在这时候，袁崇焕与大将满桂之间，发生了激烈冲突，冲突的原因在于另一个大将赵率教。
满桂和赵率教都是第一流的将领，但性格很不同①。满桂是蒙古人，非常的戆直，简直有些傻里傻气。赵率教却十分的机灵精乖，相信他一定很会讨好上司，所以每一个辽东统帅自袁应泰、王在晋、孙承宗、高第、以至袁崇焕，个个都很喜欢他（在《碧血剑》小说里，当袁承志周岁时送金项圈的就是他）。
满桂和他本来是非常要好的朋友。当清兵大举来攻宁远时，赵率教在前屯卫镇守，派了一名都司、四名守备带兵来援。当时大敌压境，赵率教自己不来和上司及好朋友共赴患难，所派的援兵又到得很迟，满桂大大不高兴，不许援兵进城，后来因袁崇焕的命令才放他们进来。等到宁远解围，赵率教想分功。满桂不许，又骂他为甚么自己不来救援，太没有义气。两人为此大吵。大概满桂的态度十分粗鲁，蒙古三字经骂之不已，说不定还想出拳打人，袁崇焕便袒护赵率教。
冲突转移到了袁、满二人之间，或许满桂对上司不够尊敬，于是袁崇焕要求将满桂调走②。
朝廷群臣都知道满桂打仗的本事，但将帅不和总是不对，便依从了。可是经略王之臣极力认为满桂决不可去。朝廷召还满桂的命令已颁下了，于是听了王之臣的主张，再命满桂镇守山海关。袁崇焕坚决不接受。朝廷无法，只得将满桂调回北京，保留左都督原官，派在国防机构办事。
这件事情显然是袁崇焕的蛮子脾气发作，冲动起来，作出了违反理智的决定。由于王之臣袒护满桂，袁崇焕又去和王之臣吵闹。朝廷怕王之臣与袁崇焕不断冲突，坏了大事，于是将指挥权划分为二：关内的部队由辽东经略王之臣指挥，关外部队则由辽东巡抚袁崇焕指挥。经略的官比巡抚大，但这时袁崇焕已不属辽东经略管了。
袁崇焕毕竟是个光明磊落的大丈夫，冷静下来之后，知道是自己的不对，于是上奏请再用满桂。朝廷当然批准，派满桂兼统关内外兵马，赐尚方剑。王之臣和袁崇焕是文官，等于现在的政委；满桂是武将，是部队司令。武将受文官指挥。
幸亏袁崇焕不坚持错误，否则二次宁远大战，就不能得到满桂这样的大将来主持城防。
在这时候，袁崇焕上了一道奏章，提出守辽的基本战略，这道奏章有很大的重要性。其中主张：一、用辽人守辽土；二、屯田，以辽土养军队；三、以守为主，等待机会再出击。他最担心的事，是立了功劳之后，敌人必定要使反间计，散播谣言，而本国必定有人妒忌毁谤③。
他深知明军的战斗力不如清军，野战不利，只有用己之长，所以提出了战术的基本原则：“兵不利野战，只有凭坚城、用大炮一策。”
所统带的部队无力打野战，作为主帅，自然深感棘手。但训练一支善打野战的劲旅，非一朝一夕之功，那是无可奈何的；而对于势所必至的朝臣忌功中伤，更是无可奈何，只有盼望皇帝和大臣们能加以照顾了。
袁崇焕也不是一味的蛮干，有时也有他机灵的一面。他对魏忠贤派去监视他的两名特务太监敷衍得很好。当年冬天，他带同赵率教以及两名特务太监刘应坤、纪用，兴办防御工事及屯田，渐渐又再收复了高第所放弃的土地。
他在奏章中将这两名太监的功劳吹嘘了一番，所以魏忠贤和刘应坤、纪用三人都得到了封赏。刘、纪二人似乎也不是坏太监，并没有对袁崇焕掣肘阻挠，后来宁锦大战，刘应坤在宁远上城督战，纪用在锦州上城督战，都勇敢得很。大概二人为袁崇焕的忠勇所感召，也变得忠勇起来。可见也不是所有的太监都是坏人，主要还在领导者如何领导。
