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不久后，袁崇焕以邀请毛文龙到幄山看将士射箭为名，诱捕毛文龙。当时袁崇焕手下的部将有许多为毛文龙求情，认为他苦守皮岛多年，劳苦功高。袁崇焕不听，请出尚方宝剑，杀了毛文龙，并对众人说：“我只杀毛文龙一个，其他人无罪。”当时毛文龙手下有数万精兵在场，忌惮袁崇焕的威风，竟然没有一个人敢轻举妄动。
其时袁崇焕总掌兵事，毛文龙对他的权力和地位并无任何威胁，袁崇焕并没有令人信服的理由要杀毛文龙。他的动机，很可能有两点：一是出于个人情感，他实在是不喜欢毛文龙这个人；二是因为毛文龙跋扈难制，所以袁崇焕杀人以立威，这是新到任的统帅通常用的法子。但从后来可以看出，杀毛文龙带来了一系列的问题，还不包括袁崇焕因为此事引起了崇祯对他的猜忌。我们不能不说，在毛文龙这件事的处理上，袁崇焕是有极重的私心的，而个人恩怨有时候不但会改变双方各自的命运，还会改变历史的局部面貌，起到微力的作用。当这些微力足够多时，进而成为合力，影响到国家命运的走向。
从另外一点来说，袁崇焕确实有故意专擅的意思，一是将在外，君命有所不受，只要有利于国，专之可也；二是崇祯皇帝给了他尚方宝剑，为的就是让他便宜行事。但袁崇焕忘记了，帝王之心深不可测，君与臣永远不可能完全信任。
袁崇焕随即将毛文龙厚葬，亲自祭奠说：“我杀你，是朝廷大法；我祭你，是僚友私情。”随即将毛文龙手下的二万八千人分为四部，由毛文龙的儿子毛承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘兴祚分别率领。
崇祯二年五月，袁崇焕才上书崇祯，报告了杀毛文龙一事。崇祯听到后，“意殊骇”，意思是吃惊得不得了；他没有想到袁崇焕自作主张到了这样的地步，因为毛文龙不但是沙场老将，也是手持尚方宝剑的一方统帅。但因为毛文龙已死，国家必须有良将，崇祯还要依靠袁崇焕，只好“优旨褒答”。不久后又“传谕暴文龙罪，以安崇焕心”。显然崇祯的本意并不想这样做，只不过为了笼络袁崇焕不得已而如此。从这时开始，崇祯已经开始警戒，对袁崇焕又爱又恨之。
袁崇焕为了拖延时间，完成收复大业，开始与皇太极和谈。此时努尔哈赤新死，满洲内部人心动荡，皇太极的地位还不十分稳固，他对和谈极有兴趣，立即作出有利反应。袁崇焕提出先决条件，要皇太极先除去帝号，恢复称“汗”。皇太极居然答允，但要求明朝皇帝赐一颗印给他，表示正式承认他“汗”的地位。
当时皇太极并没有一味跟明朝开战，而是千方百计地求和。他不但自己写信给明朝边界官员，还托朝鲜居间斡旋，托蒙古王公上书明朝。而他发动每一个战役，都是“以战求和”的目的。皇太极的眼光相当毒辣，有相当的自知之明。他清楚地认识到，以当时明朝和满清国力人力的对比，满清决计不是明朝的敌手；满清人口与兵力有限，经不起长期的消耗战，明朝的政治只要稍上轨道，满清就非亡国灭种不可。
皇太极还写信给崇祯皇帝说：“满洲国汗谨奏大明国皇帝：小国起兵，原非自不知足，希图大位，而起此念也。只因边官作践太甚，小国恼恨，又不得上达…今欲将恼恨备悉上闻，又恐以为小国不解旧怨，因而生疑，所以不敢详陈也。小国下情，皇上若欲垂听，差一好人来，俾小国尽为申奏。若谓业已讲和，何必又提恼恨，惟任皇帝之命而已。夫小国之人，和好告成时，得些财物，打猎放鹰，便是快乐处。谨奏。”（《天聪实录稿》）皇太极用辞十分谦卑。但崇祯毫不理会，对满清始终坚持“不承认政策”，还妄自尊大，激怒了皇太极。等到崇祯末年，农民军力量壮大，崇祯皇帝再想与满清议和，已经晚了。
