何桂清由于在江苏学政任内，喜欢谈兵，屡次上奏，论列军务，为文宗所欣赏，因此，在咸丰四年四月，调补仓场侍郎，到秋天灌米海运毕事，继黄宗汉而为浙江巡抚。此中当然有“巧妙”，大致内有他的同年军机大臣彭蕴章的援引，外有也是他的同年的黄宗汉的支持，但穿针引线王有龄功不可没，当然也有朱大器的谋划在内。
何桂清抚浙，王有龄自然更得意，咸丰五年调补首府杭州府知府，不久又兼署督粮道。同一年，赏戴花翎，并奉旨交军机处记名，遇有道员缺出，请旨简放，这称为“内记名”，越过吏部这一关，是补缺最优先的“班次”。
咸丰六年，王有龄又奉委兼署盐运使，护理按察使，集粮政、盐务、司法于一身，为浙江第一能员，也是浙江第一红员。因此遭人之忌，有个通判叫徐徵，告了一状，告何桂清奖荐不公，奉旨明白回奏。何桂清“年少气盛”，覆奏的语气，不免亢激，因而下诏责，何桂清便只好称病辞官，已经打点行李回乡了，而忽有意外的转变，奉旨以二品顶戴署理两江总督。
据说转变的经过是如此，两江总督怡良，因病免职，文宗召见军机，商量继任人选，他说：“两江总督一缺，以筹饷为命。派谁去好？”
“以何桂清为宜。”彭蕴章毫不迟疑地答奏：“何桂清在浙抚任内，筹给防守徽州兵勇数万人的饷，应付裕如。”
徽州原属两江该管，与浙江无干，但地势上却是密切相连的，因此徽州的防务划归浙江。这是加重了浙江的负担，而何桂清毅然挑起这副担子——文宗最恨封疆大吏，自划界限，不但各人自扫门前雪，如秦人之视越，甚至将雪扫到他人门前，推出了事，所以此时想到何桂清的好处，也是毫不犹疑地接纳了彭蕴章的建议。
这一来，王有龄的行踪也改变了。当何桂清辞官之前，先替王有龄作了安排，利用“内记名”的方便，外放为云南粮储道——何桂清回云南，王有龄改官云南，依然可以朝夕过从。
这虽是出于感情深厚的安排，却到底是不得已之举，既然何桂清有此意外的恩典，王有龄当然要留在江南做官。于是拜托新任浙江巡抚曾国藩的同年晏瑞书出面上摺说，浙江办理防剿，与安徽接壤的宁国府正在吃紧之际，请求派王有龄帮办浙江军务，等到各路军情稍松，再行驰赴新任。这有个名堂，叫做“奏留”，凡遇到军务、河工等等有关国计民生的大事件，都可以“奏留”得力人员，通常也都可以邀准的。
王有龄留在浙江，是为了改官两江的第一步，第二步是在宁国府克复后，由何桂清与江苏巡抚赵德辙会衔出奏，说王有龄在浙江筹饷如何精敏，现在江苏的税捐，非他来清查整顿不可。这也有个名堂，叫做“奏调”，向例封疆大吏除了翰林以外，外官道员以下，京官司员以下，都可以奏调。而且文宗派何桂清继任江督，本就是为了筹饷，所以奏调王有龄的摺子，自是“准如所请”。
王有龄到了两江，先在上海整顿海关，关务把持在书办手里，黑幕重重，经过王有龄的清查整顿，公库增收了两百多万银子。由于这一劳绩，何桂清保他升官江苏按察使，不久又署理布政使，就是藩司，掌管一省的财政与人事。
江苏的地方官最多，两江总督驻江宁，江苏巡抚驻苏州，藩司亦有两员，称为江宁布政使与江苏布政使，前者管江宁、淮安、扬州、徐州四府，及通州、海州两直隶州，后者管东南膏腴之地的苏、松、常、镇、太五府州。照系统上说，江苏藩司的直属长官是江苏巡抚，两江总督隔了一层，是管不到的，而此时的情形不同。
其时因为江宁失守，两江总督驻常州，常州既为江苏藩司所管，所以王有龄便事事请命于何桂清，赵德辙根本不在他眼中，每次“上院”，仰面朝天，滔滔不绝地讲他办了些什么事，办得对不对，巡抚是不是同意？他都不问。赵德辙受不了这股气，又拿他没奈何，只好告病辞官。
接赵德辙遗缺的是徐有壬，由湖南藩司升任，未到江苏以前，就听说王有龄跋扈专横，决心要杀杀他的威风。
第一天到任，会过学政，便是接见藩司，王有龄习性不改，上院带两个极漂亮的小跟班，每人手里一支云白铜的水烟袋，站在他左右，轮流替他装烟。
