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总体而言，即便王文统不被姚枢等汉人名臣待见，他仍然是推行汉法的积极人物，是诸多守旧蒙古贵族的死敌。许多人想拉王文统下马，但始终未能如愿以偿，盖因为其背后有忽必烈的支持。然当李璮起兵、忽必烈看到那封“期甲子”书信时，态度完全转变，不但杀了王文统，还对诸多汉人幕僚起了极大疑心。
王文统被杀，是元初政坛的重大事件，而且从始至终就不是孤立事件。王文统死后，尚有许多余波——
举荐过王文统的刘秉忠、张易、商挺、赵良弼等人都受到牵连。刘秉忠是方外之人（先为道士，后为僧人），只扮演着顾问角色，未担任实际官职，倒也罢了；张易为刘秉忠举荐，在燕京行省任参政，人在京师，也好处置；商挺当时担任京兆路（路治今陕西西安）宣抚副使，是手握大权的实力派人物，被紧急召回京师软禁，受到严密盘查；京兆路参议司事赵良弼（女真人，本姓术要甲，音讹为赵家，因以赵为氏）也同时被召回京，处境较商挺尚且不如，被“威刑临恐，谴诃百至”。
但出人意料的是，忽必烈很快停止了调查，释放了相关人等——刘秉忠继续留在忽必烈身边顾问，张易升中书平章政事、枢密副使，商挺入中书省，拜参知政事，赵良弼则升任陕西京兆路宣抚使。除刘秉忠之外，均得到了升迁重用。这一节，倒是从旁佐证了作者的推测，王文统一案实是冤案，忽必烈虽在气头上杀了王文统，但冷静下来后，已有所醒悟。
而李璮被杀前曾指斥史天泽等人与自己私下交通，史天泽不得不匆忙杀李璮灭口，回朝后则以“擅杀自劾”。忽必烈表面未加责怪，但其实深知史天泽必定牵连进了李璮事件，他不进一步深究，是因为汗位争端尚未完全解决，他不愿意逼得史天泽等北方世侯铤而走险，与朝廷对抗。但在这之后，忽必烈开始采取集权措施，先后在北方汉地实施兵民分治，罢世侯、置牧守、行迁转法，易置汉人将领部属、将不擅兵等制度。
色目人[26]便在这时候乘虚而入，一起向忽必烈进言说：“未若秀才[27]敢为反逆。”
王文统事件已加重了忽必烈对汉人幕僚的疑惧心理，他开始逐渐疏远汉人儒士，并开始重用色目人以牵制汉人。
虽然忽必烈不再信用汉人，但王文统制定的诸多规章制度仍在继续执行，为诸多蒙古贵族不能容忍。元世祖至元六年（1269年），即王文统被杀七年后，西北窝阔台系、察合台系和术赤系藩王在答剌速（今塔拉斯）河畔召开忽里台，结成反忽必烈联盟，立誓保持游牧生活和蒙古习俗，从此脱离蒙古大汗的直接控制。忽必烈在位期间，多次与察合台汗国、窝阔台汗国交战，双方互有胜负。窝阔台汗国甚至夺取了新疆南部塔里木盆地大部分地区，元朝只控制新疆北部的别失八里一带和新疆东部的吐鲁番、哈密等地。
然大江东去，流水难西，天下归一大势浩浩荡荡，难以阻挡。忽必烈接任大汗后，花了二十年时间，逐次统一了中国。元世祖至元八年（1271年），忽必烈采纳刘秉忠、王鹗等儒臣的建议，根据《易经》“大哉乾元”的意思，正式建国号为大元，这是以文意建国号之始。
在此之前，中国历代王朝所用的国号，如周、秦、汉、唐、宋，都是源于开国皇帝当初的封邑名称。而忽必烈就是元朝的开国皇帝，是为元世祖。并追尊成吉思汗为元太祖，窝阔台为元太宗，拖雷为元睿宗，贵由为元定宗，蒙哥为元宪宗。
