还没有演变成起义军时，兵部郎中李继贞向崇祯建议说：“这些流民饥饿不堪，将来恐怕都要沦为盗匪，请以帑金十万来救济他们。”当时崇祯没有听，反而派人围剿。
这个时候的流民没有专门的统帅，一旦与明军官兵相遇，流民各自为斗，如果能取胜则人人争先往前冲，一旦打败就立即窜入山谷躲起来。因为流民太多，官军遇贼追杀，根本就不知道他们打的是哪方的流寇。流民或分或合，东西奔突，势力日益强大起来。明军官兵东西奔击，疲于奔命，流寇始终无法剿灭。
既然流寇是生活不下去了才要造反，那我就给你们基本生活的保障，你们总该不反了吧。于是崇祯想到了利用剿抚兼施的策略尽快平息农民起义。三边总督杨鹤执行“以抚为主，以剿为辅”的绥靖政策，意图瓦解农民军。在明军剿抚兼施进攻下，陕西农民军中确实有不少首领都接受了朝廷招安。但这些受招安的人是在利益的诱惑下才投降，一旦发现明朝政府无力兑现时，立即又重新造反，所以呈现出时降时叛的复杂局面。
出现这样流寇越剿越多的状况，总得有人来承担责任吧？这自然不是皇帝的错，于是杨鹤于崇祯四年（1631年）十月被逮捕下狱。
在这个过程中，李自成开始名声鹊起。崇祯六年（1633年），农民军首领王自用病卒后，李自成收其遗部2万余人，与张献忠等合兵，在河南林县（今林州）击败明总兵邓玘，杀其部将杨遇春。
随后，高迎祥领导下的农民军与明军展开了激烈博斗，损失较大。为保存实力，农民军从山西转入河南。崇祯六年（1633年）冬，高迎祥、张献忠、罗汝才、李自成等经渑池县突破黄河防线，转移到豫西。
明朝政府再次逐渐控制了局势。崇祯七年（1634年）初，崇祯任命曾在陕西北部大胜农民军的陈奇瑜（1616年进士，1648年去世）总督河南、山西、陕西、四川、湖广五省军务，专办“流贼”。陈奇瑜不辱使命，不出数月，他在河南西部靠近陕西边界的车厢峡诱歼了数千名农民军。但陈奇瑜很快自己断送了前程。他接受了农民军中名气最大的李自成的投降，还派人将李自成和他的部下遣送回陕北。但李自成随即杀掉护送的明军，突袭了驻扎在渭水的明军。不久后，陈奇瑜被逮捕下狱。
农民军突围后，在豫楚川陕交界山区流动作战，与明军周旋，明军不得不分兵把守要隘，穷于追剿，陷入战线过长、兵力分散的困境。
崇祯八年（1635年），洪承畴继任三边总督，为改变明军被动局面，开始集中力量围剿农民军。洪承畴出陕西，朱大典出山东，两面夹攻农民军，以重兵包围起义中心地区，实施重点进攻。高迎祥义军接连败于确山、朱仙镇（今河南开封市西南）等地，连连受挫，被迫转入西部山区。
在形势的逼迫下，农民军开始联合起来。崇祯八年（1635年），在李自成的提议下，各路农民军会师于河南荥阳，共13家，72营，在一起共商对敌之策。李自成首先提出联合作战、分兵出击的方案，受到大家的支持。但很可惜的是，尽管农民军首领们已经意识到联合的重要性，开了这次荥阳会议，但农民军并没有真正形成组织和指挥上的统一，一旦遇上洪承畴这样的用兵高手，很快就被明军各个击破。
崇祯九年（1636年）夏，农民军被围困在丛山之中长达三个月。高迎祥率部从陕西汉中突围，遭到陕西巡抚孙传庭埋伏，被俘而死。高迎祥死后，农民军逐渐形成为两支劲旅，一支由张献忠领导，活动在湖北、安徽、河南一带；另一支由李自成领导，活动在甘肃、宁夏、陕西一带。
高迎祥死后，农民军把“闯王”这个称号推让给屡建战功、声望很高的李自成。从此，李自成作了“闯王”。