“慢慢！”徐有壬挥手阻止小跟班送烟，“老兄官做到藩司，还不晓得官场的通例吗？”
王有龄愕然，只好请问：“请大人指点。”
“向例：藩司谒见巡抚，只许吸旱烟，不许吸水烟。老兄虽然才略无双，不过做此官，行此礼，定例不可违背。”接着用很威严的声音对那两个小跟班说；“你们下去！”
王有龄的气焰一挫，对徐有壬的礼貌不同了，但办到公事，因为有何桂清撑腰，擅专如故。
其时金陵被围，已经一年有余，存粮将绝，人心惶惶，而太平天国内部，大闹夺权的内讧，杨秀清与韦昌辉的冲突以后，石达开独树一帜，远走西南，太平天国只能托命于两个人，一个是陈玉成，一个是被公认为太平天国第一人物的李秀成。
为了号召“勤王”，洪秀全接受李秀成的建议，封陈玉成为“英王”，赐“八方金印，便宜行事”。但陈玉成作战慓悍绝伦，而威信不孚，所以太平天国各路将帅，不遵他的调遣。
同时，由于清军利用降将，想通款曲于李秀成，因而反促成李秀成的被重用，洪秀全“进封秀成忠王、都督中外诸军，录尚书事，赐尚方剑，八方金印，便宜行事，自主将以下，先斩后奏”。时为咸丰八年十二月，正是徐有壬刚到任的时候。
咸丰九年二月，李秀成大会诸将于安徽枞阳，此会有一极重要的战略宣布，李秀成说：“官军精锐，聚集金陵，而饷源在苏州与杭州。如今金陵城外的长壕，已经构筑完成，‘江南大营’的张国梁又是有名的勇将，所以要解金陵之围，不论内外如何硬攻，都难得手。我现在决定，以轻兵间道，奇袭杭州，杭州告急，苏州亦必震动，官军怕我们绝他的饷源、粮道，一定分兵相救，然后我们诸路合围，直捣江南大营，大营一破，不但金陵围解，苏杭亦皆为我所有。”
战略虽已决定，却一时难以实现，因为金陵外围，官军云集，每一路都逼得很紧，使得李秀成无法脱身。
一直到了咸丰十年李秀成方能出金陵，三天以后，张国梁率领水陆诸军，攻克浦口九洑洲，约期攻上关、下关，以为金陵指日可破。而何桂清则以九洑洲之战，筹饷有功，加官衔“太子少保”，与胡林翼齐名，并称长江上下游、胡何两宫保——此为何桂清一生事业顶点，过此就走了下坡，而且一落千丈，垮得极快。
当官军将帅士兵，无不得意洋洋，踌躇满志的当儿，李秀成亲领精骑一千余人，由皖南鸠江越清弋江，出宁国后路，解围以后，疾趋广德，扑入浙江泗安——泗安守兵十五营大溃，总兵李定泰逃之夭夭。于是李秀成分兵两路，一路由他族中弟兄李世贤率领，攻击湖州；一路由他亲自指挥，自安吉、武康进犯杭州。
这一支奇兵，震动了两江，也震动了朝廷。朝旨命接替向荣的钦差大臣，也就是负江南大营全责的和春，兼督浙江军务，分兵赴援。
江南大营的战将分两个系统，向荣的旧部，多为他的同乡四川人；同样地，张国梁的部下，多为他的同乡广东人。当时大家希望张国梁能亲自出马，赴援浙江，但围攻金陵，正当功在垂成之际，不仅阵前易将，为兵家大忌，而张国梁亦不愿将可到手的功劳，拱手让人，因而只有派蜀将援浙，此人叫张玉良，重庆人，其时的官职是肃州镇总兵，受命统率援浙诸军。
由张玉良担任浙江方面的主将，是何桂清与和春会商后所作的决定，同时何桂清又在奏报援浙经过，顺手放了浙江巡抚罗遵殿一枝冷箭，说他“主守不主战，守近不守远”。所谓“守近不守远”，是指罗遵殿将守湖州一路的重兵，移防省城，湖州亏得有赵景贤的团练，不然危乎殆哉！当然“守近不守远”确是措置乖方的事实，但何桂清放那枝冷箭，却是别有用心，目的在为王有龄开路。
张玉良援浙，路过苏州，王有龄留他住了两天，为他讲解杭州附近的形势，而就在这“面授机宜”之际，李秀成的军队，已经直薄杭州，罗遵殿和驻防将军瑞昌、副都统来存，昼夜防守，相持了１０天，李秀成在清波门掘了一条地道，用火药轰开二十余丈，蜂涌而进。瑞昌退保子城——或称满城，在湖边上，是驻防旗人的营区，苦苦守了６天，张玉良的八千援军到了。
