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就这样，“闯王”李自成占领北京仅四十二天，只是在最后一天他才做了皇帝，然后他就仓皇离开了北京。在他身后，火焰冲天，大火几乎燃遍北京城中各个角落。
李岩在西撤途中被李自成所杀。因为李自成听信了牛金星的谗言，认为李岩想取代他当皇帝。
李岩是大顺军中少有的温和派，他的队伍一直同百姓相处甚好。他也经常对李自成提点不同意见，阻止更大的破坏发生。李岩专门上书极谏四事，对一些重大问题提出了切中要害的正确意见，但李自成“见疏，不甚喜，既批疏曰知道了，并不行”。（引自《明季北略》）李岩并非李自成的嫡系兄弟，忠言逆耳，李自成已经很不高兴了。至于李岩提出的暂不住皇宫，登基大典缓行等逆耳忠言，就更加犯忌，为后来的杀身之祸埋下了伏笔。
起义军的第四号人物军师宋献策也很有见地，但不敢正面提出意见，只能“一方面私作讥评，一方面借天象示警，以为进言的方便”。宋献策是李自成很信任的心腹幕僚，说话都如此小心，可见言路已经堵塞。
在中国，每一个想要提不同意见和敢于提不同意见的人，最后都是身败名裂，家破人亡。要想生存，就是要把自己的真面目包起来。所以“古今中外，只有中国的脸谱多，令外国人叹为观止”。有个松本一男的日本人专门从事中国学的研究，他写了一本书《中国人的智慧》，里面提到中国人突出的气质，其中有一条就是——“阴郁，外人难于了解其内心”，这与“脸谱多”一句本质是一致的。
农民军攻破北京后，李岩入宫后第一个赶去保护张皇后（天启皇帝的皇后张嫣），扶张后上座，并行九拜之礼。但张后性情严正，当天晚上就上吊而死。李自成开始追赃助饷时，李岩已经认为不妥，后来为了缩小打击面，免得四处结怨，提出“文官追赃，宜分三等”的建议，正是为了阻止任意抢劫和拷打，从而使征罚赎金以供军饷的作法制度化。对于吴三桂，李岩提出及早采取牢笼政策，他可以说是大顺军中最有远见的人，李自成杀了他，可以说是非常可惜。
《明季北略》还记录了李岩被杀之后宋献策和刘宗敏的反应：“宋献策素善李岩，遂往见刘宗敏，以辞激之。宗敏怒曰：‘彼（指牛）无一箭功，敢擅杀大将，须诛之。’由是自成将相离心。”（《明季北略》卷二十三）
李自成一生都在战场上驰骋，可是他最大的对手却是他自己。他没有改变自己，因此他也无法改变世界。他的战场是如此辽阔，他的胸襟却如此狭小。有趣的是，李自成和崇祯皇帝一样，也是一个妒才嫉能的人。他杀李岩，与崇祯杀袁崇焕异曲同工。李岩亦姓李，也是人才，可能会应验“十八子主神器”，他便举起了屠刀。杀李岩，牛金星起了重大作用。这应了鲁迅的一句话：暴君统治下的臣民，可能比暴君更残暴。
『注：李岩死时，据说他那位具有传奇色彩的夫人红娘子正率领一支人马在中原一带征战，侥幸逃过了李自成的迫害。李岩惨死的消息传来，红娘子悲愤填膺，立刻打起了“为夫报仇”的旗号，预备与李自成为敌。但李自成很快失势，清兵攻下西安，直驱中原。红娘子也被迫撤向湖北一带，将人马并入南明巡抚何腾蛟麾下。不久之后，清兵南下，屠扬州、陷南京，南明烟消云散，红娘子也在激战中失去了下落。李岩与红娘子英雄美女、侠骨柔情的故事，可谓是极好的小说材料，金庸的《碧血剑》中也演绎过这段传奇。』
大顺军西退时情况相当混乱。边大绶是明朝的地方官，曾经参与掘毁李自成家祖坟。大顺军在撤至真定后，他隐姓埋名，化装成老百姓，但还是不幸沦为俘虏，但也由此写下了著名的《虎口余生纪》。“见贼兵自北而南，尘土蔽天，然皆老幼参差，狼狈伶仃。十贼中夹带妇女三四辈，全无纪律。余见之不胜忿懑。如此鼠辈而所向无坚城，致万乘屈沉，真可痛哭流涕也！恨余被执，不能杀贼见其灭亡耳。”（引自边大绶《虎口余生纪》）