李自成继任“闯王”，手下有刘宗敏、田见秀、郝摇旗等战将。李自成虽号称“农民起义领袖”，但并非救民于水火，他攻城掠地，每遇顽抗，都要大肆杀戮，对方坚守一两天，城破以后要杀十之三四；坚守三日以上，城破以后即要屠城，杀人数万，聚尸为燎，叫作打亮。每破一城他就弃之不顾，继续向前进攻。他曾三度围攻开封城不下，最后决黄河大堤，淹死兵民数十万人。可以说，李自成十多年的大起义，也是对中国十多年的大破坏！后来他的队伍中加进了河南杞县举人李岩，及夫人红娘子；举人牛金星、算命先生宋献策等作谋士，情况才稍好一点。崇祯皇帝面对这位大肆破坏、杀人如麻的“闯王”，能有什么办法？！
明末清初诗人李雯有《道出盱眙见贼所烧残处》一诗记录说：
〖闻说淮西地，盱眙古战场。
寇来千里白，日下数山黄。
行客欣遗灶，居人倚短墙。
中原半如此，何计出风霜。〗
但明朝对农民军战绩要远远好于对清军的战绩，明军的将帅如洪承畴、陈奇瑜、孙传庭、卢象升、熊文灿都有对农民军的辉煌胜利。
陈奇瑜曾将农民军逼入车厢峡，险些让李自成、张献忠困死其中；孙传庭潼关大败农民军，并活捉了老闯王高迎祥；熊文灿追得农民军走投无路，纷纷投降，张献忠、罗汝才亦在其中；卢象升滁州大捷，农民军尸横遍野，更有大将左良玉、贺人龙、曹文诏、曹变蛟、高杰冲突左右。本来扑灭农民军的星星之火不是没有可能，可是在最关键的时候，帮助农民军的竟然是崇祯本人。
1637年，李自成被熊文灿追得无处藏身，被迫躲进了商洛山中。张献忠也在形势的逼迫下投降了熊文灿。但一年后张献忠复叛，不到三个月，就在湖广的最西北部大败明军。这个灾难注定了熊文灿的命运。他被削官、逮捕，朝中没有一个人站出来替他说话，他很快被处死。在战场上接替熊文灿的是杨嗣昌（杨鹤的儿子），杨嗣昌任兵部尚书和大学士。1641年，张献忠攻陷襄阳，杀了襄王朱翊铭。杨嗣昌知道该到他自己负责任的时候了，为了避免少受点苦，还不等崇祯皇帝下旨责罚，他自己就拔剑自杀了。
杨嗣昌颇有远见，他深知朝廷兵力、财力不足以支持两线作战，曾经提出了“攘外必先安内”的建议（杨嗣昌《杨文弱先生集》卷九），具体内容是同清方达成和议，每年输送白银、缎帛等物，清方以少量人参、貂皮之类回报，实行互市；然后朝庭集中兵力扫除“流寇”。但他的建议并没有被崇祯皇帝所接受。
『注：杨嗣昌死后，崇祯皇帝倒也没有追究，将他的尸体送回家乡武陵安葬。后来张献忠攻陷武陵，怀恨杨嗣昌，下令焚毁杨家祖坟，并挖出了杨嗣昌的尸体，断其尸见血。事见《明史·卷252·杨嗣昌传》。』
从上可见，明军将帅稍有败绩，非死即贬，结果是明朝的栋梁之才损失待尽，陈奇瑜被贬，熊文灿被斩，孙传庭入狱。这是年轻的崇祯用人的战略所导致的结果。
1639年，当李自成再一次从山中走出来的时候，发现熊文灿已经成了冤死之鬼，这不由令他欣喜若狂。于是李自成再次组成了自己的军队，吸收了李岩、宋献策、牛金星等知识分子，洗去了农民军固有的匪气，一股天将降大任于斯的气势，目标直指紫禁城中的蹯龙宝座。
【五 崇祯的难处】
1627年崇祯的哥哥天启皇帝死，本来这该是朝廷庄严哀悼的时刻，但老百姓们甚至包括绝大多数朝庭官员在听到这带来无穷灾难的一朝终于已经结束时，都感到万分欣慰。因为天启皇帝没有儿子，兄终弟及，十六岁的崇祯就在这样的形势下登上了皇位。史书上关于十六岁前的崇祯记录极少，在他当皇帝前他是个默默无闻的人。
