太平军北伐之师，由扬州出发，迅速攻占浦口，挺进安徽，转攻河南，至巩县，入山西，然后转兵东向，九月，占静海，威胁京、津，清军竭力阻截。北伐军因孤军深入，损多补少，又衣粮不济，而清军继续增援，众寡悬殊，乃突围南撤。
西征之太平军相继克九江、武汉、岳州之后，被湘军败于湘潭，继而屡屡失利。四年（公元1854年）十二月，翼王石达开督师西援，大败湘军水师于江西湖口，困曾国藩（湘军首领）于南昌。
奕詝目睹天下大乱，无计可施，中夜彷徨，不能自己，乃日以醇酒妇人为伴，纵欲自戕，其体日坏。在苦于内乱之时，外患又起。
英、美、法乘中国内乱之机，要求修改《南京条约》，企图扩大特权，未能如愿。六年（公元1856年），英国借口“亚罗号事件”，再次对中国发动侵略战争，史称“第二次鸦片战争”。
所谓亚罗号事件：即九月十日，广东水师从中国亚罗号船上拘获海盗及嫌疑犯十二人。英驻广州领事巴夏礼借口该船曾在香港政府注册，对中国水师之行动，横加干涉；而且诬赖中国水师撕毁英国国旗，借此挑起战争。
面对危局，昏聩自矜之两广总督叶名琛采取“不战不和不守，不死不降不走”之莫名其妙之策略，以乩语为据，口出大言，既拒外人于门外，又不备战。七年（公元1857年）十一月，英、法联军攻入广州，名琛被俘。英、法乘势提出改订条约：增开商埠。美、俄亦提出上述要求。奕詝主观臆断，未采取应变措施。次年三月，四国联军至大沽口，奕詝惊惶失措，但态度强硬，限期交回广州，然后谈判。四月八日，英、法发动进攻，清兵惊溃，文武官员闻风而逃，侵略直抵天津城下。奕詝闻之震怒，急派大学士桂良、吏部尚书花沙纳为钦差大臣赶往天津议和；五月，分别与英、法。美、俄签订《天津条约》。条约除增加台湾等五处为商埠外，还增传教、内河航行、领事裁判诸权。
与此同时，沙俄趁火打劫，用武力迫使黑龙江将军奕山签订《中俄瑷珲条约》，割去我国黑龙江以北、外兴安岭以南大片领土。
奕詝不满《天津条约》部分条款，拟于来年换约时，用武力迫使其修改部分内容。乃暗中加强海防，于大沽炮台增配大炮，于天津沿海设置海障。
九年（公元1859年）五月，英、法、美三国公使在强大舰队护送下，欲强行从大沽，登陆，至北京换约。二十五日，英，法舰队首先开炮，陆战队登岸强攻。清军发炮还还击，击沉英舰四艘；登岸之千余人，仓皇失措，陷于泥淖之中，死者近半；英舰队司令何伯负伤。英、法联军在美舰掩护下狼狈退走。
大沽口之捷，朝野动色相告，皆谓“二十余年未有之快事”；奕詝洋洋得意，更加纵情声色，不能自拔。
在此期间，清军加紧围攻太平天国。五年（公元1855年），在消灭北伐军之后，乃倾全力于东南，以图迅速消灭太平军，但进展不顺利。次年五月，江南大营被太平军攻破。不久，太平天国内部发生“杨韦事件”，形势始向有利清廷之方向发展。
太平军进入南京后，东王杨秀清居功自傲，大权独揽。在攻破请江南太营之后，逼洪秀全封其为万岁。秀全佯允其所请，又密诏北王韦昌辉，翼王石达开回京图之。八月，韦、昌辉率兵三千入京，杀杨秀清及其部众、家属二万余人。石达开表示不满，韦又欲杀石。石逃至安庆，起兵讨韦。旋韦被杀，石回京辅政。由于洪秀全猜忌心重，七年（公元1857年）四月，石被迫出走。太平军从此由盛转衰。武昌、镇江、九江相继失守，天京被围。