①《明史·满桂传》：“桂椎鲁甚，然忠勇绝伦，不好声色，与士卒同甘苦。”《明史·赵率教传》：“率教为将廉勇，待士有恩，勤身奉公，劳而不懈，与满桂并称良将。二人既殁，益无能办东事者。”
②袁崇焕奏章中说满桂“意气骄矜，谩骂僚属，恐坏封疆大计，乞移之别镇，以关外事权归率教。”
③《明史·袁崇焕传》引述他的奏章：“陛下以关内外分责二臣。用辽人守辽土，且守且战，且筑且屯。屯种所入，可渐减海运。大要坚壁清野以为体，乘间击瑕以为用。战虽不足，守则有余。守既有余，战无不足。顾勇猛图敌，敌必仇，奋迅立功，众必忌。任劳则必召怨，蒙罪始可有功。怨不深则劳不著，罪不大则功不成。谤书盈箧，毁言日至，自古已然，惟圣明与廷臣始终之。”
七
努尔哈赤死后，第八子皇太极接位。
皇太极的智谋武略，实是中国历代帝皇中不可多见的人物，本身的才干见识，不在刘邦、刘秀、李世民、朱元璋之下。中国历史家大概因他是满清皇帝，由于种族偏见，向来没有给他以应得的极高评价。其实以他的知人善任、豁达大度、高瞻远瞩、明断果决，自唐太宗以后，中国历朝帝皇没有几个能及得上①。
努尔哈赤是罕有的军事天才，这个老将终于死了，继承人是一个同样厉害的人物。皇太极的军事天才虽不及父亲，政治才能却犹有过之。袁崇焕所受到的压力一点也没有减轻。皇太极接位之时，满洲正遭逢极大的困难。努尔哈赤新死，满洲内部人心动荡。努尔哈赤遗命是四大贝勒同时执政，行的是集体领导制，皇太极的权位很不巩固。在经济上，因为与明朝开战，人参、貂皮等特产失去了传统市场。满洲当时在生产上是奴隶制，掳掠了大批汉人来农耕，生产力相当低。但军队大加扩充，这时已达十五万人，军需补给发生很大问题，偏偏又遇上严重的天灾，辽东发生饥荒②。如向关内侵略，却又打不破袁崇焕这一关。
在这时候，皇太极定下了正确的战略：侵略朝鲜。
朝鲜物产丰富而兵力薄弱，正是理想的掠夺对象。在外交上，朝鲜采取的是“事大（对明）交邻（对日本、满清）”政策。明清交战时，朝鲜出兵助明，又供给明军皮岛总兵官毛文龙粮食，成为满清后方的一个牵制。皇太极进攻朝鲜，可以解决经济上、战略上的双重困难，同时在必定可以得到的军事胜利之中树立威望，巩固权位。
明朝方面的困难也相当不小。
训练一支既能守，又能战，再能进一步收复失地的精锐野战军，需要相当时间。
袁崇焕任宁前道佥事时，山海关外四城，纵深约二百里，广约四十里，屯兵六万余人，粮饷全靠关内支给。后来在孙承宗、袁崇焕主持下，恢复锦州、中屯、大凌河诸城，国防前线向北推展，屯田数千顷，兵士足食。高第代孙承宗为经略，尽弃锦州诸城，宁远没有了外卫，也没有了粮源。靠朝廷接济是很靠不住的，朝廷对于拖欠粮饷向来兴趣浓厚。袁崇焕做辽东巡抚，首要目标是修复锦州、大凌河等城堡的守备，然后屯田耕种。但筑城工程费时甚久，又不能受到敌人干扰，在和满清处于战争状态之时无法进行。
所以明清双方，都期望有一段休战的时期，以便进行自己的计划。明方是练兵、筑城、屯田，清方是进攻朝鲜，巩固统治。在这样的局势下，具备了议和的条件。
明方的议和是攻势的，最后目标是消灭满清，收复全部辽东失地。清方的议和主要是守势，目的在巩固已得的土地，要明方承认双方的现有疆界，双方和平共处，进行贸易。