当皇太极看到崇祯杀了袁崇焕时，已经知道明朝的气数尽了。但即便是这个时候，他也没有想到满清能这么快地取得明朝的天下，在他预测中，无论如何也还要经过好几代人的努力。1636年，皇太极称帝，改国号为清，明确地表示要推翻明王朝。
有人说，因为袁崇焕妄杀了毛文龙，所以崇祯才误杀了袁崇焕。袁崇焕被杀，不但是他本人的悲剧，也是崇祯皇帝的悲剧，更进一步说，是整个大明王朝的悲剧。“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣”（《明史·卷259·袁崇焕传》）。然而对于明朝来说，这还远不是悲剧的高潮。高潮一直要到1644年才会出人意料地来到。
袁崇焕被时人称为“袁长城”。袁崇焕死后，明朝只剩了最后一座人造的长城，山海关就是明朝最后的屏障。
【六 另一座长城】
明朝的长城非常著名。明长城是我国历史上修筑的最后一道长城，也是修建规模最大、历时最长、工程最坚固、设备最为完善的长城。它东起辽东的鸭绿江畔，西至甘肃的嘉峪关旁，横贯今辽宁、河北、天津、北京、内蒙、山西、陕西、宁夏、甘肃等九省、市、自治区，全长六千三百多公里。
有人计算过，若将明代修筑长城的砖石、上方，用来修筑一道五米高、一米厚的大墙，可绕地球一周有余。它翻越千山万水，穿过莽莽荒原，腾飞茫茫沙漠，奔向皑皑雪山，犹如一条巨龙舞动在中国北方辽阔的大地上。
明朝在灭掉元朝以后，原来的统治者蒙古贵族北走沙漠，但“引弓之士，不下百万众也”（谷应泰《明史纪事本末》卷十）。蒙古势力时刻想卷土重来，不断南下骚扰掠夺。同时在东北又有女真的兴起，为了防御蒙古、女真等游牧民族贵族的扰掠，明代十分重视北方的防务。为了防御北方边患，明朝历代政府不得不屡次修建长城。在明朝的二百多年中，几乎一直没有停止过对长城的修筑和巩固长城的防务。开始只对几百年前遗留的破烂不堪的长城进行补修，到后来进行大规模的修建。明朝长城工程之大，自秦皇、汉武之后，没有一个朝代能够与之相比，工程技术也有了很大的改进，结构更加坚固、防御的作用也更大了。我们可以这样说，万里长城这件从春秋战国时期开始修筑，经秦始皇连成一气的伟大工程，到明朝才完成的。我们今天所看到的气魄宏大的长城，正是明代的遗迹。（附图：明长城示意图）
纵观长城的历史，可以看出，大部是在一定的时期内，整体或某个方面比较弱的一方，才修筑长城。长城用于军事的目的，是修长城的一方，想凭借长城保持与敌方的抗衡。到了明朝后期，长城已经成了消极防御的军事工事。
但是，明王朝花费巨大人力、物力修建起来的万里长城，并没有达到预期的效果，这是由当时的社会状况、军事制度和战略思想决定的。单从军事的角度来说，在长逾万里的防御线上，攻击一方是先发制人，攻其不备，在时间、规模、突破口的选择上有主动权。而守军分散在万里长城线上，无论如何地强调常备不懈、居安思危，还是难以阻挡一些规模较大的突然袭击的。
崇祯八年至十一年（公元1635～1638年），清兵曾多次从蓟镇、宣府、大同三镇的董家口、独石口和得胜堡等处拆长城而入。
清军数次攻进长城，长驱于山西、河北、山东等地，几次威胁明朝京都，打了许多胜仗。终因山海关控扼其间，清内外声势不接，不得不掳掠后退出长城。
山海关号称“天下第一关”。东门巨匾上的“天下第一关”五个字是明代成化八年进士、当过福建按察司佥事的肖显所写，笔力雄浑有力，尺度巨大，独具风格。
山海关的建关历史，源流久长。在尧、舜及夏、商、周时都曾有职司掌管。秦朝时属辽西郡，汉高祖时属卢绾，汉献帝初归公孙瓒，三国时北魏曹操在这里设卢龙郡，晋朝时属营丘郡，南北朝至隋朝属北平郡，唐朝初年设临榆关，五代时仍为临榆关，宋朝时改名临闾，辽国占领以后属迁州，金国时称迁民镇，元朝时仍叫迁民镇，明朝设山海关。在明朝洪武十四年，即1381年，朱元璋派魏国公大将军徐达在这里设山海卫。徐达见这一带北依燕山山脉的崇山峻岭，南临波涛汹涌的渤海，山海之间只有十余华里的狭长地带，形势险要，是辽蓟的咽喉要道，便于1382年十二月筑起山海卫城，城关就叫山海关。清乾隆二年，曾设临榆县。
