1573年5月，当克劳修斯还在梅赫伦忙着给整个欧洲分发郁金香球根和其他植物的时候，神圣罗马帝国的君王马克西米利安二世提出让他到维也纳负责建立一个皇家植物园（hortus)。这个建议非常诱人，当时克劳修斯的父亲刚刚去世，他本来一直在供养他父亲，现在少了一个巨大的负担。再加上500荷兰盾的年薪，足够让他生活得舒适宽裕了（多年来他都是尴尬地依靠朋友们的施舍勉强度日的）。马克西米利安想要建造一个让其他皇室贵族都无法比拟的植物园。克劳修斯由于贫穷和身份的低下本来一直有些自卑情结，现在君王的关注和对他贵族身份的正式认可让他有些受宠若惊。此外，他对自己未来的资助者也是有一点了解的。他是少有的对新教信仰保持宽容的君王之一，而且克劳修斯的通信人之一约翰内斯·科拉脱·冯·克拉夫西姆(Johannes Crato von Krafftheim)曾经是马克西米利安的私人医生，他的回信也给克劳修斯吃了定心丸。再加上建造植物园的工作也是他非常感兴趣的，所以他最终接受了这个提议。
今天的维也纳是位于欧洲中心的文化名城。而在克劳修斯的时代，这里只是个边境城市。尽管它是神圣罗马帝国最重要的城市之一，同时还是皇室宫廷所在地。但是这里距离奥斯曼帝国边境仅50英里，是众所周知的“基督教国度的最前线”。在1529年的苏莱曼时期，土耳其就曾派遣25万人围攻维也纳。到1683年，土耳其人还会卷土重来。所以，为了皇家豪宅的优雅，为了华丽的美泉宫，为了宽阔的多瑙河，为了城市中心喧哗吵闹的细窄街道，城墙和大门的坚固程度远比额外添些花圃重要得多。较之安全，花园实在是一种奢侈。
从克劳修斯到达的一刻，他就发现，尽管为君王工作有这样那样的好处，但也少不了有让人备感挫折的事出现。由于马克西米利安非常忙碌，克劳修斯等了两个月才有机会向君王描述自己的计划，之后又等了一年多，也没看到选定的地点上有开工的迹象。更糟的是，负责为植物园项目拨款及支付克劳修斯薪酬的财政大臣是个严格的天主教徒。对他来说，想尽办法让信奉新教的植物学家的日子越难过越好。好的一方面则是，克劳修斯开始定期收到皇家大使从伊斯坦布尔寄回来的各种植物的球根和种子，他还与此时正好回到宫廷的比斯贝克建立了基于植物学的友谊。他们互相交换了各种植物作为礼物，尤其是1573年比斯贝克回法国前，给他的朋友留下了大量的种子。
又过了两三年，克劳修斯依然没有机会种下这些种子，此时比斯贝克留下的种子都枯萎得很厉害了，克劳修斯甚至担心这些种子已经死了，可是它们最终还是破土发芽，并且开出了茂盛的花朵。这也算得上是郁金香历史上两位功臣之间友谊最合适的写照。
尽管如此，兴建植物园的计划越来越无望实现。到1576年夏天，克劳修斯的薪水已经拖欠了11个月。然后马克西米利安的突然去世更是雪上加霜。新君鲁道夫二世是一个狂热的天主教徒，他遣退了所有在他宫廷中服务的新教徒。更糟的是，他对花花草草一点兴趣也没有，还是雏形的植物园也被拆毁改建骑术学校了。克劳修斯此时处于深深的恐惧之中，尽管宫廷对园艺师总是有需求的，但克劳修斯此后再也没为任何君王工作过。