内乱来息，外患又至。英、法不甘心大沽之失败，于十年（公元1860年）二月，英使额尔金、法使葛罗至上海，要求中国道歉、赔偿，并限期答复；四月，又以开战相威胁。奕詝深感事态严重，命将士不可先开衅，并命钦差大臣僧格林沁筹划和议，又命撤除耗白银二百万余两之北塘防务，作为和议地点。六月，英法集舰船二百余艘和士兵二万五千人，于北塘登陆。不理会清廷要求谈判换约之建议，七月七日占领天津。
八月二日，英领事巴夏礼至通州，态度傲慢，钦差大臣载垣将其诱擒至京。英、法联军随即占领通州，直迫北京城下。奕詝知北京不能守，决计迁于热河（今河北承德市），并任恭亲王奕䜣为全权大臣，负责处理和谈事宜。
奕詝体质素弱，常咯血，日饮鹿血以疗之。在京时即以观剧自娱。八日，从圆明园仓皇出奔，有司准备不足，至密云，竟食无粮食，宿无被褥，狼狈不堪，奕詝气甚，又呕血。
皇帝出逃，京城一片惊慌，亲王、大臣和将帅争相逃命，鸡飞鸟散。
二十三日，侵略者在海淀一带烧杀抢掠，奸淫妇女，无恶不作。九月五日，洗劫西苑，火烧圆明园，“烟焰迷天，红光半壁，连烧五日五夜，京西海淀，一片火海”，集人类园林建筑艺术精华之圆明园顿时化为灰烬。奕詝闻之，悲痛不已。
十二日，双方换约，侵略者之目的完全达到。除《天津条约》之内容外，英增八条，法增十条，新增主娄内容：开天津为商埠；割九龙与英国；赔偿英、法银合计一千八百万两，是谓《北京条约》，亦称续增条约。
沙俄趁火打劫，于十月二日，强迫清廷签订《中俄北京条约》，亦称《中俄续增条约》。其主要内容：将乌苏里江以东约四十万平方公里之中国领土划归俄国；确定中俄西段边界划界原则。
英法联军之役，以中国割地、赔款、丧权而告终，中华、大帝国之纸老虎原形毕露，导致群狼争食之局面。
奕詝生性好哭，面对此种局面，常伤心落泪，但仍终日酒色，观戏、环游、狩猎，纵情享乐，以忘国耻。由于荒淫无度，身体日益虚弱，吐血不止。
十一年（公元1861年）七月十七日，病死避暑山庄。在位十二年，死时三十一岁。十月，移棺至京。十二月，谥曰协天翊运执中垂谟懋德振武圣孝渊恭端仁宽敏显皇帝，庙号文宗。同治四年（公元1865年）九月，葬于定陵（在今河北遵化县马兰峪，即洁东陵）。
穆宗（同治帝）爱新觉罗载淳
咸丰六年（公元1856年）三月二十三日，生于储秀宫，咸丰长子，母那拉氏（慈禧）。十一年，就读于编修李鸿藻。
七月十六日，晚膳后，咸丰病危，传谕：立皇长子为皇太子，并命御前大臣载垣、端华、景寿、肃顺及兵部尚书穆荫、吏部左侍郎匡源、礼部右侍郎杜翰、太仆寺少卿焦佑瀛辅政。十七日，咸丰死。肃顺传令恭王奕仍留京师。定年号为祺祥。
在咸丰抱病时，京师人士以为一旦驾崩，幼主初立，恭亲王奕（咸丰异母弟）必当摄政之重任。之所以有此希望，因奕䜣与咸丰幼时同读，关系密切；又平日待人处事，颇得人心，满汉官员多拥护之。然咸丰并不喜奕，故在其逃往热河时，命留京议和。和议既成，奕奏请赴热河（今河北承德市）问安。肃顺等谓其联合外人，要挟朝廷，且权势太大，恐有图谋，必须预防之。惇亲王奕誴（道光第五子）亦言奕有反意。咸丰因而拒之，曰：“相见徒增伤感，不必来觐。”奕䜣及其党大为失望。
但那拉氏久有野心，对八大臣辅政，殊不甘心，乃怂恿皇后钮祜禄氏一同垂帘听政。钮祜禄氏就此事问计于奕。奕甚为高兴，遂不惜违反家法及咸丰遗命，欣然同意，并启程赴热河。
八月一日，奕至热河，即赴咸丰灵前祭奠，伏地大哭，声彻殿堂，见者无不下泪。祭后，太后不顾八大臣反对，接见奕䜣、泣诉载垣等之侵侮，并密谋回京诛之。