因为明清双方的国力实在太过悬殊。明方那时的人口，官方的纪录是六千多万，实际上远不止此数，当时男丁要被政府征去义务劳动，不参加的要缴钱代替，所以百姓尽可能的瞒报人口。外国学者们的估计相互差距很大，最高的估计认为那时中国人口是一亿五千万人。我相信决不会少于一亿人③。女真人大概不到五十万人④。人口的对比是二百比一甚至三百比一。满清所占的土地，只是今日吉林、辽宁、黑龙江的一部份，与明方相比也是相差极远。明方火器犀利，葡萄牙大炮尤其非清兵所能抵挡。
清方的长处，主要只是“明朝本身的腐败”，以及清军战斗力强劲和统帅部高明的军事才能。只要袁崇焕镇守宁远，清方的长处就发挥不出了。持久的缠斗下去，满清势必难以支持。
袁崇焕宁远大捷，在军事上并无十分重要的意义，因为并没有摧毁清军的主力，甚至没有削弱清军的战斗力。然而在政治上，对士气与民心却有非常巨大的振奋作用，这使中国军民知道清军也不是不会打败仗的。经此一役之后，本来投降了满清的许多汉人官吏和士卒又逃回来了。宁远城头的大炮，轰碎了“女真满万不可敌”的神话⑤。
清方从来没有期望真能征服明朝。努尔哈赤和皇太极的祖宗，长期来做明朝所封的边疆小官。努尔哈赤幼时住在明朝大将李成梁家里，类似童仆奴隶。所以他们对于明朝有先天性的敬畏，自卑感很深。宁远之战，使他们下意识中隐伏着的自卑感又开始抬头。
明朝是自己覆灭的，并非给满清所打垮。
满清与明军交战，始终强调“七大恨”，满清认为明朝有七件大事欺侮女真人，逼得他们忍无可忍，才起兵反抗⑥。满清一直没有自居能与明朝处于平等地位。“七大恨”的基本思想，是抱怨明朝作为最高统治者，却在努尔哈赤与敌对部族发生争执时袒护对方，没有公平处理，那是下级对上级的申诉。例如第五大恨的“老女事件”，叶赫部的一个王公本来答应把他十四岁的妹妹送给努尔哈赤为妾，但二十年后，这个三十六岁的“老女”改嫁给蒙古王子，努尔哈赤认定是出于明朝的授意，身为上级而不秉公断事。
差不多在每个战役之后，清方总是建议谈和。因为他们对于目前的成就早就喜出望外，本来是做梦也想不到的，只求明方正式承认他们所占的土地，让他们能永久保有，就已心满意足了。但明朝从来置之不理，认为对方根本没有谈和的资格。明朝的态度是这样：“你们是朝廷的部属，只能服从命令，怎么能要求谈判和平？”这种死要面子的心理，使得明朝始终没有能争取到一段喘息的时间来整顿军备、巩固防御。
袁崇焕充分了解到争取暂时和平的必要。努尔哈赤的逝世正是一个好机会。这时刚好有一个五台山的喇嘛李喇嘛来到宁远。满洲人信佛教，尊崇喇嘛，袁崇焕就请李喇嘛作居间的使者，派了两名都司和随从等三十三人，于天启六年十月去沈阳吊祭努尔哈赤之丧，作初步的和平试探。但他知道朝廷绝不喜欢提“议和”两字，所以报告朝廷时，只说是派人去窥探虚实，以决定对之征讨呢，还是招安⑦。这种夸大的说法，目的自在满足皇帝和大臣的虚荣心。
明清双方统帅都熟知《三国演义》中的故事，袁崇焕这出“柴桑口卧龙吊丧”，皇太极如何会不省得？他将计就计，于十一月派了两名使者，与李喇嘛一起来到宁远，致书袁崇焕，表示了和平的意向。其中说：“你停息干戈，派李喇嘛来吊丧，并贺新君登位。你既以礼来，我也当以礼往，所以派官来道谢。至于和议一事，我父亲上次来宁远时，曾有文书给明朝朝廷，请你转呈，但迄今没有答复。你的君主如果答应前书，愿意和平，应当以诚信为先。”