大顺军后来的命运几乎可以用一败涂地来形容。1644年，风云变幻，王朝更迭。短短一年，明朝和农民军相继败亡，令人不胜感慨。
【七 旧北京，新天子】
李自成军主力满载劫掠之物离开后，这就给了京城的百姓们向落在后面的大顺兵报复的机会。人们的胆子越来越大，开始成群结伙地搜捕掉队的大顺士兵，将其投入燃烧的房屋之中。还有些大顺士兵被当众砍头，“而民称大快”。“道间行者皆令执贼，而西人虽久居都中者莫不尽族行。然亦有乘势修隙之事，盖不可问矣。”（刘尚友·《定思小纪》）
大火过后，北京这座饱受创伤的城市渐渐恢复了寂静，人们紧张地等待着新的占领者。那些曾与大顺合作过的人“有悔心失图，无可奈何，而静待吴镇处分者”。
当时北京城里的官绅士民并不清楚吴三桂已经投降清朝等情况，纷纷传说吴军杀败大顺军，夺回明太子朱慈烺，即将送回北京即位。没有人想到除吴三桂外还会有别人来占领这座城市，甚至当人们听说有一支“大军”由东而来，而且有人说看到了齐化门外贴有题以“大清国”字样的布告之时，人们仍没有料到会是由清军来占领此城。
四月三十日晚上，士绅官吏为迎接将要来到的救星而绞尽脑汁地寻找合适的礼服。他们认为，他们将要迎接的人是明朝太子及其保护者平西伯，因此准备了皇帝的卤簿法驾出城迎接。
第二天一早，五月初一，士绅官吏耆老出城数十里迎接，昂然而来的却是满清摄政王多尔衮。许多官吏大为震惊，偷偷溜走，百姓惶惑无措。少数官僚则迅速默认现实，将错就错地将多尔衮迎入。
多尔衮命令明朝官员在前面带路，从朝阳门经正阳门进入皇宫。因北京皇宫大部已被李自成撤退前纵火烧毁，所以多尔衮将摄政王府设在未遭火焚的武英殿中。他看了一眼那些恭恭敬敬的明朝官员，说：“我们大清军是仁义之师，这次进关杀贼，是为了替你们报君父之仇。”说罢，他又对身边的清朝王公大臣们说：“传我的命令，诸将进城，不许闯入民宅，对百姓要秋毫不犯，违令者严加惩办！”
多尔衮一边继续派遣各路军队出京追击李自成，同时采取一系列措施安抚人心，稳定局势。
可笑的是少数迎接多尔衮的前明官僚极其闭塞，竟然不知道多尔衮的身份，为了拍马屁，跟当初李自成来北京的时候一样，第二天就集体上表劝进，意思是劝摄政王多尔衮登基做皇帝。范文程笑道：“吾主已于去岁登极，此皇叔摄政王也。”（清·苍弁山樵《吴逆取亡录》）这些人闹了个大红脸，这才惭愧而退。
大顺军进京时绝大部分明朝官绅都报名请用，但满清占领北京后，还是有相当一批汉族官绅出于民族隔阂不愿出仕清朝，纷纷出逃南下。顺治元年七月清吏部左侍郎沈惟炳在奏疏中写道：“大清入来，规模宏大，安民和众，恩已著矣。而京官南去不返，似怀避地之心；高人决志林藏，似多避世之举。见在列署落落晨星，何以集事而襄泰运哉。”他建议“急行征聘，先收人望”，“此兴朝第一急务也”。
在争取汉族缙绅势力上，清廷显然技高一筹。大顺政权的追赃助饷，随后建立的南明弘光政权又以从逆的罪名追究南逃官绅曾经投降“闯贼”而大兴“顺案”，都使相当一部分官绅大失所望，另寻出路。
多尔衮进京初期比较谨慎，遇事多听从范文程、洪承畴等汉族官僚的建议。为了取得汉族官绅地主的支持，他以为明帝复仇讨贼相标榜，强调了李自成毁坏京师和弑君的罪行，又肆意劫掠以致激起民怨，“我虽敌国，深用悯伤，今令官民人等，为崇祯帝服丧三日，以展舆情。著礼部、太常寺备帝礼具葬”（《大清世祖章皇帝实录》），允许明朝旧臣为吊死于景山的崇祯皇帝发丧哀悼。