元世祖至元九年（1272年）二月，忽必烈采纳刘秉忠迁都的建议，改中都为大都，正式定为元朝首都。蒙古国时期，统治中心在和林，忽必烈即位后，元朝的统治中心已经南移，远在漠北的和林不再适合作都城，忽必烈开始寻找新的建都地点。他升开平为上都，取代和林，接着又迁往更理想的燕京，后改名为大都。至元十一年（1274年）正月，忽必烈在大都正殿接受文武百官的朝贺，大都从此成为元朝的统治中心。
随着南宋的灭亡、元朝的建立，一个空前统一而强盛的大帝国出现了。正是在元朝，确立了现代中国的版图。大元帝国所统治的地域之广，亘古未有，成吉思汗雄霸天下的宏图伟业，终于在其孙子手中实现。
第六节 阿合马事件
就在忽必烈用人政策发生重大变化的时候，一个叫阿合马的色目人及时出现了。谁也没有想到，这个相貌普通的人会在日后掌握中央实权，成为元初的传奇人物，也成为历史上有名的酷吏贪官。
阿合马出生于中亚费尔干纳（Ferghana音译，汉代大宛国国都，今乌兹别克斯坦境内），自幼被掳为奴，来到蒙古境内后，随侍忽必烈皇后察必的父亲弘吉刺氏按陈那颜。察必出嫁时，阿合马是陪嫁奴隶之一，自此得以亲近忽必烈。察必在忽必烈妻妾中最得宠爱，地位最高[28]，阿合马作为陪嫁奴隶（号从嫁人），地位也比一般下人要高，加上他干活卖力，很是讨忽必烈夫妇欢心。其人巧言善辩，又颇为自负，许多人都称赞他有能力。忽必烈试着让阿合马办事，发现很有成绩，遂开始重用他，并视其为心腹。
中书省平章政事王文统因串谋李璮被杀，忽必烈损失了最得力的干将。当时天下尚未完全统一，忽必烈急需能人聚敛财富，以充作军费。鉴于前事，忽必烈已对汉人起了猜疑之心，不敢再将国家经济大权交给汉人大臣，阿合马便在这时候进入了他的眼帘。于是，之前默默无闻的阿合马平步青云，进入中枢担任要职，领中书左右部[29]，兼都转运使，专门处理财政赋税方面的事。
到任后，阿合马大肆敛财，成效显著。忽必烈注重结果，认为用对了人，很是欣慰。又见阿合马口才出众，与其他大臣当庭辩论时，总能令对方理屈词穷、无话可说，越发认为阿合马有治国之才，堪可大用，于是下令裁撤领中书左右部，合并到中书省，又越级拔擢阿合马为中书平章政事。
阿合马大权在握后，采取各种手段横征暴敛，为忽必烈聚财揽物，如提高各种正税的定额，强买强占“负郭良田”（负者，背也，枕也。近城之地，沃润流泽，最为膏腴，故名“负郭”。亦泛指良田），将盐、铁、药材、铜器等重要物资均定为朝廷专卖品，又提取各路封桩库的中统交钞准备金，使得中统交钞大大贬值，一跌再跌，进而通货膨胀，物价飞涨，导致民众怨声沸腾。
当时中书省尚有其他官员，如平章政事廉希宪，左丞相姚枢，参知政事商挺等，这些人均不满阿合马急功近利之措施。阿合马为了独揽大权，上书忽必烈，请求成立尚书省，由他自己担任尚书省平章政事。中书省虽然还在，但权力却被尚书省削夺殆尽。阿合马最终完全把持了朝政，趁机谋取私利，开始公然卖官鬻爵，贿赂公行，广结亲属和色目人为党羽，“内通货贿，外示刑威”，招来官民怨恨。尤其是被架空的中书省，大小官吏均恨之入骨。
由于树敌太多，赶去向忽必烈控告的官员络绎不绝，忽必烈不胜其烦，便废除了成立已有两年的尚书省，但阿合马仍被重用，重新调回中书省当平章政事。