崇祯上台时政治环境相当险恶，天启皇帝驾崩之际，正是魏忠贤集团活动最猖獗的时期。崇祯由信王府搬入大内，竟不敢食用宫中为他准备的膳食，硬是凭借自己从家里偷偷带来的干粮度过了最危险的几天，宫中的险恶可见一斑。但崇祯登基两个月后，即不动声色地铲除了魏忠贤集团；少年老成之风，只有后世康熙铲除鳌拜能与之相提并论。于是普天下的人们欢欣鼓舞，将崇祯的继位看成是进行深远改革和复兴明朝的机会，誉之为“神明自运，宗社再安”。
其实，崇祯对魏忠贤的痛恨，更多地是出于私人情感。崇祯很小的时候母亲就死了，所以他小时候受到过好几个皇妃的照料，其中一个就是因为冲犯了魏忠贤和客氏“愤郁”而死。在李自成攻陷北京城前五天，崇祯念念不忘地既不是关外虎视眈眈的满清，也不是耀兵城下的李自成，而是魏忠贤。他密令将已经死了十七年的魏忠贤的尸骨收来烧了，但此命令还来不及被执行，李自成就进城了（陈济生《再生纪略》）。
一个胸襟如此狭隘的人，照理来说，不会是一个好皇帝。果然，翘首以盼的人们很快失望了。崇祯是个志大才疏的人，他自认为聪明，还有着许多封建帝王的最大通病——猜忌成性，尤其他从哥哥手中接过的是千疮百孔、病入膏肓的大明江山，他的缺点给王朝带来了毁灭性的灾难。
冰冻三尺，非一日之寒。乱摊子不是崇祯的哥哥天启皇帝一个人带来的，崇祯接过手时确实是已经是内忧外患，危机重重。自从他登基以来，所面临的危难已经超过了明朝任何一位皇帝。崇祯并不是明朝十六个皇帝中最糟糕、最没有才干的皇帝，事实上明朝的皇帝荒诞的、荒唐的不在少数，跟正德皇帝、嘉靖皇帝以及他的哥哥天启皇帝等人比起来，崇祯无疑要强得多。他有励精图治的决心，有重新振兴明朝的强烈愿望，但内忧外患的巨大困扰不由得不令他更加性急，因此，他的很多决定都是在焦燥不安的状态下匆忙决定的。
明朝整个状况由于军费的增加而更加恶化，朝庭不得不减少不必要的开支，更重要的是增加赋税。万历一朝已经因为神宗皇帝的贪婪而加重了对民间的搜括，天启时再加，到崇祯手里更大加而特加。崇祯末年，加派辽饷九百万两，练饷七百三十余万两，一年之中单是军费就达到二千万两，而万历初年全国岁出不过四百万两左右，国家财政和全国经济在这样巨大的压力下都已濒于崩溃。
从万历四十六年（公元1618年）至崇祯十年（1637年），赋税竟然增加了六倍。据顾炎武在《天下郡国利病书·福建三》中记载：“民田一亩值银七八两者，纳饷至十两。”当时福建的粮食亩产最多三石（不到300公斤），正常年景不过卖一两银子。就算福建粮价疯涨，三石大米也不过卖六两银子。再加上地方各级官员的层层盘剥，一亩产出六两银子的田地，至少要交纳十几两的税。所以到了崇祯末年，盗贼四起，年谷屡荒，人们都以无田为幸运（事见钱泳《履园丛话》）。明朝就出现了流民遍天下的现象。所以历史学家传统的说法认为，过度的征税在很大程度上导致了明朝的灭亡。
朝庭发不出军饷，剿贼剿寇的官兵该怎么办呢？明朝的郧阳巡按高斗枢在《守郧纪略》中记载了明末的情景和官军的表现。他说，崇祯十四年（1641年）六月，他奉命驻守郧阳。七月初，他从长沙动身，水路到达荆州，路经襄阳，八月初六进入郧阳。一路数百里的农田里都长满了蓬蒿，村落破败，没有人烟。惟有靠近城市的一些田地，还有城里人耕种糊口。
他说，在他抵达郧阳前的十几天，左良玉率领的官军路过此地，二三万官兵一涌入城，城中没有一家没有兵的，“淫污之状不可言”。住了几天大军开拔，又将城里所有人家清洗一空，十多天后他到了，竟然找不到米和菜。士绅和百姓见到他，无不痛哭流涕，不恨贼而恨兵。