御史董元醇投那拉氏之所好，上疏请太后垂帘。八辅政得知，大为愤怒，先以皇上之名，拟一旨痛驳之，后又争于两太后前，载垣曰：“赞襄幼主，不能听命太后，请太后看折，亦系多余之事！”其他诸人，亦语多激烈，太后为之震怒手战，载淳则惊怖啼泣，遗溺于太后衣。争辩两刻，不欢而散。
九月一日，上钮祜禄氏徽号曰慈安，那拉氏徽号曰慈禧。二十三日，载淳送咸丰灵柩回京。车驾至京之第二日（三十日），谕旨历数载垣、端华、肃顺等罪状，宣布解除八大臣辅政之任，旋赐载垣、端华自缢，肃顺处斩。史称“北京政变”，亦称‘“祺祥政变”、“辛酉政变”。十月，改年号为同治。
奕原欲大权独揽，但局势为之一变，两宫垂帘之议，为朝臣一致主张，致慈禧专权近五十年，晚清三朝，实为慈禧之天下。
慈禧，名杏贞，乳名翠妞儿，道光十五年（公元1835年）十月十日生。叶赫部满洲镶黄旗人，那拉氏。父惠征，曾为湖南副将，母富察氏。咸丰元年（公元1851年），被选入宫，号兰贵人，后又封懿嫔、懿妃、懿贵妃，自是渐受宠幸，参与政务。咸丰死，被尊为太后。因居西宫，故曰西太后。慈安居东宫，曰东太后。两宫掌权，实权在慈禧手中。
时国内仍处于动乱之中。太平军于咸丰八年（公元1858年）取得浦口和三河大捷后，又于十年（公元1860年），破江南大营，攻克常州，其力量再度振兴。清廷面对此种局面，内则依靠曾国藩之湘军和李鸿章之淮军，外则借助英、美、法等国力量，加紧围剿。
十一年（公元1861年）八月，曾国藩在攻克安庆后，即令其弟曾国荃沿江东下，直指金陵；命李鸿章率淮军赴上海，联合英、法军，责成太常寺少卿左宗棠赴浙江，进攻太平军，以策应围攻金陵之战。
同治元年（公元1862年）四月，曾国荃围金陵。在江浙和上海之清军，勾结英、法、美军，不断地向太平军发起进攻。二年（公元1863年）十月，克苏州。次年二月，克杭州。由是在金陵之太平军，其势益孤，而曾国荃攻城愈急。时城中粮绝，太平军食树皮草根，死守金陵。洪秀全知大势已去，忧愤成疾，四月死。六月十六日，清军破金陵，血洗全城。天国嫔妃侍女自缢投河死者二千余人，太平军被杀者数万，或聚众自焚，少有降者。城内大火，数日不灭。历时十四年、斗争遍及十八省之太平天国遂告灭亡。
太平军既灭，清廷遂集中力量镇压捻军。
捻军发源于捻子（今称捻党）。起于康熙年间山东济宁一带，至嘉庆十九年，其势始盛。启发展到河北、山东、河南、安徽、湖北、江苏等省。及太平军起，与之呼应。时成丰以主力对太平军，以一部对捻军。咸丰三年（公元1853年），太平天国北伐军至安徽、河南，捻党纷起响应。五年（公元1855年），各地捻党首领会盟于雉河集（在今安徽涡阳县），推举张乐行（亳州人，以贩盐为业）为盟主，组成捻军。七年（公元1857年），接受太平天国领导，其势大盛。十一年（公元186 1年），科尔沁郡正僧格林沁奉命前往镇压，但不能制。同治三年（公元1864年）六月，清军攻入金陵。次年四月，太平军余部与捻军共破僧格林沁于曹州（在今山东菏泽县），僧格林沁战死。清廷从此丧失满蒙八旗劲旅，军权渐次转入湘、淮军手中。
太平天国既灭，而僧格林沁战死，清廷乃命曾国藩钦差大臣，统率各军，全力进剿捻军。曾国藩取军事配合政治之势，并借助英、法在烟台之水师，平捻大有进展。
五年（公元1866年）十且，曾国藩称病，疏请派人代之。清廷以李鸿章为剿捻钦差大臣。至七年（公元1868年）六月，捻党悉平。又相继镇压回、苗民起义。