书信中将金国（当时满清的正式国号是“金”，后来才改为“大清”。⑧）与中国平头并列。袁崇焕深刻了解朝廷自高自大，对于文书的体例十分看重，如将来信转呈，必定要碰大钉子，同时见到信中语气也不大客气，便告知使者说，此信格式不合，碍难入奏，将原信交给使者退回。皇太极改写了信封上的格式，袁崇焕认为仍然不对，又再退回。皇太极第三次改写，自处于较低地位，袁崇焕才收了信。但明朝仍是一贯的不答。
第二年正月（在金国是天聪元年），皇太极再遣前使，致书袁崇焕求和，信中说：“两国所以构兵，在于以前明朝派到辽东的官员认为中国皇帝是在天上，自高自大，欺压弱小部族，我们忍无可忍，才起兵反抗。”下面照例列举七大恨，然后提议讲和。讲和要送礼，要求最初缔结和约时中国送给金国金十万两，银百万两、缎百万匹、布千万匹。缔约后两国每年交换礼物，金国送礼：东珠十颗，貂皮千张、人参千斤。中国送礼：金一万两、银十万两、缎十万匹、布三十万匹。两国缔结和约后，就对天发誓，永远信守。
所提的要求是经济性的，可见当时满清深感财政困难，对布匹的需要尤其殷切。
大概袁崇焕要奏报朝廷，等候批复，所以隔了两个月金国使者才回去，随同明方使者，带去袁崇焕及李喇嘛的书信各一；猜想朝廷对金方的要求全部拒绝，所以袁崇焕无法作出任何让步，他的回信内容雄辩，文采焕发，说道：过去的纠纷，都是因双方边境小民口舌争竞而起，这些人都已受到了应得的惩罚，再要追究是非，也已无法到阴世地府去细查，只盼双方都忘记了吧。你十年苦战，既然为的只是这七件事，现在你的仇敌叶赫等等都早给你灭了。为了你们用兵，辽河两岸死者岂止十人？仳离改嫁的哪里只有老女一人？辽沈界内人民的性命都不能自保，还说甚么财物？你的仇怨早都雪了，早已志得意满。只不过这些极惨极痛之事，我们明朝难以忍受罢了。今后若要修好，那么请问：你如何退出已占去的城池地方？如何送还俘虏去的男女百姓？只有盼你仁明慈惠、敬天爱人而作出决定了。你所要求的财物，以中国物资的丰富，本来不会小气，只是过去没有成例，多取也不合天意，还是请你重行斟酌罢。和谈正在进行，你为甚么又对朝鲜用兵？我们文武官属不免怀疑你言不由衷了。希望你撤兵，以证明你的盛德。
李喇嘛的信中说：袁巡抚是活佛出世，对于是非道理，心下十分分明，这样的好人是不容易遇到的，愿汗与各王子一切都放开了吧，佛说：“苦海无边，回头是岸”。
皇太极回信给袁崇焕说：过去的怨仇，当然是算了，否则又何必议和修好？你们的土地人民归我之后，都已安定，这是天意，如果重行归还，那既违反天意，又对不起人民。金国所以要出兵朝鲜，完全是由于朝鲜不对，现在已讲和了。说到“言不由衷”，为甚么你一面说要修好，一面又派哨卒来我方侦察，收纳我方逃亡，部队逼近我边界，修筑城堡？其实是你才“言不由衷”，我国将帅对你也大有怀疑。至于所要求的“初和之礼”，金银等可以减半，缎布只要原来要求的半成。我方也以东珠、人参、狐皮、貂皮等物还赠，表示双方完全公平。既和之后，双方互赠仍如前议。如果同意，希望办得越快越好。
关于来往书信的格式，皇太极提议：“天”字最高，明朝皇帝低“天”一字，金国汗低明朝皇帝一字，明朝诸臣低金国汗一字。
他答复李喇嘛的信中，抱怨明朝皇帝对他的书信从来不加理睬；又说：你劝我“苦海无边，回头是岸”，这话很对，但为甚么只劝我而不去劝明朝皇帝？如果双方都回头修好，岂不甚善？