山海关一带，山势陡绝，形势险要，历来为兵家所争之战略要地。过去曾有人用“两京锁钥无双地，万里长城第一关”的诗句来描写关城的险要。历史上曾经有很多次战争在这里进行，至今还有许多战争遗迹可寻。据史书记载，隋文帝开皇十八年，有高丽一万多名军兵来侵犯辽西。隋文帝派汉王谅、王世积为行军元帅，带兵三十万出临榆关迎敌。隋炀帝大叶十年兴师征伐高丽经过这里。唐太宗在贞观十九年亲征高丽，成功班师回朝曾经过这里，在汉武台上刻石纪功。他在《春日观海诗》中写道：“翠岛屡出桑，碣石想秦皇”。明朝初年，徐达在这里设山海卫后，遂成为边防重镇，驻有重兵把守。
李自成由极盛转为极衰的关键一役也发生在山海关下。
公元1644年（崇祯十七年）四月十三日，李自成率领农民军十万与平西伯吴三桂激战于山海关石河两岸。四月二十一日，起义军以数千骑兵突破了西北防线，进逼山海关西罗城下。二十二日，山海关北翼城的一支明朝官兵投降了李自成，山海关城眼见马上即可攻下。吴三桂在关键时候投降了清军，出关迎接清军首领多尔衮入关。于是明军与清军两军合战，左右进攻，与李自成农民军大战于石河西岸的红瓦店一带，农民军大败，只好撤退。于是这个山海雄关的大门洞开，清军大批过关驰入中原。不久大顺朝即告灭亡，清朝代替了明朝的统治。这是后话。
满清入关建立政权以后，鉴于明亡国的教训，决定不再修筑长城。清朝的统治者清楚地看到，明代耗费了巨大的人力物力修筑长城，却未能挽救被农民起义推翻的命运，于是决意改变统治策略，要建起一座“修德安民”的无形长城。
康熙皇帝在《古北口》一诗中说：“断山逾古北，石壁开竣远。形胜固难凭，在德不在险。”乾隆皇帝在《望长城作》一诗中说：“千秋形胜因循览，万古兴亡取次觇。自是天心无定向，从来违顺卜黧黔。”清朝的一些大臣也说：“毕竟成城需众志，皇图巩固在于斯。”
这说明清朝统治者认为，要巩固政权不能仅凭“形胜”，依靠长城来进行统治，而要重视德化及人心向背。这从康熙帝批阅的一份奏折上看得就更为清楚。古北口总兵官蔡元向朝廷上奏，意思是说他管辖的那一段长城“倾塌甚多，请行修筑”。康熙帝批曰：“秦筑长城以来，汉、唐、宋亦常修理，具时岂无边患？明末我太祖统大兵长驱直入，诸路瓦解，皆莫能当，可见守国之道，惟在修德安民。民心悦则邦本得，而边境自固，所谓‘众志成城’者是也。如古北、喜峰口一带，朕皆巡阅，概多损坏，今欲修之，兴工劳役，岂能无害百姓？且长城延袤数千里，养兵几何方能分守？”
于是，清朝统治者决意用怀柔政策，即用宗教和思想统治的办法，代替对长城的修筑。历史上“明修长城，清修庙”，就是讲的这一史实。首先，清朝政府在北京城修建了雍和宫，乾隆皇帝还亲自前去受戒。再者又在热河建立了行宫，即承德避暑山庄。在山庄之外，仿新疆伊犁河畔的伊犁庙，修了安远庙；仿西藏的三摩耶庙，修了普宁寺；仿拉萨的布达拉宫，修建普陀宗乘之庙；仿日喀则的扎什伦布寺，修了须弥福寿之庙，共修了八大庙宇，为蒙古、藏族等少数民族的上层人物准备了宗教活动和休息的场所。对于北方边疆的各少数民族首领来说，他们不必长途进京也有与清廷彼此交流的机会与场所。清政府以此达到巩固统治、安定边疆的目的。
避暑山庄，名义是休息避暑之地，意义却又远远不止于此，它把复杂的政治目的和军事意义转化为一片幽静闲适的园林，和一座座香火缭绕的寺庙。