内乱既平，载淳亦已成人，两宫为其择婚。东后属意户部尚书崇绮女阿鲁特，而西后欲婚凤秀之女，令载淳自决。载淳择东宫所挑选者，选凤秀女为慧妃。慈禧不悦，大婚之夕，谓载淳曰：“凤秀之女，屈为慧妃，宜加眷遇。皇后少年，不娴宫中礼节，勿常往其宫，致防改务。”载淳不满，自是既不往皇后宫，亦不幸慧妃，独居乾清宫，由内侍导之微行，寻花问柳。且幼习戏曲，粉墨登场，作儿女痴态，眉目传情。对诗书毫无兴趣，功课常荒，结果“语言寒吃，诗亦无成诵者”，“论文多别字”，“读折不成句”。屡受慈禧面责，而终不能改。
十二年（公元1873年）正月，载淳亲政，唯我独尊，不听群臣之言，在库无储蓄之时，决意修复圆明园。次年正月，置政务于不顾，将修园作为头等大事，与慈禧一起，操笔绘图。十九日，正式开工。命广东李光昭为工程监督，往各省采购木材。李本为市并无赖，—一经受命，四出招摇，勒索肥己。又南走香港，代清与法商签购木材。因商业纠纷，法领事照会中国海关，请扣留李光昭及木材。三七月二十七日，载淳被迫下诏停建。
亲政之后，其荒淫生活不改。而太监在东华门内开烟馆，藏垢纳污，导男引女，供其取乐。恃读主庆祺又进春宫春药。十月，一病不起，初定为天花，实泡性病。慈禧不知，强以天花治之，愈治愈重，颈腹皆脓溃，“漫腥一片，视之可骇”，“遗泄赤浊，便秘痉挛”，“牙断糜黑，口气作臭。”十二月五日，六脉俱脱，瞑目而死（据陈可冀教授对清代“脉案”和御医处方系统研究，确认裁淳是患天花伴随局部感染，致腰部溃烂，蕴热郁闷，病毒内陷而死）。在位十四年，死时十九岁。
光绪元年（公元1875年）三月，谥曰继天开运受中居正保大定功圣智诚孝信敏恭宽毅皇帝，庙号穆宗。五年（公元1879年）三月，葬惠陵（在今河北遵化县马兰峪，即清东陵）。
德宗（光绪帝）爱新觉罗载湉
同治十年（公元1871年）六月二十八日，生于北京西太平街醇王府之槐荫斋。醇亲王奕譞（道光第七子）次子，母那拉氏(慈禧之妹)，名婉贞。
同治无子，病危时，口授遗诏，以贝勒载澍（道光第八子孚邵王奕譓之子）继位。慈禧阅后，怒不可遏，立碎其纸，掷于地，命尽断同治医药饮食。同治死，慈禧召诸王，意欲立年仅四岁之载湉，以便专权；诸王皆愕，不知所对，但不敢抗旨，议遂定。
十三年（公元1874年）十二月七日，载湉入宫，时尚在酣睡之中。次年正月，即皇帝位。两宫垂帘听政，实际一切由慈禧裁决。改年号为光绪。
同治时，因有元后慈安和恭亲王奕之制衡作用；又同治性倔强，对生母慈禧所为，诸多不满，亲慈安而疏慈禧，故慈禧尚有所顾忌，未敢一意孤行。及同治死，慈禧强立其妹之子；而载湉之父奕譞又是奕之对头人物。时奕䜣已是心灰气沮，曲意承欢，尚能分庭抗礼者，仅慈安一人而已。慈安性软弱，识字不多，遇事皆让慈禧裁决，本不足有碍慈禧之专权，但慈禧犹欲去之。
光绪七年（公元188年），慈禧小产。慈安得知，乃置酒以庆病愈名，婉言劝之，并袖出一函（咸丰遗诏），授慈禧。遗诏略谓：叶赫氏既生皇子，异日必以子贵，唯朕不能深信其人；日后如能安分守己则已，否则汝可出此诏，命廷臣传遗命除之。慈安笑曰：“吾姊妹相处久，无间言，何必留此诏乎？”立取焚之。慈禧面赤称谢，然怏怏不自得，决计除之。三月十一日，慈禧令太监进饼饵，慈安甚喜，食之，顿觉不适，未几即死。从此，大权完全由慈禧控制。