后来皇太极又致书袁崇焕，抗议他修筑塔山、大凌河、锦州等城的防御工事，认为是缺乏和平诚意，并提议划定疆界。
平心而论，明朝朝廷瞧不起金国，于对方来信一概不答，只由地方官和对方通信，金国也难免气愤。金国的经济要求，虽说是双方互赠，实质上当然是金方大占便宜。金方答应赠送的东珠、人参、貂皮等物，大概最多只能抵过绸缎布匹的价值，明方付出的每年一万两黄金、十万两银子，等于是无偿赠与。那时一两黄金约等于十两银子（明初等于四两，后来金贵银贱），明朝每年以二十万两银子买得一年和平，代价低廉之至。熊廷弼守辽之时，单是他一军每个月的饷银就需十多万两银子。如果有了十年和平，大加整编军队，再出兵挑战，主动与被动的形势就转过来了。
皇太极对于缎布的要求一下子就减少了百分之九十五，而且又建议以适当礼物还报，希望和议尽快办理，可见对于缔结和平的确具有极大诚意。他自知人口与兵力有限，经不起长期的消耗战⑨。此后每发生一次战争，便提一次和平要求。
当时议和的障碍，主要是在明朝的文官。
明朝的大臣熟悉史事，一提到与金人议和，立刻想到的就是南宋和金国的和议，人人都怕做秦桧。大家抱着同样的心理：赞成和金人议和，就是大汉奸秦桧。这是当时读书人心中的“条件反射”。
袁崇焕从实际情况出发主张议和，朝臣都不附和。辽东经略王之臣更为此一再弹劾袁崇焕，说这种主张就像宋人和金人议和那样愚蠢自误。
其实，明朝当时与宋朝的情况大不相同。
在南宋时，金兵已占领了中国北方的全部，议和等于是放弃收复失地。但在明朝天启年间，金人只占领了辽东，辽西的南部在明人手中，暂时议和，影响甚小。
南宋之时，岳飞、韩世忠、刘鑉、张俊、吴璘、吴玠等大将，都是兵精能战，金人后方不稳，形势上利于北伐，议和是失却了恢复的良机。明末军队的战斗力远不及金兵，惟一可以依赖的只有西洋大炮。但当时的大炮十分笨重，不易搬动，只能用于守城，不能用于运动战。
对于明朝最重要的是，宋金议和，宋方绝对屈辱，每年片面进贡金帛，并非双方互赠。宋朝皇帝对金称臣⑽。然而皇太极却甘愿低于明朝皇帝一级，只要求比明朝的诸臣高一级。皇太极一再表示，金国不敢与中国并列，只希望地位比察哈尔蒙古人高一等就满足了⑾。他和袁崇焕书信来往，态度上是很明显的谦恭⑿。
可见宋金议和与明金议和两事，根本不能相提并论。皇太极明白明人的想法，所以后来索性改了国号，不称金国，而称“大清”，以免引起汉人心理上敌对性的连锁反应⒀。
袁崇焕和皇太极信使往来，但因朝中大臣视和议如洪水猛兽，谈判全无结果。
当时主张和金人议和，非但冒举国之大不韪，而且是冒历史上之大不韪。中国过去受到外族的军事压力而议和，通常总是屈辱性的，汉人对这件事具有先天性的反感，非常方便的就将“议和”、“投降”、“汉奸”三件事联系在一起。
当军事上准备没有充分之时，暂时与外敌议和以争取时间，中国历史上两个最出名的英主都曾做过。汉高祖刘邦曾与匈奴议和，争取时间来培养国力，到汉武帝时才大举反击。唐太宗李世民曾与突厥议和（那时是他父亲李渊做皇帝，但和议实际上是李世民所决定），等到整顿好军队后才派李靖北伐，大破突厥。不过这不是中国历史上传统观念的主流。主流思想是：“与侵略本国的外敌议和是投降，是汉奸。”