阿合马带着尚书省人马回来中书省，将中书省的异己分子全部排挤走，如此，中书省等于变成了前尚书省。被排挤的大小官员，自然怨声载道。
更有一层，忽必烈长子真金已被立为太子，并受任“守中书令”一职，是中书省名义上的最高长官。不管真金是不是真的领中书省事，阿合马打击异己、贪赃枉法，如此胡作非为，等于是跟皇太子作对。
真金为察必皇后所生，为忽必烈嫡长子[30]，其名字为海云禅师[31]所取。海云禅师认为世间万物以真金最贵，故摩顶立名真金。真金少年时，忽必烈总领漠南汉地事务[32]，搜罗了许多汉人儒士，名士如姚枢、窦默等先后成为真金的老师。真金耳濡目染，汉化程度很深，甚至还擅长汉字书法，日后也成长为坚定的汉法支持者。
忽必烈即位后，先封真金为燕王，领中书省事，后接受姚枢等汉臣建议，采用中原王朝传统的嫡长子继承制来确保汗位继承，下诏立真金为皇太子，并举行了隆重的册封仪式，授玉册金宝。
蒙古传统汗位继承制是忽里台大会推举制[33]，忽必烈册封真金为汗位继承人，是对蒙古传统汗位继承制的重大变革，也是忽必烈遵用汉法的一大成果。但忽必烈对权力看得极重，虽然真金有皇太子身份，且名义上是中书省、枢密院两大最高军政机构的长官，但并没有实际参政。
阿合马执政后，深得忽必烈器重，气焰张天。而忽必烈对汉法不再像以往那样有热情，刘秉忠、史天泽、赵璧等汉人重臣又相继去世，汉臣地位降低，无力与阿合马相抗，遂将希望寄托在皇太子真金身上。道士李居寿为汉臣收买，在奉旨斋蘸之后，对忽必烈说：“皇太子春秋鼎盛，宜预国政。”忽必烈接受了，命真金参决朝政。自此，凡是中书省、枢密院、御史台及百司之事，都先上报真金后，再奏闻忽必烈。
为了制衡阿合马，真金一度欲设立门下省以封驳制敕，并有意让畏兀儿儒臣廉希宪[34]任门下侍中。但在阿合马的阻挠下，此计划很快流产。
不久，廉希宪病重，真金派人前去探望。廉希宪遗言道：“务必铲除误国害民之大者。”虽未明言，但真金一听，便知廉希宪是在暗示除掉阿合马。
事隔不久，湖南行省左丞崔斌入朝奏事，上书弹劾阿合马一党贪虐不法。阿合马旋即派人搜罗崔斌阴事，捏造罪名，逮捕崔斌后将其暗杀。当时皇太子真金正在宫中吃饭，得知消息急忙丢下筷子，派人赶去制止，但崔斌已死。
这件事后，真金便对阿合马撕破了脸皮，史称皇太子“恶其（阿合马）奸恶，未尝少假颜色”。有一次，二人遇见，阿合马不及参拜，真金便举弓猛击，打得阿合马头破血流。但对方毕竟是皇太子，阿合马也只能敢怒不敢言。
后来忽必烈看到阿合马脸上伤痕，便询问究竟。阿合马回答说是被马踢伤的。正好皇太子真金在侧，当即呵斥道：“你说得无耻，是我真金打的！”二人之间的矛盾便在皇帝面前公开化了。
至此，真金与阿合马已势同水火，阿合马不死，真金心中难安。但阿合马已因善于理财得到了忽必烈的绝对信任。当时元军连年用兵、东征西讨，最需要的就是金钱财物，而在满穷兵黩武、好大喜功的忽必烈眼中，阿合马是继王文统之后擅长弄钱的不二人选。如此，尽管真金贵为太子，与忽必烈有父子之亲，也多次反击阿合马，却没有办法促使阿合马去职。
阿合马在位日久，又有忽必烈做靠山，越发贪婪骄横。皇宫宿卫士秦长卿不满阿合马的倒行逆施，慷慨上书，揭发其种种罪恶，反而被阿合马捏造罪名，逮捕下狱。秦长卿家产均被抄没充公。阿合马还不满足，命狱吏设法除掉秦长卿。狱吏遂捆缚了秦长卿手脚，用濡纸（将纸用水沾湿）塞其口鼻，将秦长卿活活闷死。自此之后，朝中大臣不敢再议论阿合马是非，只能互相用眼神表示不满。