李清在《三垣笔记·下·弘光》中说：左良玉的兵一半要算群盗，甚是淫污狠毒。每入百姓家勒索，用木板将人夹住，小火烧之，胖人有的能流一地油。他们抢掠来妇女，公然在大街上奸污。将她们拉到船上抢走时，有人望着岸上的父亲或丈夫哭泣，立刻被这些兵砍下脑袋来。
左良玉的部队在明朝官军中并不是最坏的。他们烧杀抢掠，但是还能打仗，比那些见到百姓如狼似虎，见到清兵和土匪便逃跑的强多了。官军抢劫百姓，也是出于迫不得已。官府的税费一征再征，仍然严重拖欠军饷。士兵们被迫卖命打仗，却又缺粮断饷，抢劫起来自然理直气壮。明朝的官军数以百万计，便是横行天下的百万豺狼饿虎。百姓们恨官兵，明朝逐渐失去了民心。
与官军的表现相反，李自成的军纪越来越好。高斗枢在《守郧纪略》中说：早先，张献忠和李自成每攻陷一城，就要大肆抢掠一场。到壬午（1642年）夏秋，李自成和罗汝才每得一城，则改为派“贼”防守，并且严禁抢掠，以笼络民心。到这个时候，崇祯的这个战自然是打不下去了。
大臣马世奇在《廷对》中向崇祯皇帝解释老百姓起义原因时说：“非附闯也，苦兵也。”“苦兵”是因为官军破家、杀人、屠城，“人之居者、行者，不得安保其身命”。老百姓“遂至视贼如归，人忘忠义”。当时，朝庭用官军剿“寇”，而老百姓望“寇”剿官军。对于崇祯来说，这实在是莫大的讽刺。
这时朝廷面临的形势非常暗淡。有一段记录说：
“1644年初，军饷欠款已经达数百万两，而从南方来的税款只有几万两。国家的粮仓现在实际上空了。没有足够的大米充军粮，户部就买杂粮凑数。当北京被围时，驻军已有五个月没有发饷。执行任务的军队没有炊事用具。每个士兵领到一百枚铜钱，由他们自己买吃的。士气和纪律涣散到这种地步，一个将军报告说：‘你鞭打一个士兵，他站起来；但与此同时，另一个又躺下了。’明朝快完了，这是不令人惊奇的；令人惊奇的倒是，它竟然直到那时还没有完。”（黄仁宇《明朝的财政管理》）
而这时戍边军队也要求崇祯皇帝拨饷。1644年初，户部侍郎吴履中奏称，国库存银仅剩8万两。他说：“若无九边，京师何以安守？”坚决要求将这笔钱拨给戍边军队。但崇祯皇帝拒绝了，他打算将这笔钱全都用来加强京师守备。
后来户部尚书倪元璐谈及道德是头等重要之事时，崇祯帝问道：倘若道德果真如此重要，在拖欠前线军饷之时，将如何以之解救国难呢？
两人正论道德之日，距二人之死——1644年三月十九日——只有三十五天了。
崇祯本不该是亡国之君，可惜，他时运不好，这是他的难处。他也不是个能干的人——明朝除了明太祖朱元璋和明成祖朱棣外，就没有能干的皇帝——人才不分贤否，议论不分是非，政事不明得失，军机不论成败，性格多疑、苛刻寡恩，刚愎自用，却又性子急躁。当流寇满山、四方鼎沸的时候，他所委任的人非庸即佞，剿抚两端，没有定策，以致茫无成算；加上御下太严，打一场败仗立即杀将，丢掉一城立即杀吏，正所谓赏罚太明而至于不能罚，制驭过严而至于不能制。
【六 李自成的运气】
李自成后期确实表现出相当的军事才能，但无战略眼光。他善于攻打城池，发明了独特的“瓴甋”法，但攻下城池后往往大肆屠城，不派人留守，随攻随丢。在历史上，关于李自成的定位好的说法是“农民起义军领袖”，比如中国的教科书对他的定位；不好的则是“流贼”，基本上历代正史、野史都认为李自成、张献忠之流是“贼”。《明史》不但将李自成归在《流贼》一类中，甚至干脆地说，“盗贼之祸，历代恒有，至明末李自成、张献忠极矣。史册所载，未有若斯之酷者也”，认为李自成是历史上破坏力最大的流贼。