克劳修斯在维也纳逗留了一段时间，他在这里还有一个私人花园，但是不断有人窃取他园中珍贵稀有的植物。克劳修斯饱受困扰，终于不再对此地抱有任何幻想。在那时候，真正稀有的植物可能全欧洲才能找到一两棵，而有组织的盗窃植物的窃贼们，就算没有特别硏究，也绝对不是对植物一无所知的人。就像今天的古董窃贼一样，干这一行的人十有八九也是行家，清楚地知道自己要找的是什么（那些真不懂的人，也可以通过贿赂工资不高的花园仆人来获取有用的信息）。雇佣植物窃贼的人大多是贵族或富商，他们想让自己的花园惹人羡慕又不愿为寻找稀有品种而劳神费力。这群无耻之徒甚至都无意掩饰自己的卑鄙行径，可是也没有警察会调查此类案件，官员们也无意为了这类小偷小摸而得罪八面亨通的大人物们。至少有一次，一个维也纳贵族夫人就骄傲地向克劳修斯展示自己花圃中栽种的、从克劳修斯的花园中偷来的植物，而他能做的只有咬牙忍耐而已。
当时的克劳修斯已年逾花甲，因为在浴室里狠狠地摔了一跤而几乎半残，还有诊断不出原因的肠胃病，牙齿也掉光了。皇室给他的工资被停发之后，他再一次处于穷困之中，仅靠贵族身份那点可怜的收入和朋友们间歇寄来的食物包裹度日。他迫切需要一个能维持生计的方法，更渴望自己一生的心血能得到学术上的认可。最后，他终于等到了这一天的到来。
5莱顿
1592年1月，一个有封印的大包裹寄到了克劳修斯所居住的公寓。里面有一封他的朋友玛丽·德·布雷莫伊写给他的信，信中说莱顿大学医学系希望邀请克劳修斯来就职。
莱顿当时是荷兰联合省的一个以制造业为主的大城镇。一般情况下克劳修斯可能不会考虑到这样的地方去，但是德·布雷莫伊的书信来得很是时候。自从离开维也纳，年迈的植物学者就隐居到了法兰克福，为的是距离既是他的朋友又是他的赞助人的黑森领主近一些。但是领主刚刚去世了，而他的继承人取消了克劳修斯赖以生存的那一笔数目可怜的年金。失去了主要经济来源，他急需找到一份工作。莱顿大学的工作不但是对他毕生学术工作的认可，还有每年750荷兰盾的工资和去莱顿的路费。再加上有好几位与他长期通信的人已经在这所大学工作，其中就有提议授予克劳修斯教授职位的这位约翰·范·霍格兰德(Johan van Hoghelande)，他们彼此间交换球根已经很多年了。虽然不是完全没有顾虑，但经过一番思考之后，克劳修斯还是决定接受范·霍格兰德的邀请。
至此，这个为郁金香的流行做出了无人可及的贡献的人，踏上了他去往荷兰共和国的旅途。在那里，郁金香将真正成为闻名遐迩的植物。克劳修斯是在1593年10月19日到达莱顿的，同时也带上了他最珍贵的植物，其中就有他收集的丰富的郁金香球根——现在来看，也是非常有价值的。
植物学家的新归宿是一个有近两万人口的大城镇，位置大约处于联省共和国的中心。这个城市是在中世纪城堡的废墟上建立起来的，并且是当时著名的纺织品交易中心。但是在克劳修斯来到这里时，当地人的地域自豪感还很淡薄。莱顿在荷兰可以算个大城镇，而莱顿大学也是当地人的骄傲和自豪，但这个地方是在经历了一个世纪的停滞后，刚刚开始兴盛和快速发展起来，而且有可能会成为基督教国家中首屈一指的纺织品贸易城市。对于普通的观察者来说，还真没有什么特别的理由让荷兰之外的人注意到莱顿。不过克劳修斯也许已经意识到，在16世纪最后几年，莱顿已经变成欧洲最著名的城市之一了。