而大元皇帝忽必烈宠信阿合马，到了无以复加的地步，曾公开发话道：“夫宰相者，明天道，察地理，尽人事，兼此三者，乃为称职。阿里海牙、麦术丁等，亦未可为相……阿合马才任宰相。”显然，在忽必烈心中，阿合马是宰相的头号人选。
树欲静而风不止，人欲安而心不宁。在长久的酝酿之后，不平之火终于爆发了，京师大都由此上演了惨烈且极富戏剧性的一幕。
元世祖至元十九年（1282年）三月，忽必烈北巡开平（忽必烈建上都、大都两都制度，当时开平已经升为上都），皇太子真金随行，阿合马则以中书平章政事的身份留守大都。益都千户王著与一名号称会法术的僧人高和尚合谋，计划趁忽必烈离京之机除掉阿合马。
王著、高和尚经过周密策划，于三月十七日上午开始了行动。先派两名蕃僧到中书省，假传皇太子真金的命令，说太子今天晚上要赶回京城与国师共做佛事，要阿合马等中书官员做好迎接的准备。不料两名蕃僧言行举止可疑，引起了宿卫士高觿（渤海人）的怀疑，他下令逮捕了两名蕃僧，严加审讯。两名蕃僧挺住了刑罚，没有吐露实情，中书省官员一时也不明所以。
中午，王著派心腹崔总管拿着伪造的皇太子令旨，命枢密副使张易（即曾举荐王文统之人）发兵，当天夜里必须赶到太子宫前面。元朝制度，京师及皇城防卫归枢密院统率的左、右、中、前、后五侍卫负责，张易等于是负责京师警卫的最高长官。他早知皇太子真金与阿合马不和，接到假皇太子令旨后，没有起丝毫疑心，猜测真金今夜要以武力除掉阿合马。以他的身份，自然不能与皇太子相抗，便遵旨领兵前往东宫驻守。
非常凑巧的是，张易在半路遇到了高觿。高觿问道：“你要去做什么？”张易却不肯明说：“过了今夜，你自然就知道了。”
高觿更加好奇，一定要追问，于是张易悄悄告诉高觿说：“皇太子要诛杀阿合马。”
高觿原本怀疑有人伪造皇太子命令兴风作浪，正要追查此事，但听了张易这话后，联想到皇太子素来怨恨阿合马，既已调兵驻守东宫，极可能是要今晚动手，当即不敢再多问，也停止了追查。
当天晚上，王著亲自骑马去见阿合马，说皇太子马上就要回城，要求中书省官员立即前去迎接。太子是未来的皇帝，阿合马也不敢太过怠慢，立即派右司郎中脱欢察儿等数骑出关迎接。
脱欢察儿等人在半路遇见了王著和高和尚率领的八十余人，其中一人伪装成皇太子，上前厉声斥责脱欢察儿，并立即拔刀杀了他。一行人随即从健德门进入皇城。
当夜二鼓时分，假太子在众人的簇拥下，来到东宫前，大声呼叫开门。守卫东门的高觿怀疑有诈，说：“太子往日从来不走此门，为什么今天要走这里？”坚持不肯开门。
王著等人便改走南门，守卫南门的张易放这一行人通过，并召中书省官员前来相见。当阿合马来到假太子面前时，一旁早有准备的王著突然从袖中拿出铜锤，猛击阿合马脑袋，阿合马当场毙命。
这时候，高觿发觉情况不对，率军赶到，王著部下一哄而散。王著早有舍生取义之心，挺身请囚。高和尚逃走，但很快也被捕获。忽必烈闻讯后极为震怒，下令将王著、高和尚在闹市中以酷刑处死，二人尸体还被剁成肉酱。被骗发兵的枢密副使张易也受到牵连被杀。皇太子真金出面疏通，忽必烈勉强同意将张易之罪改为“应变不审”，张易这才免于传首四方。