其实，同是议和，却有性质上的不同，决不能一概而论。基本关键在于：议和是永久性的投降？还是暂时妥协、积极准备而终于大举反攻、得到最后胜利？议和停战只是策略，决不等于投降。然而明末当国的君臣都是庸才，对于敌我双方力量的对比、大局发展的前途都是茫无所知，既无决战的刚勇，也无等待的韧力。袁崇焕精明正确的战略见解，朝廷中下意识的认为是“汉奸思想”。
袁崇焕当然知道如此力排众议，对于自身非常不利，然而他已将自身安危全然置之度外，只是以大局为重⒁。以他如此刚烈之人，对声名自然非常爱惜，给人骂“汉奸”，那是最痛苦的事。比较起来，死守宁远、抗拒大敌，在他并不算是难事，最多打不过，一死殉国便是，那是心安理得的。但要负担“历史罪人、民族罪人、名教罪人”的责任，可艰巨得多了。越是不自私的人，越是刚强的人，越是不重视性命而不肯忍受耻辱。越是儒家的书读得多，心中历史感极其深厚的人，越是宝贵自己的名节。文天祥《正气歌》中所举那些慷慨激烈的事迹，如张巡睢阳死守，颜杲卿常山骂贼，袁崇焕做起来并不困难。对于性格柔和的人，当然是委曲求全易而慷慨就义难，在袁崇焕这样的伟烈之士，却是守宁远易而主和议难。主张议和，他必须违反历史传统、违反举国舆论、违反朝廷决策、更违反自己的性格。上下古今，一切都反，连自己都反。
他是个冲动的热情的豪杰，是“宁为直折剑、犹胜曲全钩”的刚士，是行事不顾一切、“几大就几大”的蛮子，可是他终于决定：“忍辱负重”。
在他那个时代，绝无尊重少数人意见的习惯与风度。连袁崇焕自己在内，都相信“国人皆曰可杀”多半便是“可杀”。那是一个非此即彼、决不容忍异见的时代，是正人君子纷纷牺牲生命而提出正义见解的时代。卑鄙的奸党越是在朝中作威作福，士林中对风骨和节操越是看重。东汉和明末，是中国历史上读书人道德价值最受重视的两个时期。岁寒坚节，冰雪清操，在当时的道德观念中，与“忠”、“孝”具有相同的第一等地位。他很爱交朋友，知交中有不少是清流派的人。如果他终于因主和而为天下士论所不齿，对他将是多么严重的事。
他对金人的和谈并不是公开进行的，因此并没有受到普遍的抨击，但他当然预料到将来终于要公开，清议和知友的谴责不可避免的会落到头上。
在袁崇焕死后十三年的崇祯十五年，明朝局势已糜烂不可收拾。洪承畴于所统大军全军覆没后投降满清。松山、锦州失守。崇祯便想和满清议和，以便专心对付李自成、张献忠等民军。兵部尚书陈新甲更明白无力两线作战，暗中与皇帝筹划对满清讲和。崇祯和陈新甲不断商议，朝中其他大臣听到了风声，便纷纷上奏，反对和议。崇祯矢口不认，说根本没有议和的事，你们反对甚么？崇祯每次亲笔写手诏给陈新甲，总是郑重警诫：这是天大机密，千万不可泄漏而让群臣知道了。
该年八月，崇祯派亲信又送一道亲笔诏书去给陈新甲，催他尽快设法和满清议和。陈新甲出外办事去了，不在家，那人便将皇帝的密诏留在他书房中的几上而去。陈新甲的家童误以为是普通的《塘报》（各省派员在京所抄录的一般性上谕与奏章，称为《塘报》），拿出去交给各省驻京办事处传抄。这样一来，皇帝暗中在主持和议的事就公开了出来，群臣拿到了证据，登时哗然，立刻上奏章反对。
皇帝再也无法抵赖，恼怒之极，下诏要陈新甲解释，责问他为甚么主张议和，罪大恶极之至。陈新甲的声辩书中引述了不少皇帝手诏中的句子，证明这是出于皇上的圣意。崇祯更失面子，老羞成怒，下旨：陈新甲着即斩决。理由是流寇破城，害死皇帝的亲藩，兵部尚书应负全责。