鉴于明朝后期党争激烈，在京的明朝官僚绝大多数又投降过大顺政权，多尔衮不失时机地广为招徕，入京之初就“大张榜示，与诸朝绅荡涤前秽”。“令在京内阁、六部、都察院等衙门官员，俱以原官同满官一体办事”。不久又进一步明确宣布：“凡文武官员军民人等，不论原属流贼，或为流贼逼勒投降者，若能归服我朝，仍准录用。”这就是说不管是东林一复社党人还是魏忠贤阉党，是明朝官员还是大顺政权官员，只要归附清朝就官复原职，甚至加官晋级。
多尔衮还提出了“经纶方始，治理需人。凡归顺官员，既经推用，不必苛求。此后官吏犯赃，审实立行处斩，鞭责似觉过宽。自后问刑，准依明律”的用人政策。也就是说，以前的贪官污吏行为一概不计较，只要有利于大清朝的就用，只要以后不再犯法就既往不咎。
清军进京后的几天，就派几位官员在承天门登记所有明朝官员的姓名。并按名单邀请他们复任原职：“于是诸名公巨卿，甫除贼籍，又纷纷舞蹈矣。”（张怡《搜闻续笔》）
其中突出的例子如涿州（今河北涿县）人冯铨在天启年间依附魏忠贤，爬到大学士，崇祯初革职为民，多尔衮入京后即以书征至，委任为内院大学士，而且因为他熟悉朝廷典故排名第一，位列范文程、刚林、祁充格、宁完我之前。冯铨受宠若惊，请求将名次移后，多尔衮说：“国家尊贤敬客，卿其勿让。”
『注：明末党争极其激烈，清初又大量引用旧人，因此明末党争积弊在清初政局中反映出来，并与满洲贵族内部矛盾纠缠在一起。从顺治二年开始，以弹劾冯铨案形成了南北党争的中心内容。是年七月，浙江道御史吴达上疏弹劾阉党余孽，矛头直指冯铨及其党羽孙之獬等，紧接着，给事中许作梅、庄宪祖等亦纷纷上疏支持吴达。高层官员中如洪承畴、金之俊等均是南方人，自然不会支持冯铨。多尔衮考虑到冯铨这些人死心塌地效忠于满洲贵族，如果处罚了他们，朝中南方官员得势，于清朝统治可能发生不利影响。所以过了十天，多尔衮仍未表态。但出于对稳定整个形势的考虑，他终于决定支持冯铨一派，在朝中公开申斥了龚鼎孳，仅将李森先革职，而对其他人并未深究。从根本上说，多尔衮并未压制某一派、支持某一派。同时，也将冯铨一派的孙之獬革职，永不叙用。多尔衮只是通过双方的斗争更好地利用他们，借此达到他以汉治汉的目的。』
陈名夏在大顺军进京后曾经被迫任职，清军入关他逃回南方，却被南明弘光朝廷视为“从贼逆臣”，要捉拿归案。陈名夏走投无路，被迫重返北京投靠清廷，历任显官，一直做到大学士。
顺治初年，清吏部向朝廷请示：周伯达在明朝任陕西关西道，在大顺政权中任甘肃节度使；刘达原为明朝临汾知县，大顺时期任巡按河南直指使，究竟应按明朝官级还是按大顺官级授职？清廷决定按大顺所授较高官职录用。陈之龙在明朝为监军道，大顺政权委任为宁夏节度使，降清后仍任巡抚。黄尔性在崇祯末年任明朝汉中府通判，大顺政权授职“道员”（防御使），降清后被英亲王阿济格委任为宁夏巡抚；富平县举人赵兆麟归附大顺政权后，仕至神木道（即神木防御使），降清后也由阿济格委任为郧阳抚院。顺治三年正月，清廷吏部建议把他们降为道级官员，摄政王多尔衮裁决仍以“都堂”（即巡抚）任用。
多尔衮还经常命降清的汉族官员荐举人才，形成门生旧友相率入朝的局面。自从明朝中叶以来，缙绅势力迅速膨胀，成为各地举足轻重的社会力量。多尔衮采取大包大揽、求“贤”若渴的方针，就奠定清朝统治而言是最成功的一着。
1645年（清顺治二年、明弘光元年）正月，吏科都给事中朱徽在一份奏疏中说：“去岁五、六月间，人心粗定，引避者多，寮署一空，班行落寞。及摄政殿下宽仁好善之意，播于远迩，暨圣主膺篆御图以后（指上年十月清帝爱新觉罗·福临在北京即位），瑞叶天人，然后东西响应，多士云集，乃有今日，岂易易哉。”这段话颇能说明清廷为争取汉族官绅的支持确实煞费功夫，效果也是很明显的。