李秀成的目的，就是要引诱江南大营分兵援浙，好减轻金陵被围的压力，一看张玉良的兵到，立即展开撤退的计划，先设疑兵，在城上遍插簇新的旗帜，表示他亦有援军新到。张玉良见此情形，未免胆怯，将八千援军，安顿在距杭州４０里的塘楼，同时派人混入杭州，与瑞昌取得联络，预备内外夹击。
可惜，他们的行动慢了一步，李秀成使了一条奇计，找了许多瞎子来当更夫，一面偃旗息鼓，全师而退，走天目山，经孝丰，一日一夜行军３００里，回到广德。
瞎子茫然，五更三点，照打不误。李秀成走了３天，瑞昌才发现杭州是座空城，于是张玉良率亲兵６００人，直捣空城，一路往广德追了去，李秀成早已算到，将从杭州藩库、盐库、关库中得来的数十万两银子，沿路散布，张玉良的兵捡银子要紧，顾不得追敌，李秀成得以安然脱身。
杭州城破之日，罗遵殿仰药殉节，等到“克复”，则是瑞昌和张玉良的“奇功”，御赐黄马褂，封骑都尉的世职，张玉良还升了官，擢为广西提督。此外何桂清又上奏，说张玉良援浙、受王有龄的密计，所以收功如是之速。于是王有龄顺理成章地升任了浙江巡抚，而罗遵殿则有人弹劾他不能御贼，以致追夺恤典。
这时的李秀成，已聚集５０万人，会议解金陵之围，当时的部署是如此：杨辅清进溧水、雨花台；李世贤进溧阳、攻句容；刘官芳进秣陵关、逼七甕桥；黄文金进高桥门。
首先收功的李世贤，攻占句容，疾趋淳化，张国梁大败，退入大营。其时何桂清与和春已发觉中计，飞调张玉良回师，却已来不及了。
当时对洪杨的征剿，责任区分，大致如此：金陵城外由钦差大臣主持、成立江南大营；后路苏、常一带，则由两江总督与江苏巡抚防守。在军事指挥系统上，有时不免紊乱，江南大营之毁于一旦及苏、常之失手，此为主因。
江南大营由向荣所创立，他是四川大宁人，寄籍甘肃，由行伍出身，为道光朝名将杨遇春所识拔，当洪杨起事，他正当湖南提督，在宿将中名望最高，所以文宗特地调他为广西提督，与满洲名将乌兰泰，为钦差大臣赛尚阿的左右手，以后赛尚阿失机获罪，洪杨大举东下，向荣受命钦差大臣，沿江穷追直到金陵，屯兵孝陵卫，继而进屯紫金山，所率一万七千余人，结营十八座，这就是江南大营的创始。
向荣手下的第一大将就是张国梁。他是广东高要人，本名嘉祥，号殿臣，“大天二”出身，但不妄杀，是“盗亦有道”之流。以后为广东臬司劳崇光所招降，改名国梁，剿匪得力，积功升到守备，咸丰元年，改隶向荣部下，一路打到南京，勇猛绝伦，深为向荣所赏识。
咸丰六年七月，向荣病殁军中，由和春继任钦差大臣，督办江南军务，以张国梁帮办军务，升官湖南提督，所以称为“副帅”。文宗颇有知人之明，曾有好几次优诏，奖许张国梁忠勇，有一次，张国梁因作战炮伤中指，文宗特颁御用伤药，并且亲笔硃谕：“勇猛中宜加慎重”。尚方珍玩，不断赏赐以外，又命图形进览，所以张国梁感恩图报，奋不顾身。当向荣病殁后，金坛被围，而和春还未接任，就由于张国梁的招集流亡，激以忠义，解金坛之围，进克句容，使得江南大营的声势，复又大振。
可惜，文宗虽能赏识张国梁，而其时用兵命将，还不脱成见，以为膺专阃之寄者，非旗人不可，所以用了和春，如果当时以张国梁接替向荣，则局面又自不同。和春比赛尚阿、琦善虽要高明些，却仍不脱旗人蔑视汉人的积习，以及好逸恶劳，喜欢奉承等等“旗下大爷”的习气，因而江南大营的士气，大不如前。
士气之坏，坏在和春所用的一个翼长王浚，翼长有二，顾名思义，可知如鸟之双翼，为钦差大臣的左右手。王浚以受和春的宠信，把持军政，克扣粮饷，因而部下无不怀恨，除了张国梁直属的部队以外，其他各军，纪律废驰，普遍传播着这样一个说法：敌人如果来攻，我们坚守不出，看大帅跟翼长如何退敌？