莱顿的名声是因它在荷兰革命中扮演的英雄角色建立起来的。荷兰革命称得上是这个世纪中最具决定性意义的事件之一。在16世纪的大部分时间里，组成低地国家的所有17个省份，无论是位于南方的，也就是如今的比利时和卢森堡；或是位于北方的，也就是后来的联省和现在的荷兰，都属于西班牙国王的领土。西班牙国王（指菲利普二世，他在1556～1598年派遣无敌舰队与英格兰开战）是欧洲最有权势的君主之一，他统治的帝国幅员辽阔，还包括美洲南部和中部的大部分地区。他还曾与土耳其在地中海地区交战，与英国在加勒比海交战，在欧洲大陆与法国开战。荷兰南部省份是重要的贸易中心，而且在与法国的战争中有重要的战略意义，但是北部地区对西班牙的意义则小得多。西班牙国王当然不愿意听取荷兰人的抗议：比如为了供他打仗而加诸荷兰人民身上的重税；再比如由荷兰人承担的大量军队的吃喝开销。作为一个狂热的天主教徒，他甚至根本不能接受新教主义在他的领土内发展，在16世纪50年代，全部17个省中都出现了相当多的宗教迫害事件。
到16世纪70年代，反对西班牙统治的思想开始在荷兰大部分地区盛行，尤其是在瓦尔河和马斯河以北的七个省市，即荷兰省、泽兰省、海尔德兰省、乌特勒支省、格罗宁根省、上艾瑟尔省和弗里斯兰省。这些省市较之于它们南方的另外十个城市虽然贫困一些，但是它们所在地区的地势易守难攻，所以到1572年公开的革命终于爆发时，连自诩无敌的西班牙军队也没能攻破这七个省市。
革命的星星之火，最初其实是英国的伊丽莎白女皇无意中挑起的。她曾多年允许一群自称为海上乞丐的荷兰新教徒海盗在她的峡港停泊，后来迫于西班牙的压力，才在1572年4月将海盗驱逐。无处可去的海上乞丐们沿着荷兰海岸线一路激战，直到到达一个叫布里尔的小港口。海盗们受到了当地人的欢迎，于是占领了这里，终于暂时摆脱了西班牙卫队的追击。5天之后，乞丐又沿泽兰省海岸南下，成功夺取了弗拉辛这个极具战略意义的港口。控制了这里，就控制了安特卫普的出海口。
自此以后，革命迅速蔓延至整个荷兰。到7月，荷兰除阿姆斯特丹外都已经由革命军掌控。而在莱顿，人民完全支持海上乞丐，以至于在没有任何新教士兵来到这里组织部队之前，人民就已经自发地参与到革命中来了。当地人把效忠西班牙国王的人都赶出了城，还彻底洗劫了天主教堂，这些举动对西班牙人来说无疑是永世难忘的深仇大恨。
最早响应革命的人之中有一位沉默者威廉，他是奥朗日的王子，属于加尔文教派，后来成了革命中的灵魂人物。他宣称自己是荷兰省执政(stadholder)，也是整个荷兰的保护者。很快他又成了大批军队的领袖，并且带领他们迎战必然出现的西班牙镇压。
西班牙人的镇压不到年底就开始了，他们釆取的策略是以恐怖和暴力让荷兰人屈服。一些小城镇被摧毁，人民被屠杀，有时候甚至不留一个活口，所以不少原本宣誓效忠威廉王子的小城市屈服于西班牙人的暴行。很快就只剩下荷兰省和泽兰省仍坚持革命。西班牙人集结了一大批人马向北方最后的革命根据地推进，欲将革命的星火彻底扑灭。这次挡在他们北上道路中间的就是莱顿。
围攻莱顿是整个革命战争中战斗最艰难、损失最大也最具决定性意义的行动之一。如果莱顿被攻下，西班牙人可能会彻底消灭所有的荷兰革命者，重新掌握对北方各省的统治。那样的话，荷兰共和国的计划将胎死腹中，所有的贸易和商业活动仍然集中在南方，靠海外贸易产生的财富就永远不会流向荷兰，那么郁金香狂热也就根本不会出现了。
在经历了持续四个月的让人绝望的围攻之后，莱顿迎来了最终的胜利。当时城里的人已经弹尽粮绝，为了拯救这个城市，威廉决定做最后一搏。他下令拆除马斯河沿岸的河堤，让洪水淹没城镇周围的土地，逼走驻扎的敌军。虽然水位确实上涨了一些，但还是没能如他所愿解除重围。之后发生的事，被虔诚的荷兰人认作是万能的上帝显灵：风向突然改变了，在狂风暴雨的作用下，河水暴涨，波涛奔涌向前，西班牙军队被迫逃命，而海上乞丐却得以在前几天还是田地的地方乘风破浪，驾驶他们的船只解救了莱顿。