这样，满清征战方面有多尔衮及其八旗子弟兵，有吴三桂的辽东精兵，战略方面有范文程、洪承畴等运筹帷幄，政治制定合适的政策，大量启用明朝的降臣治理国家，巩固占领的领土，为出击李自成和南明，以及未来的一统天下做好了准备。其实这个时候满清在军事上仍然没有优势，只是李自成和南明本身存在重大问题，很快自我溃败而已。同样是明朝这些降臣，在崇祯手下成了空谈、亡国之臣。在李自成手上成了阿谀奉承之辈，成了李自成军饷的来源。而到了满清手下，却变成了中兴之臣，真是令人惊异。
在经济上，清廷也实行维护官绅地主利益的政策，宣布凡被起义农民夺去的田产一律“归还本主”。甚至连“前朝勋戚赐田、己业，俱备照旧”。同时规定各地征收田赋一律按万历年间册籍，停征崇祯时期加征的辽饷、剿饷和练饷。对于明朝世代受匠籍制度束缚的手工业工人也全部放免，取消他们对封建官府的人身依附关系。1645年（顺治二年）五月下诏：“免山东章邱、济阳二县京班匠价。并令各省俱除匠籍为民。”对明朝早已失去军事职能的卫所制度也着手改革，把卫所军士改为屯丁，遇有缺额“永不勾补”。
这些措施反映了清廷统治者鉴于明朝不顾人民死活横征暴敛终于导致自身覆亡，有意于减轻百姓负担的愿望。但清初社会生产大面积破坏，加以频繁用兵，军需孔急，朝廷颁布的“恩诏”很大程度上口惠而实不至。如时人谈迁记载：“都人谣曰：恩诏纷纷下，差官滚滚来。朝廷无一事，黄纸骗人财。”说明顺治年间和康熙初期的宣布减免赋税并没有多大实际意义，甚至由于奉差官员的敲诈勒索反而加重了人民的困苦。
多尔衮刚进关时曾经严令沿途军民一律剃发结辫，遵从满俗。入京后又命令京师官民为崇祯帝吊孝三日后即剃发改制。这一举措立即引起汉族各阶层居民的强烈反感。
当时在北京的朝鲜使臣回国后评论道：“入关之初，严禁杀掠，故中原人士无不悦服。及有剃头之举，民皆愤怒。或见我人泣而言曰：‘我以何罪独为此剃头乎’；如此等事，虽似决断，非收拾人心之道也。”
由于清廷立脚未稳，朝廷内新归附的汉官非议甚多，在野的更惊畏不至，多尔衮不得不暂时收敛，五月二十四日谕兵部道：“予前因归顺之民无所分别，故令其剃发以别顺逆。今闻甚拂民愿，反非予以文教定民之本心矣。自兹以后，天下臣民照旧束发，悉从其便。”
同年七月，又规定“近简用各官，姑依明式速制本品冠服，以便莅事”。
清廷占领北京初期采取的措施，在相当程度上改变了汉族居民记忆犹新的清军三次深入内地屠杀掳掠的残暴形象，特别是对汉族文武官绅招徕有方，不仅使自己迅速在畿辅以及附近地区站稳了脚根，也为此后征服全国奠定了基础。
多尔衮在历史的转折关头把握住了机会，终于实现了努尔哈赤和皇太极多年的夙愿——占领北京。有勇无谋的武英郡王阿济格等将领提议在北京城大肆屠戮，然后带着战利品返回关外。多尔衮力排众议，决策定都北京，并派遣官员到沈阳去迎接顺治皇帝。
顺治元年（1644年）九月十九日，顺治皇帝抵达北京，由正阳门进城，入住武英殿。十月初一，顺治去天坛祭天，十月初十，顺治在皇极门（今故宫太和门）颁布即位诏书，表示他现在是整个天下的皇帝。同日，多尔衮晋封“叔父摄政王”，受赐黄金一万两，绸缎一万匹，白银十万两，并赐立碑纪功。
明朝是个大国，但汉民族是个弱势民族。清国是个小国，但满族是个强势民族。强势民族的心胸非常开阔，什么好的东西都可以接受。因为开阔而虚心，又因为虚心而开阔。它像崇拜自己的祖先一般崇拜汉文化。梁思成先生当年曾陪同一位苏联建筑家参观故宫。面对金碧辉煌、气势磅礴的皇家建筑群，那位建筑家说：“我禁不住要跪下来了！”想必多尔衮在踏进紫禁城的那一瞬间，也会生出同样的感觉吧，否则就无法理解他和他的子孙为什么那样如饥似渴地学习汉文化。有清一代，一共出了两位摄政王，第一个是摄政王多尔衮，第二个是摄政王载沣，末代皇帝溥仪之父。满清开国，面临的问题是汉化。满清亡国，面临的问题是西化。开国的摄政王汉化成功了，实则是失败了。亡国的摄政王西化失败了，实则还是失败了。故有谚曰：“成也摄政王，败也摄政王。”