军心如此，偏偏又有一道打击士气的命令发布：４５天发一个月饷。也就是说：一个半月当一个月。本来江南大营的饷，由两江总督专责筹措，每个月约须５０万两银子，由江苏的苏州、松江、常州、太仓以及浙江的杭州、嘉兴、湖州、宁波、绍兴等等地方筹措，按期供应，毫不缺乏。
这稳定的收支情况，渐有无法保持之势，因为在金陵城外筑长壕，添募兵夫，粮饷增加，又因为援各处，开拔要一笔“开费”，亦是很重的负担。支出如此，收入却以浙江防务吃紧，自顾不暇，“协饷”不能如数解足，“粮台”每月亏短二三十万两银子，所以何桂清与王有龄仔细商量，不得已采取减饷的办法。
其时顿兵日久，纪律松驰，营盘里游娼出入，酒色皆备，照数发饷，尚感不足，何况减饷？而和春又听信了王浚的话，以“不破城、不发饷”为激励之计，这一下越发动摇军心。张国梁一看情势不稳，有哗变之虞，痛哭流涕地要求和春发饷，而和春一口拒绝，说是后路粮台的饷银未到。其实，王浚手里存着３０万的公款。
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李秀成在广德建平所定的作战计划是：分五路回救“天京”，他自己担当左翼，在李世贤于闰三月初三，攻占句容时，他亦从句容以南的赤山湖，赶来会师。其时张玉良一军，已从浙江沿太湖西岸赶来，经过常州，为何桂清留住助守，因此，江南大营仍旧是空虚的。
在静止了４天以后，大战在闰三月初七爆发，李秀成、李世贤兄弟，合力往西进攻，大败张国梁于马鞍山，同时陈玉成，从全椒撤围，自东西梁山间渡过长江，经当涂往东，与二李会师。至此西楚霸王起兵自刎之地的乌江，东至道教胜地的茅山，都在太平军掌握之中，对江南大营，形成了反包围，但是何桂清在常州则有重兵两万余人，为太平军所隔断，无法为江南大营所用，同时，何桂清亦不愿意为江南大营所用。
在常州的两万余人是这样集中的，当金坛被围时，和春先后调守防扬州的总兵马德昭，及援浙的参将罗希贤，各领三千人赴援，走到中途，何桂清下令马、罗两人，改援常州，而以由浙江赶回来的副将周天孚，以及战斗力不甚坚强的新募潮州兵数千，换到金坛。其次是张玉良的全军，亦不下万人，为何桂清所留住，加上宜兴、广德及王有龄特从苏州调来的精兵一千人，将常州保护得十分周密。在江南大营后路未断时，和春想调张玉良，不许，想调马德昭，又不许。在这时，何桂清已经打定了主意，弃和春、张国梁于不顾，在常州拥众自卫，打算着和、张兵败以后，另起局面。其时常州附近，并无太平军的踪迹，因而他又飞章报捷，奏陈常州、镇江一带的军情，分常州、宜兴、镇江、丹阳、金坛五路部署，各路都请归张玉良节制，自愿力保苏、常辞气甚壮。
其实，这是色厉内荏。何桂清先以书生论兵，其后则全靠王有龄替他策划、替他担当。王有龄一到浙江，何桂清顿时六神无主，因此王有龄不得不每天给他写一封信，规划一切，由专差逐日递到常州，若有一天信不到，何桂清便忽忽如有所失。
王有龄真不负何桂清，看出他好大言而无用，是个经不起考验的人，在此一生祸福，千秋功罪所系的紧要关头，万万错不得一步，所以一再以极严重的语气，警告何桂清，千万离不得常州一步。他的信中有这样几句话：艰难之秋，万目睽睽，瞻大帅为进退，一摇足则众心瓦解，事不可为矣！
何桂清起先亦未尝不想坚守，但兵败如山倒，觉悟到拥兵自卫，不援前线则等于自撤屏藩时，悔之已晚。
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当闰三月初七，太平军发动总攻击时，五路十道，同时出兵，士气极旺，相反地，江南大营则流言四起，士无斗志，“开小差”的不计其数，所以太平军所踩的大部分是空营盘，当然，张国梁一军，不致如此。