我们可以说，这就是清统治者的“长城”，它比蜿蜒万里的秦汉、明代长城要高明许多倍。历史事实证明，清朝政府这一套政治统治手法，确实是行之有效的。
【七 死亡的遗留问题】
袁崇焕虽然杀了毛文龙，但担心毛氏旧部有变，为了笼络那些人，特地给毛的旧部增发军饷，向朝庭上书说：“东江一镇，牵制所必资。今定两协，马军十营，步军五，岁饷银四十二万，米十三万六千。”崇祯看了不能不怀疑，为什么兵员比以前减少了，军饷反倒增加了？但看在是袁崇焕奏请的份上，依然如数拨发。
崇祯一味迁就袁崇焕，不仅仅是袁崇焕当时握有重兵——当时袁崇焕麾下合辽、登莱、天津，及东江四镇兵十五万三千，马八万一千，岁费度支四百八十余万——更重要的是，他念念不忘的是袁崇焕“五年平辽”的誓言。对于还不到二十岁的年轻的崇祯来说，这誓言确实相当诱人。他愿意赌上一把。
可惜的是，袁崇焕增发军饷的这一招并没有效果，皮岛旧部“弁失主帅，心渐携，益不可用，其后致有叛去者”（《明史·卷259·袁崇焕传》）。可见毛文龙虽然嚣张跋扈，但却甚得军心，袁崇焕用人不知用人所长，可谓十分的失策了。
毛文龙之死并不单纯，很快就得到了验证。袁崇焕杀毛文龙后，毛文龙的两名义子孔有德和耿仲明立即领兵反叛，但也没有直接与明军交锋，只是沦为了海盗，不再奉袁崇焕和明朝号令。明朝自然不能容忍叛徒，攘外必须先安内，派大军攻打，孔耿二人不得已，只得航海去投降皇太极。这是明朝的又一失策。
皇太极听说孔有德、耿仲明渡海来降，亲自出迎，隆礼厚待，授都元帅、总兵官。孔、耿二人感激涕零，随即引清兵攻陷广鹿岛（又称光禄岛），守将尚可喜也投降。这几个人都得到了皇太极极大的信任，他们依旧各自率领着自己的兵马，尚可喜的士兵还被皇太极称为“天助兵”。皇太极“用人不疑”极大地招揽了明朝降将的心。
假如毛文龙不死，孔有德、耿仲明和尚可喜都是防边良将，这几个人的军事才华都在后来南下平定中原的战斗中得到了充分的验证。归根到底的责任，依旧在袁崇焕身上。
孔有德、耿仲明、尚可喜这三个人，加上后来投降的吴三桂，为满清平定中原立下了汗马功劳，他们所率领的军队成为八旗以外的最重要的武力。所以满清得天下后，封吴三桂为平西王，驻防云南、贵州；孔有德为定南王，镇守广西；尚可喜为平南王，驻防广东；耿仲明为靖南王，驻防福建，耿仲明死后，其孙耿精忠继立。
这四王中只有孔有德早死。顺治九年，李定国（张献忠义子，后联合南明永历政权抗清）攻破桂林。孔有德怅然失色，悲叹道：“完蛋了！”于是在王府内自杀，死前命随从将其所居后殿以及掠得的珍宝付之一炬。
巧合的是，孔有德自杀的王府是明朝靖江王府，靖江王朱亨歅父子于顺治六年被孔有德所杀。孔有德的妻子白氏自缢前将儿子孔庭训托付给侍卫白云龙，嘱咐道：“苟得免，度为沙弥。勿效乃父作贼一生，下场有今日耳。”白氏大概也不认同丈夫叛明投清的立场和气节，所以才用了“贼”字。可惜的是，孔庭训没有机会去当和尚，出城后就被李定国的部下查获，几年后由李定国下令处斩。只有孔有德的女儿孔四贞乘乱逃出，后来被满清封为和硕格格，嫁给了她父亲的旧部孙延龄，依旧驻守桂林。后来孙延龄跟随吴三桂叛乱，在孔四贞的劝说下，又打算重新投降清廷，却被吴三桂先发制人，派孙子吴世琮将孙延龄诓出桂林杀死。
『注：有一些野史记录说，顺治皇帝先是爱上了干妹妹孔四贞，后来遇到了弟弟博穆博果尔的福晋董鄂妃后，才移情别恋。因此有人说满清出多情种子，皇太极伤痛宸妃海兰珠之死，心脏病突发而死；多尔衮爱恋嫂子庄妃大玉儿，竟然始终不肯夺取庄妃儿子的皇位；而顺治为了董鄂妃“爱美人不爱江山”的爱情故事早就被荧屏演绎得凄婉缠绵，名气之大，流传之广，不亚于吴三桂的“冲冠一怒为红颜”。』
孔有德死后，剩下的三王就是后来著名的“三藩”。