莱顿这次史诗般的抗争拯救了荷兰革命，第一阶段的起义以成功告终。七个由革命军控制的地区联合起来建立了荷兰联省共和国，奥朗日王子任荷兰执政暨最高指挥官。但是西班牙的威胁仍然切实存在了几十年，他们又有几次入侵荷兰领地的行为，最后一次是在1628年。所以荷兰人不得不承担保留军队的开支，以防西班牙持续的威胁和不知什么时候就可能发生的下一次攻击。除了1609〜1621年出现了一次较长时间的休战外，这种不间断的冲突一直持续到1630年。后来在1648年签订《明斯特条约》，西班牙被迫承认联省共和国的地位时，所有的威胁才算差不多结束，用于维持大批陆军和海军的开销得以节约下来并用于发展荷兰的经济。1630年起，荷兰的经济以超越以往任何时期的速度发展了起来。
在那场戏剧化的围攻二十多年之后，克劳修斯来到了莱顿。莱顿大学成立于1575年春天，到此时也不过十几年，它也是当时联省唯一的一所大学。对于这个同样成立不久的国家来说，建立一所核心学府是必须采取的措施之一。一方面，它是一个从文化层面上从西班牙统治下彻底独立的宣言；另一方面，这个国家也急需培养年轻人才以满足教堂和政府的需要。在当时的欧洲，其他大部分高等院校都将宗教学习作为教学的重点。事实上，很多大学都是由教堂直接控制的，所以教育内容涉及的广度有很大局限。荷兰政府认定莱顿大学不应当走这样的老路。除了神学之外，这里还开设了法律、医学、数学、历史及其他人文主义学科。对学校的管理由七位院长共同负责。这七位院长都不是由教会，而是由省议会和莱顿市长任命的。
所有这些，都很合克劳修斯的心意，但是这所新兴大学的人文主义政策却引发了意外的结果。从1575年到16世纪90年代初，莱顿的自由主义名声使得新教教会的领导们总以怀疑的眼光看待莱顿神学院的毕业生们。所以想要谋求神职的学生们通常会选择到德国南部更严格的新教大学去学习。而时时存在的联省是否会被西班牙再度攻击的疑虑也使其他学科的学者对莱顿望而却步。所以在最初的十几年里，莱顿总共招收了不到130名神学学生，其他人文学科则更少。直到荷兰在战场上取得了几次戏剧性的大捷，以及到16世纪90年代战争状态缓解之后，莱顿大学才开始对有志青年们产生了更大的吸引力。所以，克劳修斯决定入职的这所大学，虽然名义上已建立二十几年，但事实上，是在年迈的植物学家终于到达荷兰共和国之时才刚刚踏上正轨。
这个时候加入莱顿确实是个好时机。突然间，大学有了充足的资金来改善设备，雇佣更多员工，买更多的书，甚至是给更多年轻学者提供硏究资助。在此后的半个世纪里，在校学生人数提高了4倍，从100人上升到500人。图书馆也拥有比任何地方都丰富的综合性藏书。莱顿大学的解剖学院因为实际解剖人类尸体而尤为著名。在那个时代，人体的谜题才刚刚开始被硏究，解剖成了当时最流行的学科之一。在莱顿，人们对解剖学的兴趣如此之大，以至于经常会举办允许观众观看的解剖试验课。大学还鼓励来访者参观它们的解剖学博物馆，那里展览着许多惊人的展品，比如埃及木乃伊、老虎标本、巨大的鳄鱼以及巨型的鲸鱼阴茎。在克劳修斯到达后的50年里，莱顿这种卓越的表现，使它成了可能是全欧洲最好，而且肯定是全欧洲最受欢迎的大学。越来越多的学生选择这里，数量超过了去剑桥大学或是莱比锡大学的，这也是在新教控制的北方第二和第三大的两所大学。而且比起这两所大学，莱顿的学生也更加国际化。