其实李自成只是个运气特别好的人。他从小家贫，一直没有什么出头的机会。还在给崇祯当邮递员（可惜由于他的职位太低，崇祯当时并不知道他的名字）时候，从来就没有想到（也不敢想）将来有一天也能有机会坐在紫禁城的宝座上，但是机会选择了他。在李自成加入了农民军后，机会成就了他。对于机会主义者来说，假若没有度量和眼光的话，就不是每个时候都能准确地把握住机会。
崇祯十一年（1638年），农民军受到几近致命的打击。李自成在潼关被洪承畴和孙传庭三道埋伏线包围，李自成打败，只和刘宗敏、田见秀等十七骑突出重围，躲入陕西东南的商洛山区。
正当崇祯平叛的胜利似乎唾手可得时，上天眷顾了李自成，满清的军队又开始入侵了。由于北直隶和山东的城市纷纷陷落，明朝政府被迫选择了“拆东墙补西墙”的做法，从西北抽调人力物力，命洪承畴任蓟辽总督，孙传庭任保定总督。孙传庭气愤朝庭不乘胜追击，故意称病辞官，反而被崇祯认为不想出力办事，被逮捕下狱。主张招抚的熊文灿接任，派出侦骑搜捕李自成。侦骑搜了几个月，毫无信息，不想继续在崇山峻岭中费心劳力，就报告说李自成在战斗中受了重伤，已经死去。不出数月，崇祯在西北的平叛努力便前功尽弃。
李自成听说洪承畴和孙传庭两个劲敌走了，“稍得安”。但这时李自成的情况并不好，他的身边只有十七个人，还躲在山中一步不敢出去，前途看起来十分渺茫。
崇祯十二年夏，已经投降熊文灿的张献忠重新反穀城。李自成听说后大喜，重新出山，集结部众。很快为陕西总督郑崇俭所败，李自成自认晦气，因为没有地方可去，只好去投奔张献忠。但张献忠此人性情难以捉摸，凡事随心所欲，他也看出了他的这些农民军同行们，要数李自成最有出息，将来必是劲敌，于是假装收留了李自成，想借机除掉他。但事不机密，被李自成事先发觉，李自成逃走。
『注：李自成与张献忠虽然都是农民起义军，却一直不是同志。崇祯十四年，张献忠被左良玉追得无路可走，也不得不投奔李自成。李自成记恨前事，想要乘机杀了他。号称曹操的罗汝才跟张献忠交好，对李自成说：“留着张献忠，可以使他扰汉南，分官军兵力。”罗汝才见李自成不答，就偷偷给了张献忠五百骑，纵他逃走。事见《明史·卷309·流贼传》。』
此时杨嗣昌正督师夷陵（今湖北宜昌），听说李自成走投无路，立即传檄李自成，让他投降。李自成正憋着一肚子气，立即对杨嗣昌派来的使者破口大骂。于是杨嗣昌派兵围捕李自成于巴西鱼腹山中一带。李自成无路可走，打算自杀，幸好养子李双喜劝住了他。他身边的人一个个都溜走，投降了明军。
李自成麾下最骁勇的大将刘宗敏也打算投降，被李自成发觉。此刻李自成众叛亲离，已经是万念俱灰，他流着眼泪对刘宗敏说：“人们都说我将来是天子之命。你去卜上一卦，倘若不是吉卦，你就带着我的人头去投降杨嗣昌吧。”
若是带着李自成的人头投降，以后就不愁有高官厚禄，刘宗敏大喜过望，当然同意了。
刘宗敏卜了一卦，却是吉卦。他有些失望，又卜了一卦，还是吉卦。刘宗敏还不死心，卜了第三卦，还是吉卦。古人迷信，信天命，刘宗敏这才死心踏地相信李自成有天子之命，于是回来对李自成说：“我就是死也要跟着你。”为了表示忠心，还杀了自己的两个老婆，以便轻装上阵。
其他人听说后，也表示要跟随李自成这个“真命天子”。于是李自成尽焚辎重，轻骑走河南。这个时候，他身边只有五十来人。