孔有德、耿仲明、尚可喜等先后航海投降为满清带来许多兵马和船只，并且带来了西洋葡萄牙大炮。这种大炮是当时明朝最新式的武器。清军有了这种大炮以后，其攻坚和野战的能力大为提高了。这种大炮后来在满清跟李自成的作战中，起到了极为关键的作用。
要塞皮岛后来由明将沈世魁驻守，他跟尚可喜是死对头。在这样的情况下，沈世魁投降满清的可能性不太大。
皇太极征服朝鲜后，派清军（包括尚可喜部）对皮岛发动了猛攻。沈世魁果然力战而死。他的侄子沈志祥率皮岛四千军民逃至明朝另一海上要塞石城。因为沈世魁已死，沈志祥在军民的拥护下，自发地继承了叔叔的军队和总兵头衔。
本来正当用人之际，崇祯皇帝大可不必计较，小小的一个总兵头衔而已。但崇祯却对沈志祥的自作主张极为不满，这使他想起了当年袁崇焕擅杀毛文龙事件，于是下诏切责。沈志祥因此与明朝庭发生了争吵，一怒之下，率众降清了。此后，沈志祥成了清军一员猛将，曾在山海关攻打李自成，又助孔有德攻占湖南，以战功受封公爵。事见《贰臣传》第七卷。
而袁崇焕被杀后，朝庭中从前支持他的大臣也跟着倒霉。首辅韩爌因为与袁崇焕关系密切，被迫辞职，他是袁崇焕考进士时的主考官。其他的还有刑部尚书乔允升和左都御史曹于汴。一直支持袁崇焕的大学士钱龙锡也被处死。
袁崇焕于崇祯三年（1630年）八月被杀，十月初，崇祯开始重新派太监前往北部边境监军。1627年崇祯皇帝即位时本已取消这种做法。皇帝改变了主意，充分表明他对文武官员愈来愈不信任。而朝廷里经常不断地勾心斗角，崇祯跟他的祖先们一样，感到太监更有用，因为他们直接对他负责。
袁崇焕被下狱前，从各地赶来北京勤王的军队很多。袁崇焕下狱的事情对各路兵马军心打击很大，将领们生怕自己也像袁崇焕这样遭了毒手。再加上欠饷和指挥混乱，山西和陕西的两路援军竟然都溃散回乡。许多兵士因此而加入了李自成的队伍，成为“流寇”的骨干。
袁崇焕无罪被杀，对明朝整个军队士气打击非常沉重。从那时开始，明朝才有整个部队向满清投降的事。袁崇焕既忠且能，尚且是这样下场，何况其他人。
【八 祖大寿的投降】
祖大寿，字复宇，辽东人，是明末清初的著名的沙场老将，他当时的名气之大，可以说是闻者无不如雷贯耳。祖大寿最早是熊廷弼的部将，后来孙承宗主事，任祖大寿为佐参将。
袁崇焕威震辽东之时，祖大寿任前锋总兵，挂征辽前锋将军印，驻扎在锦州。他在宁远保卫战、宁锦大捷、北京保卫战中都立下了汗马功劳。皇太极对这位猛将仰慕已久，极尽笼络之能事。他曾经试探性地给祖大寿写信，说是想派使者吊明熹宗之丧，并祝贺新皇帝崇祯登基。但祖大寿坚决拒绝了皇太极，可谓是明朝最坚决的主战派。
辽东将士中，祖大寿是唯一亲见自己主帅袁崇焕在殿前被捕下狱，一怒之下领兵反叛，“毁山海关出，远近大震”（《清史·卷234·祖大寿传》）。可是袁崇焕在狱中的一纸书信又把他招了回来。祖大寿的母亲和孙承宗都劝他奋勇杀敌以赎出袁督师。在辽东将领中，他是营救袁崇焕最力一员，曾请求削职为民，以自己的官阶赠荫换取袁督师性命。但袁崇焕最终还是被这些英勇的将领所奋勇保卫的人千刀万剐了。
皇太极非常欣赏祖大寿的勇猛与为人，为了将他召至麾下，用了很多心思。他先派人搜捕居住在永平三十里村的祖大寿的族人，抓到了祖大寿的两个儿子、一个侄子以及其他亲属。这些祖大寿的亲戚都被带回盛京，软禁起来，但待遇相当优厚。皇太极先后几次写信给祖大寿，还让祖大寿的儿子写信劝降。祖大寿毫不理睬，继续率领袁崇焕旧部，驻守宁远、锦州、大凌河等要塞，抵御清兵的入侵。这支部队当时是明朝最精锐的部队。
崇祯四年，祖大寿奉孙承宗之命修大凌河城。同年八月，城才修了一半，皇太极以倾国之师，迅雷不及掩耳地将大凌河城团团包围住。