【八 李自成的速败】
四月三十日晚上，多尔衮在蓟县获悉大顺军已经撤离北京，命令多铎、阿济格和吴三桂等带领精兵全力追击，目的是进一步重创大顺军，尽量截留被大顺军运走的金银财物。
五月初八日，清军在庆都（今河北省望都县）城东追上大顺军。李自成命蕲侯谷英率兵阻击，被清军击败，谷英阵亡。接着，清军又在真定（今河北省正定县）再次获胜。大顺军在畿辅已无法立足，经井陉退入山西，留精兵扼守固关。追击的清军于五月十二日返回北京。
大顺军在山海关战役中失败的消息传开以后，原大顺政权管辖区内的明朝官绅认为时机已到，迅速纠集兵力发动叛乱，推翻当地的大顺政权。这些发动和参与叛乱的官绅绝大部分是以明朝为正统的，他们对山海关战役和清军入京的情况并不大了解，有的只知道大顺军被吴三桂部杀败；有的虽然知道清军入关，也以为只是吴三桂借用清方兵力。因此，他们打的旗帜大抵是“擒贼复明”。
大顺军撤入山西以后，清军停止了追击，返回北京休息整顿，大约有一个月时间没有采取军事行动，所占地方不过是京师附近一带。
李自成又一次犯了战略性的重大错误。他不是坐镇太原，火速从陕西等地调集军队入晋，加强山西防务；相反，却同刘宗敏等高级文官武将率领主力继续西撤，于六月初渡过黄河，返回西安。尽管他在固关留下了大将马重禧；在大同、阳和留下了制将军张天琳；在晋东南长治地区留下了大将刘忠；路过省会太原时留下明朝降将陈永福守御，“且授以坚壁清野之计”；在晋西北保德地区留下了降将唐通；晋南临汾地区又有绵侯袁宗第统兵万人屯于挂甲庄。兵力似乎颇为可观，但这些留守山西的军队各守汛地，缺乏一员威信卓著的将领统一指挥。
李自成匆促地返回西安后，清军占领了畿辅地区，于是山西就成了大顺政权同清方对峙的前线，李自成部署之不当又一次证明了他缺乏战略眼光。
五月初十日，一度投降大顺政权的明大同总兵姜瓖发动叛乱，“阳和军民约与镇城军民内应，于是杀（张）天琳及伪中军张黑脸，恢复大同”。姜瓖占据大同地区后，初期也是以复明为号召。这时李自成正在太原地区，却没有对这一雁北重镇发生的重大变故采取任何措施，而是继续西撤。
姜瓖随即在清方拉拢下，放弃了所谓的复明，很快归附了清廷。六月十六日，他接到清兵部信牌传达多尔衮的令旨：“大同总兵官姜瓖忠诚为国，擒杀伪将，平定大同、阳和等功，予甚嘉悦。但立枣强摄理国事，以延先祀等语，甚觉不宜，其枣强王可炤旧守其本等爵级。…”姜瓖立即遵令用顺治年号“大张榜示，通行布告军民人等”。这样，大同的复明变成了归清。
明恭顺侯吴惟英之弟吴惟华在多尔衮进京时拜迎马首，自告奋勇前往山西替清朝招安地方。多尔衮欣然同意。六月，吴惟华离京赴晋，在两三个月里联络一些明朝文官武将先后招降了代州、繁峙、崞县、五台，攻克静乐、定襄等州县，从而使清朝控制区扩大到太原以北。
姜瓖在大同叛变投清以后，又发生了唐通在晋、陕交界地区的叛乱。
顺治元年八月初六日，清廷以摄政王多尔衮名义写信招降唐通。唐通和姜瓖、吴三桂等人一样都擅长于见风转舵。大顺军兵败撤出畿辅后，他奉李自成之命镇守同陕西相邻的军事要地保德州、偏关地区。由于姜瓖的叛变，大同地区落入清方之手，唐通估计大顺政权难以同清廷抗衡，就在八月下旬以保德州为据点发动叛乱，文告改用明崇祯年号，西渡黄河袭击陕西府谷县，同大顺政权镇守陕北的亳侯李过激战达半月之久。由于变生意外，李过部损失较大。唐通占领了山西保德州、岢岚州、永宁州（今离石县）、河曲县、兴县、岚县、临县和陕西府谷县、葭州（今佳县）一带。