其时天气极坏，雷电交作。凡是大会战，天时的影响极大，汉光武的昆阳之战，是个最明显的例子，特别是双方士气旺弱不同，坏天气对已坏的士气，必是更坏的打击。所以此际在江南大营中，便分成截然不同的两支部队，和春那部分，逃的逃，躲的躲，不逃不躲的则天天到王浚的营帐去索饷，而张国梁的部下，则受了“副帅”的激励，忍饥受寒，坚守不退，搏战七昼夜之久，到了闰三月十六日，战况发生了剧变。
这一夜各营起火，情况不明，王浚部下首先逃散，接着是和春的部下各自为计，这一下牵动大局，和春、王浚所部，全军皆溃。最倒楣的是何桂清的同年，原任江苏巡抚许乃钊，本不知兵，而强赋以领兵之任，先以失机被革职，却又不放他回杭州原籍，赏给光禄寺卿的头衔，仍留江南大营帮办军务。和春与何桂清不和，与张国梁相左，都靠他从中调停，费尽口舌而不讨好，此时失陷军中，吃尽千辛万苦，才得回到镇江，狼狈不堪。
这一退，沿途抛弃的粮饷军械、锅碗帐篷，以及其他军需，不计其数。张国梁的部队，此时尚屹然未动，但一听大军溃散，自然动摇；张国梁顿足痛惜：“八年心血，毁于一旦！”
愤激伤痛之下，跟曾国藩靖港兵败一样，打算自裁，为部将苦劝而止。
于是，他第二天亲自殿后，撤退部属，太平军所惧的官军将领，没有几个，多隆阿、鲍超以外，张国梁的威名最著，所以还不敢相逼，容他安然退到镇江。
这时何桂清晓得糟糕了，和春是钦差大臣，论军事指挥权，在两江总督以上，九度行檄，乞取援军而何桂清置之不理，该负战败的全责。和春先因身在前线，拿他无可如何，现在退到后方，自然要跟他算这笔帐。如果据实严劾，何桂清百口莫辩。非革职严办不可。因而连夜致书慰劳，同时请和春移守丹阳。
和春自然万分愤怒，但一则自己也有听信王浚，扣饷不发，以致士兵哗变的罪过，再则此时卸甲丢盔，狼狈不堪，诸事要靠何桂清照应，所以只得暂且隐忍。
于是何桂清又上奏，划分防守责任，丹阳以上的军务，归和春、张国梁主持，常州军务，由他与张玉良负责，一等布置稍定，进据溧阳，其实是空话。张玉良的部队，由常州西南到西北，结营２０座，围成一个弧形，都只是为了保护他个人的安全。
收拾残局是靠张国梁，招集溃勇得一万三千余人，自守丹阳，另外他的部将冯子材未败，以一万二千人扼守丹阳之西，正当第一线的镇江。安顿尚未完成，何桂清已来公事催了，他自己的部队，按兵不动，却催和春、张国梁，进援金坛。
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其时太平天国，正在大开庆功宴，接着由李秀成主持会议，商定战略，先取苏杭上海，再购置轮船二十艘，水陆并进，西取湖北。这是闰三月二十一的事；四天以后，开始行动，由李秀成统率全军，方略如此：
一、侍王李世贤、辅王杨辅清等，随同李秀成，攻取苏州。
二、皖南调来的部队回防。
三、英王陈玉成再攻扬州，目的牵制江北清军，不能南援苏常。
四、别遣一队赴皖北，支援捻军张洛行。
太平军“东征”的先锋，是陈玉成的部将刘玱琳，陈玉成因为要渡江攻扬州，所以亦在东征军中。刘玱琳受计，不攻正面镇江，由句容往西南，先取珥村，珥村在金坛之北、丹阳之南，相距各４０里，是镇江与常州往来间道的中心，亦为北面丹阳、南面金坛、东面常州这个三角形的中心，夺取其地，可以进而截断常州与丹阳的通路，果然，何桂清闻警，派马德昭往西北方面的奔牛镇迎敌，而太平军则化装成清军，直趋西北的吕城——东吴大将吕蒙所筑的城，东距奔牛镇１８里，隔绝了常州通丹阳的大道，至此，水陆两途都为太平军所冲断，丹阳孤立无援了。
就在这时候，前军有一批饷银解到，王浚依然如故，每名士兵仅发银２两，而且名之为“借给”，因而包括张国梁所部在内的全军大哗，各营普遍表示：“如果不发饷银，不换翼长王浚，决不接仗。”而和春执迷不悟，无所处置。
到了第二天，两军接战，刘玱琳的部队首先开火，不断一排枪、一排枪地放，清军真个“不接仗”，相持了一个多时辰，和春部下熊天喜的马步，在丹阳苏西南的白土镇溃败，熊天喜本人自杀。